タンパク内で起こる協同的プロトン・電子移動反応の量子論的解析

• 研究課題/領域番号: 22685003
• 研究種目: 若手研究(A)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 物理化学
• 研究機関: 大阪大学 (2011-2013); 兵庫県立大学 (2010)
• 研究代表者: 重田 育照 大阪大学, 基礎工学研究科, 准教授 (80376483)
• 研究期間 (年度): 2010-04-01 – 2014-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2013年度)
• 配分額: 20,540千円 (直接経費: 15,800千円、間接経費: 4,740千円); 2013年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円); 2012年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2011年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2010年度: 15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
• キーワード: 量子動力学 / 電子移動 / 水素移動 / 集団運動 / PCET / PCET反応解析 / チトクロムc酸化酵素 / プロトン移動反応 / 電子移動反応 / 準量子キュミュラント動力学 / Asp-His diad / プロトン輸送 / 第一原理計算 / As-His diad

研究概要

生体内エネルギー変換を司るタンパク質であるチトクロム酸化酵素に関して量子論に基づく解析を行った。特にD経路とよばれるプロトン輸送経路の入り口付近のエナジェティクスとダイナミクスを解析し、（１）タンパク質環境がプロトン輸送のポテンシャルを平坦化しているため少ないエネルギーで輸送可能なこと、（２）His側鎖の回転によってポテンシャルのバランスがD経路内側に水素を運ぶ方向に傾くことでプロトン輸送を不可逆にすることを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] On the induced-fit mechanism of substrate-enzyme binding structures of nylon-oligomer hydrolase (2014)
  • 著者名/発表者名: T. Baba, R. Harada, M. Nakano, Y. Shigeta
  • 雑誌名: J. Comp. Chem 巻: 35 ページ: 1240-1247
• [雑誌論文] Fluctuation Flooding Method (FFM) for accelerating conformational transitions of proteins (2014)
  • 著者名/発表者名: R. Harada, Y. Takano, Y. Shigeta
  • 雑誌名: J. Chem. Phys 巻: 140 ページ: 125103-125103
• [雑誌論文] A Nylon-oligomer Hydrolase Promoting Cleavage Reactions in Unnatural Amide Compounds (2014)
  • 著者名/発表者名: K. Kamiya, T. Baba, M. Boero, T. Matsui, S. Negoro, Y. Shigeta
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. Lett 巻: 5 ページ: 1210-1216
• [雑誌論文] 第一原理Meta-Dynamics 法, Blue Moon Ensemble法を用いた反応経路解析 (特集 反応経路探索) (2014)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史, 安東寛之, 重田 育照
  • 雑誌名: アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌 巻: 16, Vol.1 ページ: 36-41
• [雑誌論文] 第一原理Meta-Dynamics法, Blue Moon Ensemble法を用いた反応経路解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史、安東寛之、重田 育照
  • 雑誌名: アンサンブル : 分子シミュレーション研究会会誌 巻: 16 ページ: 36-41
  • NAID: 130005087683
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cumulant mechanics : An explicit treatment for fluctuation on dynamics (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta
  • 雑誌名: 分子科学会アーカイブス(Review), Mol. Sci 巻: 7, Vol.1
  • NAID: 130003369400
• [雑誌論文] 第一原理計算による生体内酵素反応の理論解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 雑誌名: 豊田研究報告 巻: 66 ページ: 103-104
• [雑誌論文] Theoretical studies of electronic structures, magnetic properties and electron conductivities of one-dimensional Ni_n (n = 3, 5, 7) complexes (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Kitagawa, T. Matsui, Y. Nakanishi, Y. Shigeta, T. Kawakami, M. Okumura, K. Yamaguchi
  • 雑誌名: Dalton Trans 巻: 42 ページ: 16200-16208
• [雑誌論文] Binding of a positron to nucleic-acid base molecules and their pairs (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Koyanagi, Y. Kita, Y. Shigeta, M. Tachikawa
  • 雑誌名: ChemPhysChem 巻: 14 ページ: 3458-3462
• [雑誌論文] Finite-Field Method with Unbiased Polarizable Continuum Model for Evaluation of the Second Hyperpolarizability of an Open-Shell Singlet Molecule in Solvents (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Inui, Y. Shigeta, K. Okuno, T. Baba, R. Kishi, M. Nakano
  • 雑誌名: J. Comp. Chem 巻: 34 ページ: 2345-2352
• [雑誌論文] Non-empirical tuning of CAM-B3LYP functional in time-dependent density functional theory for excitation energies of diarylethene derivatives (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Okuno, Y. Shigeta, R. Kishi, M. Nakano
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett 巻: 585 ページ: 201-206
• [雑誌論文] Photochromic Switching of Diradical Character : Design of Efficient Nonlinear Optical Switches (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Okuno, Y. Shigeta, R. Kishi, M. Nakano
  • 雑誌名: J. Phys. Chem. Lett 巻: 4 ページ: 2418-2422
• [雑誌論文] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Redox Potential of Transition Metal Complex with the Correction of Pseudo-Counterion : General Theory and Applications (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, Y. Kitagawa, Y. Shigeta, M. Okumura
