抗生物質生成菌と光合成細菌の転写関連データベースの構築とその応用

• 研究課題/領域番号: 22710199
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: システムゲノム科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 蒔田 由布子 独立行政法人理化学研究所, 生命情報基盤研究部門, 研究員 (80443026)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2012
• 研究課題ステータス: 完了 (2012年度)
• 配分額: 5,690千円 (直接経費: 4,377千円、間接経費: 1,313千円); 2012年度: 1,660千円 (直接経費: 1,277千円、間接経費: 383千円); 2011年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円); 2010年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
• キーワード: リファレンスデータベース / 転写制御 / 文献抽出 / 比較ゲノム / プロモータ解析 / ネットワークモチーフ解析 / データベース / Streptomyces / Synochocystis / 放線菌 / マニュアルアノテーション / 光合成細菌 / Synecocystis

研究概要

転写制御因子の進化速度は他のタンパク質に比べ速く、近縁種においてもその制御関係が保存されていない。そのため、一部のモデル微生物にのみ注目するのでは、バクテリアの多様性を理解するのにおいて不十分である。そのため本研究では、特出すべき特性を持つ、抗生物質生産菌の放線菌と光合成細菌の藍藻に注目し、約500 文献から転写制御情報を抽出し、データベースを構築した。またそのデータを用いて、比較ゲノム解析やネットワークモチーフ解析を行ない、生物種特有の機能(放線菌の抗生物質合成、藍藻の光合成)に関する転写ネットワークの特異性を示した。

研究成果

• [学会発表] 放線菌転写関連データベース(DBSCR)の構築とゲノムGC 含量と転写因子認識配列の相関 (2012)
  • 著者名/発表者名: 蒔田由布子、石井崇洋、豊田哲郎、中井謙太
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] Construction of transcriptional regulatory database in Streptomyces and comparative analysis of transcription factor binding sequences (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuko MAKITA, Takahiro ISHII, Tetsuro TOYODA, Kenta NAKAI
  • 学会等名: 2012 年生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 東京都江戸川区 タワーホール船堀
• [学会発表] Construction of transcriptional regulatory database in Streptomyces and comparative analysis of transcription factor binding sequences (2012)
  • 著者名/発表者名: Yuko MAKITA
  • 学会等名: 2012年生命医薬情報学連合大会
  • 発表場所: 東京都江戸川区 タワーホール船堀
• [学会発表] 放線菌転写関連データベース(DBSCR)の構築とゲノムGC含量と転写因子認識配列の相関 (2012)
  • 著者名/発表者名: 蒔田由布子
  • 学会等名: 第35回日本分子生物学会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 放線菌転写関連DB:DBSCR (2010)
  • 著者名/発表者名: 蒔田由布子
  • 学会等名: グラム陽性菌ゲノム機能会議
  • 発表場所: 長野
  • 年月日: 2010-09-03
• [学会発表] 放線菌転写関連データベース(DBSCR)の構築と転写モチーフ解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 蒔田由布子
  • 学会等名: グラム陽性菌ゲノム機能会議
  • 発表場所: ホテル木曽路
  • 年月日: 2010-09-03
• [図書] Bacterial Gene Regulation and Transcriptional Networks (2013)
  • 著者名/発表者名: Yuko Makita
  • 出版者: Caister Academic Press
• [図書] Chapter 10: Bacillus subtilis Transcriptional Network Bacterial Gene Regulation and Transcriptional Networks (M. Madan Babu Edit)
  • 著者名/発表者名: Yuko MAKITA and Kenta NAKAI
  • 出版者: Caister Academic Press
• [備考]
  • URL: http://dbscr.hgc.jp
• [備考] 放線菌転写関連データベース
  • URL: http://dbscr.hgc.jp/
• [備考]
  • URL: http://dbscr.hgc.jp/
• [備考]
  • URL: http://dbscr.hgc.jp/