多彩な能力を有するスフィンゴモナス細菌群のゲノムの可塑性とその構成原理の解明

• 研究課題/領域番号: 22658024
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用微生物学
• 研究機関: 東北大学
• 研究代表者: 永田 裕二 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 准教授 (30237531)
• 研究分担者: 津田 雅孝 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90172022) ; 大坪 嘉行 東北大学, 大学院・生命科学研究科, 助教 (40342761)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 3,560千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 360千円); 2011年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2010年度: 2,000千円 (直接経費: 2,000千円)
• キーワード: 微生物学 / 環境細菌 / スフィンゴモナス / 人為起源物質 / 細菌進化 / 可動性遺伝因子

研究概要

スフィンゴモナス細菌群の代表株として、全ゲノム情報が判明し、分子遺伝学的手法が確立している有機塩素系殺虫剤.-HCH完全分解資化細菌Sphingobium japonicum UT26株、および本菌株に特異的な性質である.-HCH分解に関与するlin遺伝子群を主な実験材料として用い、UT26株のゲノム動態に挿入配列IS6100が重要な役割を果たしていることを明らかにした。さらに、UT26株以外の.-HCH分解能を有するスフィンゴモナス細菌3株(MM-1株、MI1205株、TKS株)のドラフトゲノム解析を実施し、これらの株がそれぞれ独立にlin遺伝子群を獲得して.-HCH分解菌となったことを示唆する知見を得ると共に、スフィンゴモナス細菌特有のプラスミドの構造を明らかにした。また、その他環境細菌を材料とした関連研究も実施した。

研究成果

• [雑誌論文] Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., S. Natsui, R. Endo, Y. Ohtsubo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fukui, N. Fujita, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Enzyme and Microbial Technology 巻: 49 ページ: 499-508
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stereoselectivity and conformational stability of haloalkane dehalogenase DbjA from Bardyrhizobium japonicum USDA110 : the effect of pH and temperature (2011)
  • 著者名/発表者名: Chaloupkova, R., Z. Prokop, Y. Sato, Y. Nagata, and J. Damborsky
  • 雑誌名: FEBS J 巻: 278 ページ: 2728-2738
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a crystallization protocol for the DbeA1 variant of novel haloalkane dehalogenase from Bradyrhizobium elkkani USDA94 (2011)
  • 著者名/発表者名: Prudnikova, T., R. Chalouplova, Y. Sato, Y. Nagata, O. Degtjarik, M. Kuty, P. Rezacova, J. Damborsky, and I. Kuta Smatanova
  • 雑誌名: Crysta Growth & Design 巻: 11 ページ: 516-519
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biochemical characteristics of the novel haloalkane dehalogenase DatA isolated from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens C58. Appl (2011)
  • 著者名/発表者名: Hasan, K., A. Fortova, T. Koudelakova, R. Chalooupkova, M. Ishitsuka, Y. Nagata, J. Damborsky, and Z. Prokop
  • 雑誌名: Environ. Microbial 巻: 77(5) ページ: 1881-1884
  • 査読あり
• [雑誌論文] The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids (2011)
  • 著者名/発表者名: Tabata, M., R. Endo, M. Ito, Y. Ohtsubo, A. Kumar, M. Tsuda, and Y. Nagata
  • 雑誌名: Biosci. Biotechnol. Biochem 巻: 75(3) ページ: 466-472
  • NAID: 10028201533
  • 査読あり
• [雑誌論文] ハロアルカン脱ハロゲン酵素DbjAの鏡像異性体選択性機構の解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 佐藤優花里、夏目亮、Zbynek Prokop, Jan Brezovsky, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky、永田裕二、千田俊哉
  • 雑誌名: 日本結晶学会誌 巻: 53 ページ: 124-129
  • NAID: 10028253974
  • 査読あり
• [雑誌論文] Development of a crystallization protocol for the DbeA1 variant of novel haloalkane dehalogenase from Bradyrhizobium elkanii USDA94 (2011)
  • 著者名/発表者名: Prudnikova, T., R. Chalouplova, Y. Sato, Y. Nagata, O. Degtjarik, M. Kuty, P. Rezacova, J. Damborsky, and I. Kuta Smatanova
  • 雑誌名: Crysta Growth & Design 巻: 11 号: 2 ページ: 516-519
  • DOI: 10.1021/cg1013363
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stereoselectivity and conformational stability of haloalkane dehalogenase DbjA from Bardyrhizobium japonicum USDA110: the effect of pH and temperature (2011)
  • 著者名/発表者名: Chaloupkova, R., Z. Prokop, Y. Sato, Y. Nagata, and J. Damborsky
  • 雑誌名: FEBS J 巻: 278 号: 15 ページ: 2728-2738
  • DOI: 10.1111/j.1742-4658.2011.08203.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonassp.MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids (2011)
  • 著者名/発表者名: Tabata, M., et al.