  • 雑誌名: J. Chem. Theor. Comp 巻: 9 ページ: 2974-2980
• [雑誌論文] Qantal Cumulant Mechanics and Dynamics for Multi-Dimensional Quantum Many-Body Clusters (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta, T. Inui, T. Baba, K. Okuno, H. Kuwabara, R. Kishi, M. Nakano
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 113 ページ: 348-355
• [雑誌論文] Consistent Scheme for Computing Standard Hydrogen Electrode and Redox Potentials (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, Y. Kitagawa, M. Okumura, Y. Shigeta, S. Sakaki
  • 雑誌名: J. Comp. Chem 巻: 34 ページ: 21-26
• [雑誌論文] Theoretical studies of electronic structures, magnetic properties and electron conductivities of one-dimensional Nin (n= 3,5,7) com plexes (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Kitagawa, T. Matsui, Y. Nakanishi, Y. Shigeta, T. Kawakami, M. Okumura and K. Yamaguchi
  • 雑誌名: Dalton Transaction 巻: 42 号: 45 ページ: 16200-16208
  • DOI: 10.1039/c3dt51466h
  • 査読あり
• [雑誌論文] Binding of a Positron to Nucleic Base Molecules and Their Pairs (2013)
  • 著者名/発表者名: K. Koyanagi, Y. Kita, Y. Shigeta, M. Tachikawa
  • 雑誌名: ChemPhysChem 巻: 14 号: 15 ページ: 3458-3462
  • DOI: 10.1002/cphc.201300549
  • 査読あり
• [雑誌論文] Finite-field method with unbiased polarizable continuum model for evaluation of the second hyperpolarizability of an open-shell singlet molecule in solvents (2013)
  • 著者名/発表者名: 乾 智也、重田育照、奥野克樹、馬場剛史、岸 亮平、中野雅由
  • 雑誌名: Journal of Compulational Chemistry 巻: 34 号: 27 ページ: 2345-2352
  • DOI: 10.1002/jcc.23395
  • 査読あり
• [雑誌論文] Non-empirical tuning of CAM-B3LYP functional in time-dependent density functional theory for excitation energies of diarylethene derivatives (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥野克樹、重田育照、岸 亮平、中野雅由
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 585 ページ: 201-206
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2013.09.013
  • 査読あり
• [雑誌論文] Photochromic Switching of Diradical Character : Design of Efficient Nonlinear Optical Switches (2013)
  • 著者名/発表者名: 奥野克樹、重田育照、岸亮平、中野雅由
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry Letters 巻: 4 号: 15 ページ: 2418-2422
  • DOI: 10.1021/jz401228c
  • 査読あり
• [雑誌論文] A Density Functional Theory Based Protocol to Compute the Red ox Potential of Transition Metal Complex with the Correction of Pseudo-Counter Ion : General Theory and Applications (2013)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, Y. Kitagawa, Y Shigeta, and M. Okumura
  • 雑誌名: Journal of Chemical Theory and Computation 巻: 9 号: 7 ページ: 2974-2980
  • DOI: 10.1021/ct4002653
  • 査読あり
• [雑誌論文] Consistent Scheme for Computing Standard Hydrogen Electrode and Redox Potentials (2013)
  • 著者名/発表者名: Toru Matsui, Yasutaka Kitagawa, Mitsutaka Okumura, Yasuteru Shigeta, and Shigeyoshi Sakaki
  • 雑誌名: Journal of Computational Chemistry 巻: 34 号: 1 ページ: 21-26
  • DOI: 10.1002/jcc.23100
  • 査読あり
• [雑誌論文] キュミュラント動力学：ゆらぎをあらわに取り扱う動力学理論 (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta
  • 雑誌名: Molecular Science 巻: 7 号: 1 ページ: A0057
  • DOI: 10.3175/molsci.7.A0057
  • NAID: 130003369400
  • ISSN: 1881-8404
  • 査読あり
• [雑誌論文] Density Functional Studies of the Structural Variety of the Cu2S2 Core of the CuA Site (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Takano, O. Okuyama, Y. Shigeta, H. Nakamura
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 3756-3762
• [雑誌論文] DFT Analysis of Low-Frequency Heme Vibrations in Soluble Guanylate Cyclase : Raman Mode Enhancement by Propionate-Protein Interactions (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Kubo, O. Okuyama, T. Kitagawa, Y. Shigeta
  • 雑誌名: Chem. Lett 巻: 41 ページ: 860-862
  • NAID: 10031030516
• [雑誌論文] Tuned CAM-B3LYP Functional in the Time-Dependent Density Functional Theory Scheme for Excitation Energies and Properties of Diarylethene Derivatives (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Okuno, Y. Shigeta, R. Kishi, H. Miyasaka, M. Nakano
  • 雑誌名: J. Photochem. Photobio. A 巻: 235 ページ: 29-34
