状態空間モデルによる動的薬剤効果推定手法の開発

• 研究課題/領域番号: 22700308
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 山口 類 東京大学, 医科学研究所, 講師 (90380675)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 3,640千円 (直接経費: 2,800千円、間接経費: 840千円); 2011年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2010年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: 薬剤効果 / 状態空間モデル / 統計的モデリング / システム生物学 / バイオインフォマティクス / データ解析

研究概要

薬剤投与下の細胞から得られた時系列遺伝子発現データから、直接は観測できない生体システムに対する動的薬剤効果を推定することのできる状態空間モデルに基づく統計モデルを開発した。

研究成果

• [雑誌論文] SiGN-SSM : open source parallel software for estimating gene networks with state space models (2011)
  • 著者名/発表者名: Tamada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Hirose O, Yoshida R, Nagasaki M, Miyano S
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27(8) 号: 8 ページ: 1172-1173
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/btr078
  • 査読あり
• [雑誌論文] SiGN large-scale gene network estimation environment for high performance computing (2011)
  • 著者名/発表者名: Tamada Y, Shimamura T, Yamaguchi R, Imoto S, Nagasaki M, Miyano S.
  • 雑誌名: Genome Informatics 巻: 25巻 ページ: 40-52
  • NAID: 130004567842
  • URL: http://www.jstage.jst.go.jp/article/gi/25/1/25_1_40/_article
  • 査読あり
• [雑誌論文] SiGN : large-scale gene network estimation environment for high performance computing (2011)
  • 著者名/発表者名: Tamada Y, Shimamura T, Yamaguchi R, Imoto S, Nagasaki M, Miyano S
  • 雑誌名: Genome Informatics 巻: 25 ページ: 40-52
  • NAID: 130004567842
  • 査読あり
• [雑誌論文] SiGN-SSM : open source parallel software for estimating gene networks with state space models (2011)
  • 著者名/発表者名: Tamada Y, Yamaguchi R, Imoto S, Hirose O, Yoshida R, Nagasaki M, Miyano S.
  • 雑誌名: Bioinformatics 巻: 27 ページ: 1172-1173
  • 査読あり
• [学会発表] Estimation of dynamic drug effects on gene modules from time-course transcriptome data by using state-space model (2012)
  • 著者名/発表者名: Rui Yamaguchi, 他
  • 学会等名: X-Gen Congress & Expo
  • 発表場所: Hilton hotel,米国(San Diego)
  • 年月日: 2012-03-06
• [学会発表] Estimation of dynamic drug effects on gene modules from time-course transcriptome data by using state-space mode (2012)
  • 著者名/発表者名: Rui Yamaguchi, Seiya Imoto, Mai Yamauchi, Asuka Nakata, Kunihiko Hinohara, Yoshinori Tamada, Ryo Yoshida, Teppei Shimamura, Masao Nagasaki, Noriko Gotoh, Satoru Miyano
  • 学会等名: X-Gen Congress & Expo
  • 発表場所: Hilton hotel,米国(San Diego)
  • 年月日: 2012-03-06
• [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model (2011)
  • 著者名/発表者名: Rui Yamaguchi
  • 学会等名: The Joint Meeting of the 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
  • 発表場所: Academia Sinica、台湾
  • 年月日: 2011-12-17
• [学会発表] Identification of dissimilarities in high-dimensional gene regulatory systems by predicted discrepancies from state space model (2011)
  • 著者名/発表者名: Rui Yamaguchi
  • 学会等名: The Joint Meeting of the 2011 Taipei International Statistical Symposium and 7th Conference of the Asian Regional Section of the IASC
  • 発表場所: Academia Sinica,台湾(台北)(招待講演)
  • 年月日: 2011-12-17
• [学会発表] 動的予測による遺伝子間制御関係の異常探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山口類
  • 学会等名: 大分統計談話会第42回大会
  • 発表場所: 富士通大分ソフトウェアラボラトリ、大分
  • 年月日: 2010-10-21
• [学会発表] 動的予測による遺伝子間制御関係の異常探索 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山口類
  • 学会等名: 大分統計談話会第42回大会
  • 発表場所: 富士通大分ソフトウェアラボラトリ 大分
  • 年月日: 2010-10-21
• [学会発表] 状態空間モデリングによる遺伝子発現制御に関わる動的薬剤効果の推定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山口類、井元清哉、山内麻衣、島村徹平、後藤典子、宮野悟
  • 学会等名: 2010年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 早稲田大学、東京
  • 年月日: 2010-09-08
• [学会発表] 状態空間モデリングによる遺伝子発現制御に関わる動的薬剤効果の推定 (2010)
  • 著者名/発表者名: 山口類, 井元清哉, 山内麻衣, 島村徹平, 後藤典子, 宮野悟
  • 学会等名: 2010年度統計関連学会連合大会
  • 発表場所: 早稲田大学 東京
  • 年月日: 2010-09-08
• [学会発表] Detection of Systematic Differences in Gene Regulations and Extraction of Gene Signatures by Using State Space Model (2010)
  • 著者名/発表者名: Rui Yamaguchi
  • 学会等名: 2010 NCTS International Conference on Probability and Statistics with Applications in Biology
  • 発表場所: National Center for Theoretical Sciences,台湾
  • 年月日: 2010-07-15
• [学会発表] Detection of Systematic Differences in Gene Regulations and Extraction of Gene Signatures by Using State Space Model (2010)
  • 著者名/発表者名: Rui Yamaguchi
  • 学会等名: 2010 NCTS International Conference on Probability and Statistics with Applications in Biology
  • 発表場所: National Center for Theoretical Sciences, Taiwan
  • 年月日: 2010-07-15