  • 雑誌名: Biosci.Biotechnol.Biochem. 巻: 75 ページ: 466-472
  • 査読あり
• [雑誌論文] Biochemical characteristics of the novel haloalkane dehalogenase DatA isolated from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens C58 (2011)
  • 著者名/発表者名: Hasan, K., et al.
  • 雑誌名: Appl.Environ.Microbial. 巻: 77 ページ: 1881-1884
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the representative γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., Y. Ohtsubo, R. Endo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fukui, N. Fujita, and M. Tsuda
  • 雑誌名: J. Bacteriology 巻: 192 ページ: 5852-5853
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcher (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行、大坪和香子、永田裕二、津田雅孝
  • 雑誌名: 化学と生物 巻: 48(5) ページ: 313-319
  • 査読あり
• [雑誌論文] 環境バイオテクノロジー学会シンポジウム「生態機能と環境保全」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 雑誌名: 微生物生態学会誌 巻: 25(2) ページ: 77-78
• [雑誌論文] 特集「生態機能と環境保全」に寄せて (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 雑誌名: 環境バイオテクノロジー学会誌 巻: 10(2) ページ: 52-52
• [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
  • 雑誌名: 環境バイオテクノロジー学会誌 巻: 10(2) ページ: 63-70
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA from Sphingobium japonicum UT26 (2010)
  • 著者名/発表者名: Okai, M., K. Kubota, M. Fukuda, Y. Nagata, K. Nagata, and M. Tanokura
  • 雑誌名: J. Mol. Biol 巻: 403 ページ: 260-269
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of TOL plasmid pDK1 provides evidence for evolutionary history of IncP-7 catabolic plasmids (2010)
  • 著者名/発表者名: Yano, H., M. Miyakoshi, K. Ohshima, M. Tabata, Y. Nagata, M. Hattori, and M. Tsuda
  • 雑誌名: J. Bacteriol 巻: 192 ページ: 4337-4347
  • 査読あり
• [雑誌論文] Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering (2010)
  • 著者名/発表者名: Prokop, Z., Y. Sato, J. Brezovsky, T. Mozga, R. Chalooupkova, T. Koudelakova, P. Jerabek, V. Stepankova, R. Natsume, J. G. E. van Leeuwen, D. B. Janssen, J. Florian, Y. Nagata, T. Senda, and J. Damborsky
  • 雑誌名: Angewandte Chemie 巻: 49 ページ: 6111-6115
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology (2010)
  • 著者名/発表者名: Nishiyama, E., Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda.
  • 雑誌名: Environmental Microbiology 巻: 12 ページ: 2539-2558
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06 (2010)
  • 著者名/発表者名: Matsushima, R., H. Danno, M. Uchida, K. Ishihara, T. Suzuki, M. Kaneniwa, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
  • 雑誌名: Appl Microbiol Biotechnol 巻: 86 ページ: 567-576
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06 (2010)
  • 著者名/発表者名: Tatsushima, R., et al.
  • 雑誌名: Appl Microbiol Biotechnol. 巻: 86 ページ: 567-576
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete nucleotide sequence of TOL plasmid pDK1 provides evidence for evolutionary history of IncP-7 catabolic plasmids (2010)
  • 著者名/発表者名: Yano, H., et al.
  • 雑誌名: J. Bacteriol. 巻: 192 ページ: 4337-4347
  • 査読あり
• [雑誌論文] Crystal structure of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA from Sphingobium japonicum UT26 (2010)
  • 著者名/発表者名: Okai, M., et al.