• [雑誌論文] Coordination Effects on the Electronic Structure of the CuA Site of Cytochrome c Oxidase (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Koizumi, Y. Shigeta, O. Okuyama, H. Nakamura, Y. Takano
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett 巻: 531 ページ: 197-201
• [雑誌論文] Theoretical Insight into Stereoselective Reaction Mechanisms of 2, 4-Pentanediol-Tethered Ketene-Olefin [2+2] Cycloaddition (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kamiya, T. Matsui, T. Sugimura, Y. Shigeta
  • 雑誌名: J Phys. Chem. A 巻: 116 ページ: 1168-1175
• [雑誌論文] Electronic Structures of the Cu_2S_2 Core of the CuA Site in Cytochrome c Oxidase and Nitronous Oxide Reductase (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Takano, Y. Shigeta, K. Koizumi, H. Nakamura
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 208-218
• [雑誌論文] Possible Mechanisms of Water Splitting Reaction Based on Proton and Electron Release Pathways Revealed for CaMn_4O_5 Cluster of PSII Refined to 1.9囗 X-Ray Resolution (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Saito, S. Yamanaka, K. Kanda, H. Isobe, Y. Takano, Y. Shigeta, Y. Umena, K. Kawakami, J.-R. Shen, N. Kamiya, M. Okumura, M. Shoji, Y. Yoshioka, K. Yamaguchi
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 112 ページ: 253-276
• [雑誌論文] An Accurate Density Functional Theory Based Estimation of pKa Values of Polar Residues Combined with Experimental Data : From Amino Acids to Minimal Proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, T. Baba, K. Kamiya, Y. Shigeta
  • 雑誌名: Phys. Chem. Chem. Phys 巻: 14 ページ: 4181-4187
• [雑誌論文] Functional Dependence of Excitation Energy for Pentacene/C60 Model Complex in the Nonempirically Tuned Long-Range Corrected Density Functional Theory (2012)
  • 著者名/発表者名: T.Minami, et al
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: (In press) 号: 3 ページ: 252-256
  • DOI: 10.1002/qua.24023
  • 査読あり
• [雑誌論文] Density functional studies of the structural variety of the Cu2S2 core of the Cu-A site (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Takano
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 24 ページ: 3756-3762
  • DOI: 10.1002/qua.24214
  • 査読あり
• [雑誌論文] DFT Analysis of Low-frequency Heme Vibrations in Soluble Guanylate Cyclase: Raman Mode Enhancement by Propionate-Protein Interactions (2012)
  • 著者名/発表者名: M. Kubo
  • 雑誌名: Chemistry Letters 巻: 41 号: 9 ページ: 860-862
  • DOI: 10.1246/cl.2012.860
  • NAID: 10031030516
  • 査読あり
• [雑誌論文] Tuned CAM-B3LYP Functional in the Time-dependent Density Functional Theory Scheme for Excitation Energies and Properties of Diarylethene Derivatives (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Okuno
  • 雑誌名: Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry 巻: 235 ページ: 29-34
  • DOI: 10.1016/j.jphotochem.2012.03.003
  • 査読あり
• [雑誌論文] Coordination Effects on the Electronic Structure of the CuA Site of Cytochrome c Oxidase (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Koizumi
  • 雑誌名: Chemical Physics Letters 巻: 531 号: 1 ページ: 197-201
  • DOI: 10.1063/1.438863
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical Insight into Stereoselective Reaction Mechanisms of 2,4-Pentanediol-Tethered Ketene-Olefin [2+2] Cycloaddition (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Kamiya
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry A 巻: 116 号: 4 ページ: 1168-1175
  • DOI: 10.1021/jp211542m
  • 査読あり
• [雑誌論文] Electronic Structures of the Cu2S2 Core of the CuA Site in Cytochrome c Oxidase and Nitronous Oxide Reductase (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Takano
  • 雑誌名: International Journal of Quantum Chemistry 巻: 112 号: 1 ページ: 208-218
  • DOI: 10.1002/qua.23191
  • 査読あり
• [雑誌論文] Temperature-Independent Stereoselectivity in Intramolecular Cycloaddition of Ketene Generated from Diazoester in Solution and in Vapor Phase: How Entropy Term Governs the Selectivity (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Sugimura
  • 雑誌名: Bulletin of the Chemical Society of Japan 巻: 85 号: 4 ページ: 504-510
  • DOI: 10.1246/bcsj.20110337
  • NAID: 130004153048
  • 査読あり
