真菌を含む微生物メタゲノムからの遺伝子予測および種分類

• 研究課題/領域番号: 22710203
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 野口 英樹 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 特任准教授 (50333349)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2011年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円); 2010年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: メタゲノム / 生物情報科学 / 遺伝子予測

研究概要

本研究では、複数の生物種のゲノム断片が混じったメタゲノムデータから遺伝子領域を予測するための情報科学的手法の開発を行った。遺伝子領域では使用される塩基に偏りが見られるが、その偏りは生物種ごとに異なる。本研究では、ゲノム断片のGC含量からその生物種における塩基出現頻度を推定することで、原核生物より複雑な遺伝子構造を持つ真核生物のメタゲノムデータからでも高い精度での遺伝子予測が可能であることを示した