  • 雑誌名: J.Mol.Biol. 巻: 403 ページ: 260-269
  • 査読あり
• [雑誌論文] Complete genome sequence of the representative γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobingobium japonicum UT26 (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 雑誌名: J.Bacteriol. 巻: 192 ページ: 5852-5853
  • 査読あり
• [雑誌論文] ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcher (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 雑誌名: 化学と生物 巻: 48 ページ: 313-319
  • 査読あり
• [雑誌論文] 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 雑誌名: 環境バイオテクノロジー学会誌 巻: 10 ページ: 63-70
  • 査読あり
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を有するSphingobium sp. TKS株のゲノム解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大畑智史ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] 土壌攪乱に対し同調して動く遺伝子群の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] 土壌細菌群集団の移植と芳香族化合物による汚染化の変動解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] GenoFinisherを用いたPseudomonas sp.CF600ゲノムの完全配列決定 (2012)
  • 著者名/発表者名: 奥野周, ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を有するSphingobium sp.TKS株のゲノム解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大畑智史, ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株ゲノムからSTM法で選抜した土壌環境下での生残関与候補遺伝子の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 石橋蓉子, ら
  • 学会等名: 第6回日本ゲノム微生物学会年会
  • 発表場所: 東京・立教大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinBの立体構造解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 岡井公彦, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] フィニッシング用のツールGenoFinisherの開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 芳香族化合物汚染土壌における経時的メタゲノムによって明らかになった土壌微生物の適応反応 (2012)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの各種表現型への関与 (2012)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子群のsingle cellレベルでの発現解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 培養非依存的手法による土壌からの新規芳香族化合物分解遺伝子の探索 (2012)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIにおけるbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2012)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] IncP-7群プラスミドの接合伝達宿主域を規定する因子の探索 (2012)
  • 著者名/発表者名: 瀬谷学人, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] ゲノム情報を利用した多様な細菌由来のハロアルカンデハロゲナーゼの解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 田中裕興, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株の炭素源非添加無機寒天培地上で生育する突然変異株の遺伝学的解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 平野丈, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] STM法で同定した土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下での生残に重要な遺伝子の解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 石橋蓉子, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 環境汚染物質分解能を担うプラスミドの水平伝達 (2012)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2012年度大会シンポジウム
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 微生物ドラフトゲノム配列のフィニッシング用ツール (2012)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 第85回日本細菌学会総会
  • 発表場所: 長崎
• [学会発表] Aerobic degradation of lindane (γ-hexachlorocyclohexane)in Sphingobium japonicum UT26 and its biochemical and molecular basis (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 学会等名: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology International ConferenceRecent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants
  • 発表場所: Delhi, India
  • 年月日: 2011-09-11
• [学会発表] Genomic organization and its structural dynamism of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 学会等名: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology International ConferenceRecent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants
  • 発表場所: Delhi, India
  • 年月日: 2011-09-11
• [学会発表] 人為起源の環境汚染物質分解能を有する細菌ゲノムのダイナミズム (2011)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二
  • 学会等名: 理研シンポジウム「微生物研究の潮流とそれを支えるリソース基盤」
  • 発表場所: 和光・理研
  • 年月日: 2011-03-11
• [学会発表] Structural analysis of plasmids for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiro Tabata , et al.
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤 gamma-hexachlorocyclohexane 分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株が保持する分解関連プラスミドの塩基配列解析と機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane (HCH)分解機能を担う集積培養細菌叢に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川角徹ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株内で転移する挿入配列検出系の構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西岡ましほら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 液体集積培養系における有機塩素系殺虫剤gamma. hexachlorocyclohexane分解能を担う細菌株群に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川角徹ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane 分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株が有する分解関連プラスミドの機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株内にて転移する挿入配列検出系の構築 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西岡ましほら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Structural insight into the catalytic mechanism of enzyme for bioremediation (2011)
  • 著者名/発表者名: Masaru Tanokura, et al
  • 学会等名: BIT Life Sciences' 2^<nd> Symposium on Enzymes and Biocatalysis
  • 発表場所: Dalian, China
• [学会発表] Molecular bases of enatioselectivity of haloalkane dehalogenase DbjA (2011)
  • 著者名/発表者名: Yukari Sato, et al
  • 学会等名: BIT Life Sciences' 2^<nd> Symposium on Enzymes and Biocatalysis
  • 発表場所: Dalian, China
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MI特異的なbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2011年度大会
  • 発表場所: 東京・東京大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦那智, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2011年度大会
