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多数の核ゲノムコード遺伝子座を標的にした分子系統解析の試み

研究課題

研究課題/領域番号 22657060
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分補助金
研究分野 進化生物学
研究機関名古屋市立大学

研究代表者

熊澤 慶伯  名古屋市立大学, 大学院・システム自然科学研究科, 教授 (60221941)

研究協力者 栗崎 政希  名古屋市立大学, 大学院・システム自然科学研究科, 博士
研究期間 (年度) 2010 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
3,390千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 390千円)
2011年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2010年度: 1,700千円 (直接経費: 1,700千円)
キーワード分子系統 / 次世代シーケンサー / 爬虫類 / ヘビ類 / 核ゲノム / cDNA / 次世代シーケンサ
研究概要

4種の有鱗類の肝臓からトランスクリプトーム解析を行い、各種から100以上のほぼ完全長のcDNA塩基配列を効率的に決定した。Blast解析で遺伝子の同定を行い、種間での高発現遺伝子の共通性の評価及びパラログを持つ可能性の高い遺伝子の排除を行った。その結果得られた11遺伝子のcDNA塩基配列を用いて系統解析を行ったところ、ヘビ類がイグアナ下目及びアンギストカゲ下目に近縁であるとの結果が得られた。

報告書

(3件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (29件)

すべて 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (15件) 図書 (4件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Characterization of squamate olfactory receptor genes and their transcripts by the high-throughput sequencing approach2012

    • 著者名/発表者名
      Dehara Y, Hashiguchi Y, Matsubara K, Yanai T, Kubo M and Kumazawa Y
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 4(4) 号: 4 ページ: 602-616

    • DOI

      10.1093/gbe/evs041

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitochondrial DNA variability within Uromastyx ornata philbyi(Agamidae : Squamata) from southwestern Saudi Arabia2012

    • 著者名/発表者名
      Amer SAM, Mohamed MA, Wilms TM, Shobrak M and Kumazawa Y
    • 雑誌名

      Comparative and Functional Genomics

      巻: 2012 ページ: 851379-851379

    • DOI

      10.1155/2012/851379

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomes of two African geckos of genus Hemitheconyx (Squamata : Eublepharidae)2012

    • 著者名/発表者名
      Jonniaux P, Hashiguchi Y, Kumazawa Y
    • 雑誌名

      Mitochondrial DNA

      巻: (印刷中)

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Preliminary molecular variability within Uromastyx aegyptia microlepis (Reptilia : Agamidae) inhabiting Saudi Arabia2011

    • 著者名/発表者名
      Amer SAM, Montaser MM, Kumazawa Y
    • 雑誌名

      World Applied Sciences Journal

      巻: 12 ページ: 1955-1961

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomes of acrodont lizards : timing of gene rearrangements and phylogenetic and biogeographic implications2010

    • 著者名/発表者名
      Okajima Y and Kumazawa Y
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 10 号: 1 ページ: 141-141

    • DOI

      10.1186/1471-2148-10-141

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mitochondrial genomes of acrodont lizards : timing of gene rearrangements and phylogenetic and biogeographic implications.2010

    • 著者名/発表者名
      Okajima, Y., Kumazawa, Y.
    • 雑誌名

      BMC Evolutionary Biology

      巻: 10 ページ: 141-141

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 進化学のすすめ2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 雑誌名

      Annual Review 2009. Graduate School of Natural Sciences, Nagoya City University

      巻: 14 ページ: 35-43

    • NAID

      120006682500

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 有鱗目におけるトランスクリプトームプロファイル:核遺伝子を用いた系統解析を目指して2011

    • 著者名/発表者名
      栗崎政希、松原和純、鳥羽通久、熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第13回大会
    • 発表場所
      京都大学(京都市)
    • 年月日
      2011-08-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 次世代シーケンシングによる新規ミトコンドリアゲノム配列決定の効率性と正確性2011

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第13回大会
    • 発表場所
      京都大学(京都市)
    • 年月日
      2011-08-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] ヤモリ類の系統関係とミトコンドリアゲノムの遺伝子配置の変動2011