• [雑誌論文] An accurate density functional theory based estimation of pKa values of polar residues combined with experimental data : from amino acids to minimal proteins (2012)
  • 著者名/発表者名: 松井亨、馬場剛史、神谷克政、重田育照
  • 雑誌名: Physical Chemistry Chemical Physics 巻: 14 号: 12 ページ: 4181-4187
  • DOI: 10.1039/c2cp23069k
  • 査読あり
• [雑誌論文] First-principles Molecular Dynamics Studies on the Atomistic Behavior of His503 in Bovine Cytochrome c Oxidase (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Kamiya, Y. Shigeta
  • 雑誌名: Biochim. Biophys. Acta 巻: 1807 ページ: 1328-1335
• [雑誌論文] A Theoretical Study on Reaction Scheme of Silver (I) Containing 5-Substituted Uracils Bridge Formation (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, H. Miyachi, T. Baba, Y. Shigeta
  • 雑誌名: J Phys. Chem. A 巻: 115 ページ: 8504-10
• [雑誌論文] Electron Conductivity in Modified Models of Artificial Meta-DNA Using Green's Function-Based Elastic Scattering Theory (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Nakanishi, T. Matsui, Y. Kitagawa, Y. Shigeta, T. Saito, Y. Kataoka, T. Kawakami, M. Okumura, K. Yamaguchi
  • 雑誌名: Bull. Chem. Soc. Jpn. (Selected Article) 巻: 84 ページ: 366-375
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Studies on the Mutational Structures of a Nylon-6 Byproduct-Degrading Enzyme (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Baba, K. Kamiya, T. Matsui, N. Shibata, Y. Higuchi, T. Kobayashi, S. Negoro, Y. Shigeta
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett 巻: 507 ページ: 157-161
• [雑誌論文] A Simple Scheme for Estimating the pKa Values of 5-Substituted Uracils (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, A. Oshiyama, Y. Shigeta
  • 雑誌名: Chem. Phys. Lett 巻: 502
• [雑誌論文] Self-diffusion in crystalline silicon : A Car-Parrinello molecular dynamics study (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Koizumi
  • 雑誌名: Physical Review B 巻: 84 号: 20 ページ: 205203-205203
  • DOI: 10.1103/physrevb.84.205203
  • 査読あり
• [雑誌論文] First-principles molecular dynamics study on the atomistic behavior of His503 in bovine cytochrome c oxidase (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Kamiya
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta 巻: 1807 号: 10 ページ: 1328-1335
  • DOI: 10.1016/j.bbabio.2011.03.015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Theoretical Study on Reaction Scheme of Silver(I) Containing 5-Substituted Uracils Bridge Formation (2011)
  • 著者名/発表者名: 松井亨、宮地秀明、馬場剛史、重田育照
  • 雑誌名: Journal of Physical Chemistry A 巻: 115 号: 30 ページ: 8504-8511
  • DOI: 10.1021/jp200871f
  • 査読あり
• [雑誌論文] An Atomistic Study on Hydrogenation Effects toward Quality Improvement of Program/Erase Cycle of MONOS-Type Memory (2011)
  • 著者名/発表者名: A.Otake
  • 雑誌名: IEICE Transactions on Electronics 巻: E94-C 号: 5 ページ: 693-698
  • DOI: 10.1587/transele.E94.C.693
  • NAID: 10029505816
  • ISSN: 0916-8524, 1745-1353
  • 査読あり
• [雑誌論文] Study on Collective Electron Motion in Si-Nano Dot Floating Gate MOS Capacitor (2011)
  • 著者名/発表者名: M.Muraguchi
  • 雑誌名: IEICE Transactions on Electronics 巻: E94.C 号: 5 ページ: 730-736
  • DOI: 10.1587/transele.E94.C.730
  • NAID: 10029505917
  • ISSN: 0916-8524, 1745-1353
  • 査読あり
• [雑誌論文] Molecular Dynamics Studies on Mutational Structures of a Nylon-6 Byproduct-degrading Enzyme (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Baba, et al
  • 雑誌名: Chem.Phys.Lett. 巻: 507 号: 1-3 ページ: 157-161
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2011.03.046
  • 査読あり
• [雑誌論文] Electron Conductivity in Modified Models of Artificial Metal-DNA Using Green's Function-Based Elastic Scattering Theory (Selected Paper) (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Nakanishi, Y.Kitagawa, et al
  • 雑誌名: BULLETIN OF THE CHEMICAL SOCIETY OF JAPAN 巻: 84 号: 4 ページ: 366-375
  • DOI: 10.1246/bcsj.20100207
  • NAID: 130004152889
  • 査読あり
• [雑誌論文] Atomistic Design of Guiding Principles for High Quality Metal-Oxide-Nitride-Oxide-Semiconductor Memories : First Principles Study of H and O Incorporation Effects for N Vacancies in SiN Charge Trap Layers (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Yamaguchi