  • 発表場所: 東京・東京大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI1205株由来の脱ハロゲン酵素LinB_MI特異的なbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達制御に関与する受容菌のリン酸基転移系 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のfur破壊株のROS/NOS高感受性とoxyR欠失による表現型回復機構 (2011)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株が保持する分解関連プラスミドの塩基配列解析と機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦那智, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌メタゲノムから見る,芳香族化合物汚染により誘導される微生物群集の反応 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 芳香族化合物複合汚染土壌由来のメタゲノムライブラリからの機能相補による新規リダクターゼ遺伝子の探索 (2011)
  • 著者名/発表者名: 永山浩史, ら
  • 学会等名: 日本ゲノム微生物学会ワークショップ
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 残留性有機汚染物質(POPs)分解酵素遺伝子を導入したカボチャ毛状根によるヘキサクロロシクロヘキサン分解能の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 七里吉彦, ら
  • 学会等名: 第29回日本植物細胞分子生物学会大会
  • 発表場所: 福岡・九州大学
• [学会発表] Fluctuation pattern of gene pools of microbiota in aromatic hydrocarbon-contaminated soil by sequential metagenomic analysis (2011)
  • 著者名/発表者名: Hiromi Kato, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Nitrogen-related phosphotransferase system of Pseudomonas putida KT2440 exerts negative effect on conjugative acquisition of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 (2011)
  • 著者名/発表者名: Kei Inoue, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Alleviation of nitric oxide sensitivity of Burkholderia multivorans ATCC 17616 fur mutant by additional mutation in oxyR gene (2011)
  • 著者名/発表者名: Akane Kimura, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Structural analysis of plasmids for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp.MM-1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Michiro Tabata, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Development of a computational tool for finishing of draft genomic sequence (2011)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Ohtsubo, et al
  • 学会等名: International Union of Microbiological Societies 2011 Congress
  • 発表場所: Sapporo, Japan
• [学会発表] Direct isolation and characterization of genes for degradation of aromatic compounds from soils that were artificially contaminated with aromatic pollutants (2011)
  • 著者名/発表者名: Hirofumi Nagayama, ら
  • 学会等名: International Forum for Ecosystem Adaptability Science III-Adaptability of Human Societies to Perturbation
  • 発表場所: Sendai, Japan
• [学会発表] Genomic organization and its structural dynamism of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y, et al.
  • 学会等名: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology"International Conference"Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane(HCH) & Other Chlorinated Contaminants
  • 発表場所: Delhi, India
• [学会発表] Aerobic degradation of lindane(γ-hexachlorocyclohexane)in Sphingobium japonicum UT26 and its biochemical and molecular basis (2011)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y, et aL
  • 学会等名: Indo-Swiss-Collaboration in Biotechnology"International Conference"Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane(HCH) & Other Chlorinated Contaminants
  • 発表場所: Delhi, India
• [学会発表] 受容菌のリン酸基転移系によるIncP-9プラスミドNAH7の接合伝達制御機構 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI 1205株由来の脱ハロゲン酵素LinB_MIのbeta・HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 機能ベースのメタゲノム的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 菅原智詞, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌Sphingomonas sp.MM-1株が有する分解関連プラスミドの機能解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境中における特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦那智, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株のFurとOxyRの遺伝学的関連とメカニズムの解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索・解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 千本木淳子, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株由来の有機炭素源非添加無機培地で生育する変異株の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宇井博紀, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 液体集積培養系における有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解能を担う細菌株群に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川角徹, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌遺伝子プールの変動解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 土壌汚染により優先したBurkholderia群集の系統と代謝能力の遷移 (2011)
  • 著者名/発表者名: 熊野知拡, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] 微生物ゲノム完全長決定支援ソフトウエア454Finisher(仮) (2011)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] Acidovorax sp.KKS 102におけるカタボライト抑制メカニズムの研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小沼かおり, ら
  • 学会等名: 第5回日本ゲノム微生物学会
  • 発表場所: 仙台・東北学院大学
• [学会発表] ドラフトゲノム配列のFinishiing支援ツール:454Finisher (2011)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Sphingobium sp.MI 1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 森内良太, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Sphingomonas sp.MM-1株が有する有機塩素系殺虫剤gamma-hexachloro cyclohexane分解関連プラスミドの構造解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌の有機炭素源非添加無機培地での生育に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 宇井博紀, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ?hexachlorocyclohexane(HCH)分解機能を担う集積培養細菌叢に関する研究 (2011)
  • 著者名/発表者名: 川角徹, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の鉄応答転写因子Furと過酸化水素応答転写因子OxyRの遺伝学的関連性の解明 (2011)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の同定 (2011)
  • 著者名/発表者名: 千本木淳子, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 三浦那智, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌の汚染化によって起こる微生物遺伝子プールの変動 (2011)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 土壌汚染によって優先したBurkholderia群集の系統および代謝能力の遷移 (2011)
  • 著者名/発表者名: 熊野知拡, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] 培養非依存的手法で取得した芳香族化合物代謝関連遺伝子群の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 菅原智詞, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に関与するプラスミド因子と受容菌因子の解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 日本農芸化学会2011年度大会
  • 発表場所: 京都・京都女子大学
• [学会発表] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans (2010)
  • 著者名/発表者名: Kimura, A, et al.
