次世代シークエンサーを用いた癌細胞低酸素応答の多角的トランスクリプトーム解析

• 研究課題/領域番号: 22681027
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム生物学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 鈴木 穣 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 准教授 (40323646)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 25,480千円 (直接経費: 19,600千円、間接経費: 5,880千円); 2012年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円); 2011年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円); 2010年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
• キーワード: 次世代シークエンサー / 低酸素応答 / トランスクリプトーム / 転写開始転 クロマチン / Chip Seq 解析 / 転写開始点転 / クロマチン / Chip Seq解析 / 転写開始転 / Chip Seq解析 / 転写開始点 / ChIP Seq解析

研究概要

大腸がん細胞における低酸素刺激時の転写応答に着目して、次世代シークエンサーを共通の検出器として用いた様々な角度からのChIPSeqデータ、RNASeqデータを収集、解析した。その結果、低酸素刺激により実際のHIF-1の結合が誘導される以前から、多くの場合、クロマチンがオープン構造を示していることを見出し、細胞の系譜あるいは変遷を反映する形で、速やかな転写応答に必要な環境は、クロマチン構造として整備されている可能性を示唆することができた。

研究成果

• [雑誌論文] Evolution of Gene Expression in Human and Chimpanzee Brains (2013)
  • 著者名/発表者名: Osada N, Suzuki Y.
  • 雑誌名: Encyclopedia of Life Science
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolution of Gene Expression in Human and Chimpanzee Brains (2013)
  • 著者名/発表者名: Naoki Osada
  • 雑誌名: Encyclopedia of Life Science 巻: (印刷中)掲載確定
  • 査読あり
• [雑誌論文] Monitoring endoplasmic reticulumstress responsive mRNAs by RNA sequencing (2012)
  • 著者名/発表者名: Okuda T, Wakaguri H, Suzuki Y, Sugano S.
  • 雑誌名: Gene 巻: 500巻 ページ: 63-72
  • 査読あり
• [雑誌論文] Monitoring endoplasmic reticulum stress responsive mRNAs by RNA sequencing. (2012)
  • 著者名/発表者名: Okuda T
  • 雑誌名: Gene 巻: 500 ページ: 63-72
  • 査読あり
• [雑誌論文] Monitoring endoplasmic reticulum stress responsive mRNAs by RNA sequencing (2012)
  • 著者名/発表者名: Okuda T, Wakaguri H, Suzuki Y, Sugano S
  • 雑誌名: Gene 巻: (電子版先行掲載)(印刷中) 号: 1 ページ: 63-72
  • DOI: 10.1016/j.gene.2012.03.048
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genome-wide identification and annotation of HIF-1a binding sites in two cell lines using massively parallel sequencing (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanimoto, et al.
  • 雑誌名: HUGO Journal 巻: 4 ページ: 35-48
  • 査読あり
• [雑誌論文] 次世代シークエンサーを用いたRNA,クロマチン解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 鈴木穣
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 236 ページ: 633-641
• [雑誌論文] Genome-wide identification and annotation of HIF-1α binding sites in two cell lines using massively parallel sequencing. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tanimoto K, Tsuchihara K, Kanai A, Arauchi T, Esumi H, Suzuki Y, Sugano S.
  • 雑誌名: Hugo J. 巻: 4巻 号: 1-4 ページ: 35-48
  • DOI: 10.1007/s11568-011-9150-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of transcription start sites of putative non-coding RNAs by multifaceted use of massively paralleled sequencer. (2010)
  • 著者名/発表者名: Sathira N, Yamashita R, Tanimoto K, Kanai A, Arauchi T, Kanematsu S, Nakai K, Suzuki Y, Sugano S.
  • 雑誌名: DNA Res. 巻: 17巻 号: 3 ページ: 169-83
  • DOI: 10.1093/dnares/dsq007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of transcription start sites of putative non-coding RNAs by multifaceted use of massively paralleled sequencer (2010)
  • 著者名/発表者名: Sathira, et al.
  • 雑誌名: DNA Res 巻: 17 ページ: 169-183
  • 査読あり
• [学会発表] Transcriptome Analysis. (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y.
  • 学会等名: Poznan Summer School of Bioinformatics,2011
  • 発表場所: Poznan, Poland.
  • 年月日: 2012-07-06
• [学会発表] Integrative Transcriptome Analysis (2012)
  • 著者名/発表者名: Suzuki Y.
  • 学会等名: FIRST symposium
  • 発表場所: Osaka, Japan.
  • 年月日: 2012-03-05
• [学会発表] Transcriptome analysis of human genes (2011)
  • 著者名/発表者名: Yutaka Suzuki
  • 学会等名: Multilevel Systems Biology : Genomes, Structures, and Networks
  • 発表場所: Osaka, Japan(招待講演)
• [学会発表] イルミナGAを用いたトランスクリプトーム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木穣
  • 学会等名: 分子生物学会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] イルミナGAを用いたトランスクリプトーム解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 鈴木穣
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 神戸 神戸ポートアイランド
• [備考]
  • URL: http://dbtss.hgc.jp/