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発生・分化システムの時系列遺伝子発現の安定状態(アトラクター)の同定と遷移解析

研究課題

研究課題/領域番号 22700311
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生体生命情報学
研究機関東北大学 (2012)
東京医科歯科大学 (2010-2011)

研究代表者

荻島 創一  東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 講師 (40447496)

研究期間 (年度) 2010 – 2012
研究課題ステータス 完了 (2012年度)
配分額 *注記
3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2012年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2011年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2010年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード生体生命システム情報学 / 発生・分化 / 時系列発現解析 / システム生物 / 時系列遺伝子発現 / アトラクター
研究概要

発生・分化過程について、遺伝子発現の安定状態(アトラクター)の遷移として大局的に理解する新しい方法論を確立した。iPS細胞の分化過程について、遺伝子発現データに基づいて主成分分析により相空間を定義した。次に、遺伝子発現量に基づいて各細胞状態の出現頻度を求め、各細胞状態の実現確率を算出した。これを発現ポテンシャル場として、細胞の状態安定性を示す発現ポテンシャル場を定義した。

報告書

(4件)
  • 2012 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2013 2012 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (24件) (うち招待講演 3件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] A map of Alzheimer'sdisease-signaling pathways: a hope for drug target discovery2013

    • 著者名/発表者名
      Ogishima S, Mizuno S, Kikuchi M, Miyashita A, Kuwano R, Tanaka H, Nakaya J.
    • 雑誌名

      Clin Pharmacol Ther

      巻: 93(5) 号: 5 ページ: 399-401

    • DOI

      10.1038/clpt.2013.37

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The 3rd DBCLS BioHackathon: improving life science data integration with Semantic Web technologies2013

    • 著者名/発表者名
      Katayama T, Wilkinson MD, Micklem G, Kawashima S, Yamaguchi A, Nakao M,Yamamoto Y, Okamoto S, Oouchida K, Chun HW, Aerts J, Afzal H, Antezana E, Arakawa K, Aranda B, Belleau F, Bolleman J, Bonnal RJ, Chapman B, Cock PJ, Eriksson T, Gordon PM, Goto N, Hayashi K, Horn H, Ishiwata R, Kaminuma E, Kasprzyk A, Kawaji H, Kido N, Kim YJ,Kinjo AR, Konishi F, Kwon KH, Labarga A, Lamprecht AL, Lin Y, Lindenbaum P, McCarthy L, Morita H, Murakami K, Nagao K, Nishida K, Nishimura K, Nishizawa T, Ogishima S, Ono K, Oshita K, Park KJ, Prins P, Saito TL, Samwald M, SatagopamVP, Shigemoto Y, Smith R, Splendiani A, Sugawara H, Taylor J, Vos RA, Withers D, Yamasaki C, Zmasek CM, Kawamoto S, Okubo K, Asai K, Takagi T.
    • 雑誌名

      J Biomed Semantics

      巻: 4(1) 号: 1 ページ: 6-6

    • DOI

      10.1186/2041-1480-4-6

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] AlzPathway: a comprehensive map of signaling pathways of Alzheimer'sdisease2012

    • 著者名/発表者名
      Mizuno S, Iijima R, Ogishima S, Kikuchi M, Matsuoka Y, Ghosh S, Miyamoto T, Miyashita A, Kuwano R, Tanaka H.
    • 雑誌名

      BMC Syst Biol

      巻: 6 号: 1 ページ: 52-52

    • DOI

      10.1186/1752-0509-6-52

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hub-centered gene network reconstruction using automatic relevance determination2012

    • 著者名/発表者名
      Bock M, Ogishima S, Tanaka H, Kramer S, Kaderali L
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 7(5) 号: 5 ページ: e35077-e35077

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0035077

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human mesenchymal stem cells in synovial fluid increase in the knee with degenerated cartilage and osteoarthritis.2012

    • 著者名/発表者名
      Sekiya I.
    • 雑誌名

      JOURNAL OF ORTHOPAEDIC RESEARCH

      巻: 30(6) 号: 6 ページ: 943-949

    • DOI

      10.1002/jor.22029

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Omics-based identification of pathophysiological processes2011

    • 著者名/発表者名
      Tanaka H, Ogishima S
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 719 ページ: 499-509

    • DOI

      10.1007/978-1-61779-027-0_23

    • ISBN
      9781617790263, 9781617790270
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperablebioinformatics Web services for integrated applications2011