  • 雑誌名: Japanese Journal of Applied Physics 巻: 50 号: 4S ページ: 04DD05-04DD05
  • DOI: 10.1143/jjap.50.04dd05
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequence-Dependent Proton-Transfer Reaction in Stacked GC Pair III : The Influence of Proton Transfer to Conductivity (2010)
  • 著者名/発表者名: Y. Nakanishi, T. Matsui, Y. Shigeta, Y. Kitagawa, T. Saito, Y. Kataoka, T. Kawakami, M. Okumura, K. Yamaguchi
  • 雑誌名: Int. J. Quantum Chem 巻: 110 ページ: 2221-2230
• [雑誌論文] Energy Compensation Mechanism for Charge- Separated Protonation States in Aspartate- Histidine Amino Acid Residue Pairs (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Kamiya, M. Boero, K. Shiraishi, A. Oshiyama, Y. Shigeta
  • 雑誌名: J Phys. Chem. B 巻: 114 ページ: 6567-6578
• [雑誌論文] Effects of Mercury (II) on Structural Properties, Electronic Structure and UV Absorption Spectra of Thymine-Mercury(II)-Thymine Nucleobase Pair Containing Duplex (2010)
  • 著者名/発表者名: H. Miyachi, T. Matsui, Y. Shigeta, K. Hirao
  • 雑誌名: Phys. Chem. Chem. Phys 巻: 12 ページ: 909-917
• [雑誌論文] Collective Tunneling Model in Charge Trap Type NVM Cell (2010)
  • 著者名/発表者名: M. Muraguchi, Y. Sakurai, Y. Takada, Y. Shigeta, M. Ikeda, K. Makihara, S. Miyazaki, S. Nomura, K. Shiraishi, and T. Endoh
  • 雑誌名: Jpn. J. Appl. Phys. 巻: Vol.50, No.4 号: 4S ページ: 04DD04-04DD04
  • DOI: 10.1143/jjap.50.04dd04
  • 査読あり
• [雑誌論文] Approximate spin-projected spin-unrestricted density functional theory method : Application to the diradical character dependences of the (hyper) polarizabilities in p-quinodimethane models (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Nakano, T.Minami, H.Fukui, K.Yoneda, Y.Shigeta, R.Kishi, B.Champagne, E.Botek
  • 雑誌名: CHEMICAL PHYSICS LETTERS 巻: 501 ページ: 140-145
  • 査読あり
• [雑誌論文] Sequence-Dependent Proton-Transfer Reaction in Stacked GC Pair III : The Influence of Proton Transfer to Conductivity (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Nakanishi, T.Matsui, Y.Shigeta, Y.Kitagawa, T.Saito, Y.Kataoka, T.Kawakami, M.Okumura, K.Yamaguchi
  • 雑誌名: INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY 巻: 110 ページ: 2221-2230
  • 査読あり
• [雑誌論文] Possibility of multi-conformational structure of mismatch DNA nucleobase in the presence of silver(I) ions (2010)
  • 著者名/発表者名: H.Miyachi, T.Matsui, Y.Shigeta, K.Yamashita, K.Hirao
  • 雑誌名: CHEMICAL PHYSICS LETTERS 巻: 495 ページ: 125-130
  • 査読あり
• [雑誌論文] Effects of mercury(II) on structural properties, electronic structure and UV absorption spectra of a duplex containing thymine-mercury(II)-thymine nucleobase pairs (2010)
  • 著者名/発表者名: H.Miyachi, T.Matsui, Y.Shigeta, K.Hirao
  • 雑誌名: PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 巻: 12 ページ: 909-917
  • 査読あり
• [雑誌論文] Energy Compensation Mechanism for Charge-Separated Protonation States in Aspartate-Histidine Amino Acid Residue Pairs (2010)
  • 著者名/発表者名: K.Kamiya, M.Boero, K.Shiraishi, A.Oshiyama, Y.Shigeta
  • 雑誌名: JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 巻: 114 ページ: 6567-6578
  • 査読あり
• [雑誌論文] Anomalous temperature dependence of electron tunneling between a two-dimensional electron gas and Si dots (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Sakurai, S.Nomura, Y.Takada, J.Iwata, K.Shiraishi, M.Muraguchi, T.Endo, Y.Shigeta, M.Ikeda, K.Makihara, S.Miyazaki
  • 雑誌名: PHYSICA E 巻: 41 ページ: 918-921
  • 査読あり
• [雑誌論文] Importance of electronic state of two-dimensional electron gas for electron injection process in nano-electronic devices (2010)
  • 著者名/発表者名: M.Muraguchi, T.Endo, Y.Takada, Y.Sakurai, S.Nomura, K.Shiraishi, M.Ikeda, K.Makihara, S.Miyazaki, Y.Shigeta
  • 雑誌名: PHYSICA E 巻: 42 ページ: 2602-2605
  • 査読あり
• [学会発表] Theoretical Studies on Reaction Mechanism of An Enzyme Cleaving Unnatural Amide Compound (2014)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: Symposium on Molecular Science and Synthesis of Functional Molecules for Next Generation
  • 発表場所: 広島大学
  • 招待講演
• [学会発表] 構造ゆらぎと化学反応に関する理論的研究 (2013)
  • 学会等名: 分子科学会奨励賞受賞講演
  • 発表場所: 京都
• [学会発表] Free Energy Analyses on Cluster Deformations by Cumulant Mechanics (2013)
  • 学会等名: 8th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