  • 学会等名: International Forum for Adaptability ScienceII : Technologies for a Sustainable Society
  • 発表場所: Sendai, Japan
  • 年月日: 2010-12-03
• [学会発表] 微生物遺伝子資源の活用技術 (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二, ら
  • 学会等名: 東北大学-産総研 連携公開講演会
  • 発表場所: 東京・アキバホール
  • 年月日: 2010-07-28
• [学会発表] 土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 津田雅孝, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会シンポジウム
  • 発表場所: 仙台・東北大学
  • 年月日: 2010-06-22
• [学会発表] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y., et al.
  • 学会等名: 14th International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] Hexachlorocyclohexane(HCH)異性体汚染土壌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌叢の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 川角徹ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株における挿入配列IS6100を介したゲノムの動態 (2010)
  • 著者名/発表者名: 夏井俊介ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane (γ-HCH)分解細菌Sphingomonas sp. MM-1株が有するγ-HCH 分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] ハロアルカン脱ハロゲン酵素DbjA特有のループによるエナンチオ選択性機構の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 佐藤優花里, ら
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌・札幌コンベンションセンター
• [学会発表] 第二世代シークエンサを用いた、土壌汚染に伴う微生物の適応反応の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌特異的発現遺伝子の同定と解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 西山依里, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-hexachlorocyclohexane(γ-HCH)分解細菌 Sphingomonas sp.MM-1株が有するγ-HCH分解関連プラスミドの解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 田端理朗, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 受容菌のリン酸基転移系によるナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達の制御機構の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上慧, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄応答転写因子と過酸化水素応答転写因子の関連 (2010)
  • 著者名/発表者名: 木村明音, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] メタゲノムアプローチにより多重汚染土壌から取得した芳香族化合物初発酸化酵素遺伝子の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 菅原智詞, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌Sphingonbium japonicum UT26株における挿入配列IS6100を介したゲノムの動態 (2010)
  • 著者名/発表者名: 夏井俊介, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] STM法による土壌細菌Burkholderia multivorans ATCC 17616株の土壌環境下で生育に重要な遺伝子の探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 千本木淳子, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 解析ソフトウエアGenomeMatcherのドラフトゲノムシーケンスのコンプリート支援機能 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大坪嘉行, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] 芳香族化合物分解系プラスミドの安定的維持を阻害する宿主因子 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宮腰昌利, ら
  • 学会等名: 環境バイオテクノロジー学会2010年度大会
  • 発表場所: 仙台・東北大学
• [学会発表] Fluctuation of gene pools of soil microbiota induced by contamination with aromatic hydrocarbons (2010)
  • 著者名/発表者名: Kato, H., et al.
  • 学会等名: 13^<th> International Society for Microbial Ecology Conference
  • 発表場所: Seattle, USA
• [学会発表] Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome (2010)
  • 著者名/発表者名: Nagata, Y, et al.
  • 学会等名: 14^<th> International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans (2010)
  • 著者名/発表者名: Kimura, A., et al.
  • 学会等名: 14^<th> International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Humam Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp.KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616 (2010)
  • 著者名/発表者名: Ohtsubo, Y, et al
  • 学会等名: 14^<th> International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells (2010)
  • 著者名/発表者名: Inoue, K., et al.
  • 学会等名: 14^<th> International Biotechnology Symposium and Exhibition Biotechnology for the Sustainability of Human Society
  • 発表場所: Rimini, Italy
• [学会発表] 芳香族化合物汚染により誘導される土壌メタゲノムの変動様式とそのメカニズム (2010)
  • 著者名/発表者名: 加藤広海, ら
  • 学会等名: 第26回日本微生物生態学会
  • 発表場所: つくば・筑波大学
• [学会発表] Gamma-HCH分解細菌Sphlngobium japonicum UT26株由来の極貧炭素源条件下で生育する変異株の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 宇井博紀, ら
  • 学会等名: 第26回日本微生物生態学会
  • 発表場所: つくば・筑波大学
• [学会発表] ハロアルカン脱ハロゲン酵素DbjAの鏡像異性体選択性機構の解明 (2010)
  • 著者名/発表者名: 佐藤優花里, ら
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
  • 発表場所: 神戸・神戸ポートアイランド
• [図書] 脱ハロゲン酵素, 酵素利用技術体系 (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、津田雅孝
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
• [図書] 環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス「難培養性微生物研究の最新技術II」 (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、津田雅孝
  • 出版者: シーエムシー出版
• [図書] 酵素利用技術体系(脱ハロゲン酵素) (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、津田雅孝
  • 出版者: エヌ・ティー・エス
• [図書] 難培養性微生物研究の最新技術II(環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス) (2010)
  • 著者名/発表者名: 永田裕二、津田雅孝
  • 出版者: シーエムシー出版
• [備考] 研究室のホームページ
  • URL: http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/index.html