    • 著者名/発表者名
      Katayama T, Wilkinson MD, Vos R, Kawashima T, Kawashima S, Nakao M, Yamamoto Y, Chun HW, Yamaguchi A, Kawano S, Aerts J, Aoki-Kinoshita KF, Arakawa K, Aranda B, Bonnal RJ, Fernandez JM, Fujisawa T, Gordon PM,Goto N, Haider S, Harris T, Hatakeyama T, Ho I, Itoh M, Kasprzyk A, Kido N, Kim YJ, Kinjo AR, Konishi F, Kovarskaya Y, von Kuster G, Labarga A, Limviphuvadh V, McCarthy L, Nakamura Y, Nam Y, Nishida K, Nishimura K, Nishizawa T, Ogishima S, Oinn T, Okamoto S, Okuda S,Ono K, Oshita K, Park KJ, Putnam N, Senger M, Severin J, Shigemoto Y, Sugawara H, Taylor J, Trelles O, Yamasaki C, Yamashita R, Satoh N, Takagi T.
    • 雑誌名

      J Biomed Semantics

      巻: 2 号: 1 ページ: 4-4

    • DOI

      10.1186/2041-1480-2-4

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書 2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of the novel ER protein Maxer by mutant ataxin-1 in Bergman glia contributes to non-cell-autonomous toxicity2010

    • 著者名/発表者名
      Shiwaku, H., Yoshimura, N., Tamura, T., Sone, M., Ogishima, S., Watase, K., Tagawa, K., and Okazawa, H.
    • 雑誌名

      EMBO J.

      巻: 29 号: 14 ページ: 2446-2460

    • DOI

      10.1038/emboj.2010.116

    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Suppression of the novel ER protein Maxer by mutant ataxin-1 in Bergman glia contributes to non-cell-autonomous toxicity.2010

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Shiwaku
    • 雑誌名

      EMBO Journal

      巻: 29 ページ: 2446-60

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] (2013)システムバイオロジーの動向とクリニカルシステムシステムバイオロジーへの展開2013

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会生命システム理論研究会
    • 発表場所
      京都大学化学研究所
    • 年月日
      2013-01-15
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] (2012)10年後に期待されるバイオメディカルを支えるオープンバイオ技術2012

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      次世代シーケンス現場の会・オープンバイオ研究会・生命情報科学若手の会・定量生物学の会4会合同シンポジウム「これからの生命科学を考える」
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 年月日
      2012-10-17
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] (2012)臨床オミックスデータのシステム生物学的解析と統合生物学的解析-アルツハイマー病および希少性疾患における取り組み2012

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      第329回情報計算化学生物学会研究講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館
    • 年月日
      2012-08-03
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] (2012)"Expression trajectories" of reprogramming and differentiation on expression potential field2012

    • 著者名/発表者名
      宮本直,荻島創一,中谷純,田中博
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] “Expression trajectories” of reprogramming and differentiation on expression potential field2012

    • 著者名/発表者名
      宮本直, 荻島創一, 中谷純, 田中博
    • 学会等名
      生命医薬情報学連合大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] (2011)アルツハイマー病のシグネチャ遺伝子の遺伝子調節ネットワークの疾患アトラクターとしての推定2011

    • 著者名/発表者名
      荻島創一,菊地正隆,田中博
    • 学会等名
      日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-12
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] アルツハイマー病のシグネチャ遺伝子の遺伝子調節ネットワークの疾患アトラクターとしての推定2011

    • 著者名/発表者名
      荻島創一, 菊地正隆, 田中博
    • 学会等名
      第35回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2011-12-12
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] BioCichlid : central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network2011

    • 著者名/発表者名
      Soichi Ogishima
    • 学会等名
      InCoB 2010
    • 発表場所
      Waseda Univ, Tokyo(Japan)
    • 年月日
      2011-09-26
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] (2011)オミックスデータの統合による疾患システム生物学研究の現状2011

    • 著者名/発表者名
      荻島創一,田中博
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会糖鎖インフォマティクス若手の会
    • 発表場所
      立命館大学びわこ・くさつキャンパス
    • 年月日
      2011-08-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] オミックスデータの統合による疾患システム生物学研究の現状2011