  • 発表場所: Budapest, Hungary
• [学会発表] 第一原理計算に基づく反応解析 (2013)
  • 学会等名: 「宇宙生命計算科学連携拠点」ワークショップ
  • 発表場所: 筑波大学
• [学会発表] 量子化学計算によるタンパク質の物性および機能評価 (2013)
  • 学会等名: 第13回蛋白質科学会, ワークショップ "蛋白質機能を化学的に理解するために"
  • 発表場所: とりぎん文化会館(鳥取)
• [学会発表] Quantum chemical studies for estimation of pKa and redox potential (2013)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: 2nd World Congress on Petrochemistry and Chemical Engineering
  • 発表場所: San Antonio, USA
  • 招待講演
• [学会発表] 量子化学計算によるタンパク質の物性および機能評価 (2013)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 第13回蛋白質科学会、ワークショップ “蛋白質機能を化学的に理解するために”
  • 発表場所: 鳥取
  • 招待講演
• [学会発表] 第一原理計算に基づく反応解析 (2012)
  • 学会等名: 第4回神戸大学協定講座シンポジウム「計算生物学と材料科学の融合」
  • 発表場所: 神戸大学
  • 年月日: 2012-12-19
• [学会発表] First-principles Analysis on Proton Transport Pathways of Cytochrome c Oxidase (2012)
  • 学会等名: Asian International Symposium on Theoretical Chemistry 2012
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 2012-03-26
• [学会発表] First-principles analysis on proton transport pathways of cytochrome c oxidase (2012)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: Asian International Symposium on Theoretical Chemistry
  • 発表場所: Keio University(東京都)(招待講演)
  • 年月日: 2012-03-26
• [学会発表] CAM-B3LYP法によるジアリールエテン誘導体の励起エネルギー計算 (2012)
  • 著者名/発表者名: 奥野克樹
  • 学会等名: 第9回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
  • 発表場所: Fukui Institute(京都府)(ポスター発表)
  • 年月日: 2012-01-06
• [学会発表] PCM法に基づく超分極率計算手法の開発 (2012)
  • 著者名/発表者名: 乾智也
  • 学会等名: 第9回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
  • 発表場所: Fukui Institute(京都府)
  • 年月日: 2012-01-06
• [学会発表] 理論研究に基づくナイロンオリゴマー分解酵素に対するアミノ酸効果についての研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史
  • 学会等名: 第9回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
  • 発表場所: Fukui Institute(京都府)
  • 年月日: 2012-01-06
• [学会発表] Theoretical Studies on Current-Voltage (I-V) Characteristics of Metal Containing Artificial DNA and Ni Complex Based Molecular Devices (2012)
  • 学会等名: 2012 Workshop on Innovative Nanoscale Devices and Systems (WINDS)
  • 発表場所: Hapuna Beach Hotel, Hawaii, USA
• [学会発表] Design of Nylon Oligomer Hydrolase on the Basis of Simulations (2012)
  • 学会等名: BIT's 3rd Symposium on Enzymes & Biocatalysis 2012
  • 発表場所: Xian, China
• [学会発表] Design of Nylon Oligomer Hydrolase on the Basis of Simulations (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta
  • 学会等名: BIT’s 3rd Symposium on Enzymes & Biocatalysis 2012
  • 発表場所: Xian, China
  • 招待講演
• [学会発表] Theoretical Studies on Current-voltage (I-V) Characteristics of Metal Containing Artificial DNA and Ni Complex Based Molecular Devices (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta
  • 学会等名: 2012 Workshop on Innovative Nanoscale Devices and Systems (WINDS)
  • 発表場所: Hawaii, USA
  • 招待講演
• [学会発表] 生体内化学反応解析の基礎 (2012)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 第２回 量子化学ウィンタースクール
  • 発表場所: 分子科学研究所
  • 招待講演
• [学会発表] 第一原理計算による生体内反応解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 神戸大学第4回協定講座シンポジウム 「計算生物学と材料科学の融合」
  • 発表場所: 神戸大学統合研究拠点 コンベンションホール
  • 招待講演
• [学会発表] Mutational Effects on the Acylation of Nylon Oligomer Hydrolase (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Baba
  • 学会等名: The XIVth International Congress of Quantum Chemistry (Poster)
  • 発表場所: Boulder, Colorado, USA
• [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素の反応機構に対するアミノ酸変異の効果 (2012)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史
  • 学会等名: 分子科学討論会2012（口頭）
  • 発表場所: 東京大学
• [学会発表] NylBの反応機構に対するアミノ酸変異導入の効果 (2012)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史
  • 学会等名: 第64回日本生物工学会大会（口頭）
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] アシル化反応に対するアミノ酸変異の効果 (2012)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史
  • 学会等名: 第10回京都大学福井謙一記念センターシンポジウム（ポスター）
  • 発表場所: 京都大学福井謙一記念センター
• [学会発表] Variational Determination of Free Energy in Terms of Cumulant Mechanics (2012)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta
  • 学会等名: The XIVth International Congress of Quantum Chemistry (Poster)
  • 発表場所: Boulder, Colorado, USA
• [学会発表] キュミュラント変数による変分的自由エネルギー解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 第15回理論化学討論会（口頭）
