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マイクロRNAプロモータの網羅的プロファイリング

研究課題

研究課題/領域番号 22710189
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 ゲノム生物学
研究機関独立行政法人理化学研究所

研究代表者

川路 英哉  独立行政法人理化学研究所, 小分子RNA連携ユニット, ユニットリーダー (20525406)

研究期間 (年度) 2010 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
2010年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードmiRNA / primary transcript / promoter / transcriptome / transcriptional regulation / small RNA / next generation sequencer / primary miRNA / non-coding RNA / プロモータ / 転写開始点 / RNA silencing / RNA干渉 / primary miRN / ncRNA
研究概要

マイクロRNAの生合成経路をノックダウンしその核内RNAを次世代シーケンサによりプロファイルするアプローチを試みた。一分子シーケンサを用いることで定量的な転写開始点プロファイリングを行うHeliScopeCAGEを用い60のmiRNAに関するプロモータ24個を同定し、長鎖RNAを断片的にシーケンスすることでその全長の再構築を目指すRNA-Seqを用いることで、24のうちの半数以上に関するprimary miRNAを同定した。

報告書

(3件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2011

すべて 学会発表 (7件)

  • [学会発表] 網羅的なRNAの同定、定量、ネットワーク解析における計算機解析2011

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      第14回情報論的学習理論ワークショップ
    • 発表場所
      奈良県奈良市
    • 年月日
      2011-11-10
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] 網羅的なRNAの同定、定量、ネットワーク解析における計算機解析2011

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      第14回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2011)
    • 発表場所
      奈良県奈良市(招待講演)
    • 年月日
      2011-11-10
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing2011

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      中央大学理工学部物理学科セミナー
    • 発表場所
      東京都文京区
    • 年月日
      2011-09-07
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throug hput sequencing2011

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      中央大学理工学部物理学科セミナー
    • 発表場所
      東京都文京区(招待講演)
    • 年月日
      2011-09-07
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Alternative structures of primary miRNAs2011

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      NGS現場の会
    • 発表場所
      静岡県熱海市
    • 年月日
      2011-05-29
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throughput sequencing2011

    • 著者名/発表者名
      Kawaji H
    • 学会等名
      RNA2011
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Alternative structures of primary microRNAs revealed with high-throug hput sequencing2011

    • 著者名/発表者名
      川路英哉
    • 学会等名
      RNA2011
    • 発表場所
      京都府京都市
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2016-04-21  

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