    • 著者名/発表者名
      荻島創一, 田中博
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会糖鎖インフォマティクス若手の会
    • 発表場所
      立命館大学びわこ・くさつキャンパス
    • 年月日
      2011-08-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] (2011)先制医療のためのバイオマーカーのシステム生物学的アプローチによる探索2011

    • 著者名/発表者名
      荻島創一,田中博
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会応用システムバイオロジー第3回研究会
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2011-06-27
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] 先制医療のためのバイオマーカーのシステム生物学的アプローチによる探索2011

    • 著者名/発表者名
      荻島創一, 田中博
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会応用システムバイオロジー第3回研究会
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2011-06-27
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] (2011) Inference of DiseaseAttractors and Gene Regulatory Network of Disease Progression2011

    • 著者名/発表者名
      Ogishima S
    • 学会等名
      CDB Symposium2011
    • 発表場所
      RIKEN CDB, Kobe, Japan
    • 年月日
      2011-03-14
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Inference of Disease Attractors and Gene Regulatory Network of Disease Progression2011

    • 著者名/発表者名
      Soichi Ogishima
    • 学会等名
      CDB Symposium 2011
    • 発表場所
      理化学研究所発生・再生科学総合研究センター(神戸)
    • 年月日
      2011-03-14
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] (2011) Network-based inference of signature genes of Alzheimer's disease progression2011

    • 著者名/発表者名
      Ogishima S, Kikuchi M, Miyashita T, Kuwano R, Tanaka H.
    • 学会等名
      International Conferenceon Systems Biology 2011
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] (2011) Inference of the master regulators in the gene regulatory network of Alzheimer'sdisease progression2011

    • 著者名/発表者名
      Ogishima S
    • 学会等名
      Asia Pacific Bioinformatics Conference 2011
    • 発表場所
      Incheon, Korea
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] Network-based inference of signature genes of Alzheimer's disease progression2011

    • 著者名/発表者名
      Ogishima, S., Kikuchi, M., Miyashita, T., Kuwano, R., Tanaka, H.
    • 学会等名
      International Conference on Systems Biology 2011
    • 発表場所
      Heidelberg, Germany
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Inference of the master regulators in the gene regulatory network of Alzheimer's disease progression2011

    • 著者名/発表者名
      Soichi Ogishima
    • 学会等名
      Asia Pacific Bioinformatics Conference 2011
    • 発表場所
      Incheon(Korea)
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] (2010)AlzPathway:アルツハイマー病のリスク遺伝子探索や分子機序の解明のための網羅的パスウエイマップ2010

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] AlzPathway:アルツハイマー病のリスク遺伝子探索や分子機序の解明のための網羅的パスウエイマップ2010

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      第33回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場
    • 年月日
      2010-12-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] (2010) BioCichlid : central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network2010

    • 著者名/発表者名
      Ogishima S
    • 学会等名
      InCoB 2010
    • 発表場所
      Waseda Univ, Tokyo, Japan
    • 年月日
      2010-09-26
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [学会発表] システムバイオロジーの動向とクリニカルシステムバイオロジーへの展開

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      日本バイオインフォマティクス学会 生命システム理論研究会
    • 発表場所
      京都大学化学研究所
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 臨床オミックスデータのシステム生物学的解析と統合生物学的解析 - アルツハイマー病および希少性疾患における取り組み

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      第329回情報計算化学生物学会研究講演会
    • 発表場所
      東京大学山上会館
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 10年後に期待されるバイオメディカルを支えるオープンバイオ技術

    • 著者名/発表者名
      荻島創一
    • 学会等名
      次世代シーケンス現場の会・オープンバイオ研究会・生命情報科学若手の会・定量生物学の会 4会合同シンポジウム「これからの生命科学を考える」
    • 発表場所
      タワーホール船堀
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
    • 招待講演
  • [図書] (2012) 先制医療と創薬のための疾患システムバイオロジー-オミックス医療からシステム分子医学へ2012

    • 著者名/発表者名
      田中博,茂櫛薫,荻島創一,高井貴子
    • 出版者
      培風館
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書
  • [図書] (2012)バイオ実験に絶対使える統計の基本Q&A~論文が書ける読めるデータが見える!2012

    • 著者名/発表者名
      秋山徹(監修),井元清哉(編集),河府和義(編集),藤渕航(編集),荻島創一
    • 出版者
      培風館
    • 関連する報告書
      2012 研究成果報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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