  • 発表場所: 仙台市福祉プラザ
• [学会発表] キュミュラント動力学法によるクラスター構造転移の変分的自由エネルギー解析 (2012)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 分子科学討論会2012（口頭）
  • 発表場所: 東京大学
• [学会発表] pKa estimation of artificial DNA bases and amino acids (2012)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: 6^<th> ACCMS-VO
  • 発表場所: Institute of Materials Research(宮城県)
• [学会発表] QM/MM第一原理分子動力学法によるナイロン工業副産物分解酵素の反応機構の解明 (2012)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政
  • 学会等名: 第67回日本物理学会年次大会
  • 発表場所: 関西学院大学(兵庫県)
• [学会発表] Siナノ結晶モデルの非線形光学物性に関する理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 桑原弘幸
  • 学会等名: 第92回日本化学会春期年会
  • 発表場所: 慶応大学(東京都)
• [学会発表] シトクロムc酸化酵素にみられるCu_A部位の電子構造への配位子効果に関する理論的研究 (2012)
  • 著者名/発表者名: 鷹野優
  • 学会等名: 第92回日本化学会春期年会
  • 発表場所: 慶応大学(東京都)
• [学会発表] 官能基の類似性を利用した酸解離定数の新規算出法と応用 (2012)
  • 著者名/発表者名: 松井亨
  • 学会等名: 第92回日本化学会春期年会
  • 発表場所: 慶応大学(東京都)
• [学会発表] Structure and Properties of Metal-containing Mismatch DNA Base (2011)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: The Fifth General Meeting of ACCMS-VO
  • 発表場所: 東北大学・金属材料研究所
  • 年月日: 2011-01-11
• [学会発表] First-principle Analyses on Reaction Mechanisms of Enzymes and Related Topics (2011)
  • 学会等名: International Conference of Computational Methods in Sciences and Engineering 2011
  • 発表場所: Halkidiki, Greece
• [学会発表] Classical and Quantal Cumulant Dynamics (2011)
  • 学会等名: 16th International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics
  • 発表場所: Ishikawa, Japan
• [学会発表] Classical Cumulant Dynamics (2011)
  • 学会等名: 7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
  • 発表場所: Tokyo, Japan
• [学会発表] 古典的キュミュラント動力学法 (2011)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 第14回理論化学討論会
  • 発表場所: 岡山大学(岡山県)
• [学会発表] CAM-B3LYP法によるジアリールエテン誘導体のUV-Visスペクトル計算 (2011)
  • 著者名/発表者名: 奥野克樹
  • 学会等名: 第14回理論化学討論会
  • 発表場所: 岡山大学(岡山県)(ポスター発表)
• [学会発表] ナイロン6工業副産物分解酵素の反応機構の第一原理分子動力学法による解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政
  • 学会等名: 第11回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
• [学会発表] Classical Cumulant Dynamics (2011)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: 7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
  • 発表場所: Waseda University(東京都)(招待講演)
• [学会発表] Classical and Quantal Cumulant Dynamics (2011)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: 16th International Workshop on Quantum Systems in Chemistry and Physics
  • 発表場所: Kanazawa University(石川県)(招待講演)
• [学会発表] First Principle Study of the Stability of H Atoms in SiN Layers on MONOS-Type Memories During Program/Erase Operations (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Yamaguchi
  • 学会等名: 2011 International Conference on Simulation of Semicon ductor Processes and Devices
  • 発表場所: Hotel Hankyu Expo Park(大阪府)
• [学会発表] Experimental and computational studies on mutational effects on nylon-6 byproducts-degrading enzyme (2011)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Baba
  • 学会等名: 第49回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 兵庫県立大学(兵庫県)
• [学会発表] 古典的キュミュラント動力学法によるクラスター構造転移の理論解析 (2011)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: 第5回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター(北海道)
• [学会発表] PCM法と有限場法による超分極率の計算手法の開発 (2011)
  • 著者名/発表者名: 乾智也
  • 学会等名: 第5回分子科学討論会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター(北海道)(ポスター発表)
• [学会発表] アミド化合物の酵素合成:高効率触媒の形成要件 (2011)
  • 著者名/発表者名: 小林達也
  • 学会等名: 第63回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 東京農工大学(東京都)
• [学会発表] ナイロンオリゴマー分解酵素NylBの基質認識機構 (2011)
  • 著者名/発表者名: 西口拓紀
  • 学会等名: 第63回日本生物工学会大会
  • 発表場所: 東京農工大学(東京都)
• [学会発表] First principle analyses on reaction mechanisms of enzymes and related topics (2011)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: ICCMSE 2011
  • 発表場所: G-Hotels, Thessaloniki, Greece(招待講演)
• [学会発表] Structural Feature of Entrance at a Proton Transfer Pathway (2011)
  • 著者名/発表者名: Yasuteru Shigeta
  • 学会等名: The 14th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations
  • 発表場所: University of Tokyo(東京都)(ポスター発表)