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯、三浦沙綾、ピエールジョニオ、山田知江美、橋口康之
    • 学会等名
      日本進化学会第13回大会
    • 発表場所
      京都大学(京都市)
    • 年月日
      2011-08-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] カメ類のミトコンドリアゲノムにおける分子進化速度の不均一性2011

    • 著者名/発表者名
      山田知江美、柴田弘紀、熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第13回大会
    • 発表場所
      京都大学(京都市)
    • 年月日
      2011-08-30
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] W染色体反復配列の比較染色体マッピングと性染色体連鎖遺伝子の系統解析から推定されたヘビにおける性染色体の分化過程2010

    • 著者名/発表者名
      松原和純、鳥羽通久、山田和彦、西田千鶴子、松田洋一、熊澤慶伯
    • 学会等名
      第61回染色体学会年会
    • 発表場所
      東邦大学(船橋市)
    • 年月日
      2010-11-07
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ヘビ亜目における性染色体の分化過程2010

    • 著者名/発表者名
      松原和純、鳥羽通久、樽井寛、山田和彦、西田千鶴子、阿形清和、松田洋一、熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本遺伝学会第82回大会
    • 発表場所
      北海道大学(札幌市)
    • 年月日
      2010-09-22
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 中-新生代の大陸移動と爬虫類の進化2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会「大陸移動と動物の進化2億年」シンポジウム
    • 発表場所
      東京工業大学(東京都)
    • 年月日
      2010-08-05
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 中-新生代の大陸移動と爬虫類の進化2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会・シンポジウム「大陸移動と動物の進化2億年」
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
    • 年月日
      2010-08-05
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] cDNAマッピングとGC3含量にもとづくヘビゲノムにおけるモザイク構造の推定2010

    • 著者名/発表者名
      松原和純、工樂樹洋、樽井寛、西村理、西田千鶴子、阿形清和、松田洋一、熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
    • 年月日
      2010-08-05
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] 小笠原固有種ネブトクワガタはどこから来たか?2010

    • 著者名/発表者名
      松浦宏典、川添和英、熊澤慶伯
    • 学会等名
      日本進化学会第12回大会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都)
    • 年月日
      2010-08-04
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] A phylogeographic analysis of the air sac catfishes of the Heteropneustes fossilis species complex (Heteropneustidae : Siluriformes)2010

    • 著者名/発表者名
      Ratmuangkhwang S., Musikasinthorn P., Kumazawa Y.
    • 学会等名
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • 発表場所
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • 年月日
      2010-08-02
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Molecular phylogeny and biogeography of lizards2010

    • 著者名/発表者名
      Kumazawa Y and Okajima Y
    • 学会等名
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • 発表場所
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • 年月日
      2010-08-01
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Molecular phylogeny and biogeography of lizards.2010

    • 著者名/発表者名
      Kumazawa Y., Okajima Y.
    • 学会等名
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010"Genome, Evolution and Environment"
    • 発表場所
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • 年月日
      2010-08-01
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] Sex chromosome evolution in snakes2010

    • 著者名/発表者名
      Matsubara K., Toriba M., Tarui, H.Yamada K., Nishida C., Agata K., Matsuda Y., Kumazawa Y.
    • 学会等名
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • 発表場所
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • 年月日
      2010-08-01
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] DNA barcode of the Japanese click beetles (Coleoptera : Elateridae)2010

    • 著者名/発表者名
      Oba Y., Ohira H., Moriyama A., Kumazawa Y.
    • 学会等名
      The International Symposium on Biodiversity Sciences 2010 "Genome, Evolution and Environment"
    • 発表場所
      ルブラ王山ホテル(名古屋市)
    • 年月日
      2010-08-01
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 第2版古生物学事典、日本古生物学会編2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 第1版生物の事典2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯、石原勝敏・末光隆
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [図書] 古生物学事典 第2版2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [図書] 生物の事典2010

    • 著者名/発表者名
      熊澤慶伯
    • 出版者
      朝倉書店
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [備考]

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~kuma/index.html

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [備考]

    • URL

      http://www.nsc.nagoya-cu.ac.jp/~kuma/index.html

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2016-04-21  

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