タンパク質相互作用パターン解析と予測法の開発

• 研究課題/領域番号: 22700314
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体生命情報学
• 研究機関: 北里大学
• 研究代表者: 寺師 玄記 北里大学, 薬学部, 講師 (40383658)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円); 2011年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円); 2010年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
• キーワード: 生体生命情報学 / バイオインフォマティクス / タンパク質間相互作用

研究概要

タンパク質間相互作用パターン解析と予測法の開発のため、タンパク質間相互作用部位データベースの作成、および三次元座標で表現された相互作用部位検索に使用する検索方法を新たに開発した。タンパク質の三次元構造を問い合わせにして、局所的な部分構造検索(3-D substructure search)の新たなアルゴリズムを開発し、既存の手法で最も探索速度の速い手法と比較して9～23倍高速な検索が可能となった。

研究成果

• [雑誌論文] A Protein Three-Dimensional Substructure Search Program Based on the Lower Bound of a Root Mean Square Deviation Value (2012)
  • 著者名/発表者名: Terashi G, Shibuya T, Takeda-Shitaka M
  • 雑誌名: Journal of computational biology 巻: 19(5) 号: 5 ページ: 493-503
  • DOI: 10.1089/cmb.2011.0230
  • URL: http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/cmb.2011.0230
  • 査読あり
• [学会発表] LB3D : Fast protein 3D substructure search program (2011)
  • 著者名/発表者名: 寺師玄記
  • 学会等名: 2011年日本バイオインフォマティクス学会年会
  • 発表場所: 神戸
  • 年月日: 2011-12-08
• [学会発表] LB3D : Fast protein 3D substructure search program (2011)
  • 著者名/発表者名: 寺師玄記
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会2011年会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
  • 年月日: 2011-11-08
• [学会発表] タンパク質間相互作用予測プログラムの開発と応用 (2010)
  • 著者名/発表者名: 寺師玄記
  • 学会等名: 第23回北里バイオサイエンスフォーラム
  • 発表場所: 青森県十和田
  • 年月日: 2010-08-06