• [学会発表] First-Principles Molecular Dynamics Study on Reaction Mechanisms of Nylon-6 Byproduct-Degrading Enzyme (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Kamiya
  • 学会等名: The 14th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations
  • 発表場所: University of Tokyo(東京都)(ポスター発表)
• [学会発表] Theoretical study on artificial and mismatch DNA bases (2010)
  • 著者名/発表者名: 重田育照
  • 学会等名: Symposium #5, Pacifichem 2010
  • 発表場所: Hawaii, USA(招待講演)
  • 年月日: 2010-12-19
• [学会発表] First-principles Studies of Relationship between Proton Behaviour and Physiological Environments in Proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政、重田育照
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 東北大学
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] Molecular dynamics studies on mutational structures of a Nylon-6 by product-degrading enzyme (2010)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史、神谷克政、重田育照、根来誠司
  • 学会等名: 第48回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 東北大学
  • 年月日: 2010-09-20
• [学会発表] ウラシル類似体の構造変化に関する理論的研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 松井亨、重田育照
  • 学会等名: 第4回分子科学会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] キラル架橋ケテン・オレフィン付加環化の立体選択性の理論解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政、杉村高志、重田育照
  • 学会等名: 第4回分子科学会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2010-09-17
• [学会発表] 弾性散乱グリーン関数法による電気伝導計算の開殻系への応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 中西康之、松井亨、北河康隆、重田育照、齋藤徹、片岡祐介、川上貴資、山口兆、奥村光隆
  • 学会等名: 第4回分子科学会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] 実空間密度汎関数理論に基づくCar-Parrinello分子動力学法の実装 (2010)
  • 著者名/発表者名: 重田育照、小泉健一、神谷克政、岩田潤一、押山淳
  • 学会等名: 第4回分子科学会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2010-09-16
• [学会発表] 分子動力学法によるナイロンオリゴマー分解酵素の分子認識機構の研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史、神谷克政、重田育照、根来誠司
  • 学会等名: 第4回分子科学会
  • 発表場所: 大阪大学
  • 年月日: 2010-09-15
• [学会発表] Analyses of Bio-Molecular Reactions Based on First-Principles Calculations (2010)
  • 学会等名: Frontier in reaction path theory
  • 発表場所: 福井謙一記念研究センター・京都大学
  • 年月日: 2010-09-12
• [学会発表] Theoretical study on metal containing artificial DNA bases (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政、杉村高志、重田育照
  • 学会等名: 15^<th> Quantum Systems in Chemistry and Physics
  • 発表場所: Cambridge, UK
  • 年月日: 2010-09-02
• [学会発表] Differential Activation Entropy as a Stereocontrol Factor in Intramolecular Reaction (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政、重田育照、杉村高志
  • 学会等名: The 20th International Conference on Physical Organic Chemistry
  • 発表場所: Busan, Korea
  • 年月日: 2010-08-27
• [学会発表] 蛋白質中のプロトンの挙動と立体構造の相関関係の量子論に基づく解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 神谷克政、重田育照
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2010-06-18
• [学会発表] 分子動力学法によるナイロンオリゴマー分解酵素の分子認識機構の研究 (2010)
  • 著者名/発表者名: 馬場剛史、神谷克政、重田育照
  • 学会等名: 第10回日本蛋白質科学会年会
  • 発表場所: 札幌コンベンションセンター
  • 年月日: 2010-06-17
• [学会発表] Theoretical Study on Artificial and Mismatch DNA Bases (2010)
  • 学会等名: Symposium #5 Pacifichem 2010
  • 発表場所: Hawaii, USA
• [学会発表] Theoretical Studies on Reaction Mechanism of An Enzyme Cleaving Unnatural Amide Compound
  • 学会等名: Symposium on Molecular Science and Synthesis of Functional Molecules for Next Generation
  • 発表場所: Hiroshima, Japan
• [学会発表] Quantum chemical studies for estimation of pKa and redox potential
  • 学会等名: World Congress on Petrochemistry and Chemical Engineering
  • 発表場所: San Antonio USA
• [学会発表] 生体内化学反応解析の基礎 : 化学反応理解の為の古典・統計・量子力学
  • 学会等名: 分子研量子化学冬の学校
  • 発表場所: 分子科学研究所
• [図書] "Quantal Cumulant Mechanics as Extended Ehrenfest Theorem", Quantum Mechanics, Chap. 17 (2013)
  • 著者名/発表者名: Y. Shigeta
  • 出版者: InTech open
• [図書] "Theoretical Studies on Metal-Containing Artificial DNA Bases", Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui, H. Miyachi, Y. Shigeta
  • 出版者: InTech open
• [図書] Chap. 25 of Advances in the Theory of Atomic and Molecular Systems, Conceptual and Computational Advances in Quantum Chemistry (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Matsui
  • 出版者: Springer
• [図書] Prograess in Theoretical Chemistry and Physics B22 Chap 25 (2011)
  • 著者名/発表者名: T.Mastui
  • 総ページ数: 28
  • 出版者: Springer