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HIV-1env遺伝子V3領域の符号論的解析

研究課題

研究課題/領域番号 22740071
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 数学一般(含確率論・統計数学)
研究機関東京理科大学

研究代表者

佐藤 圭子  東京理科大学, 理工学部, 准教授 (30366439)

研究期間 (年度) 2010-04-01 – 2014-03-31
研究課題ステータス 完了 (2013年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2013年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2012年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2011年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2010年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
キーワード符号構造 / HIV-1感染症患者 / 病期進行 / 符号理論 / HIV-1env遺伝子 / HIV-lenv遺伝子
研究概要

HIV-1感染症患者の病期経過には著しい個人差があり、感染から数年で死に至る場合もあれば10年以上経ってもAIDSを発症しない場合もある。
HIV-1V3領域の塩基配列と、その塩基配列を様々な符号化法によって加工し作り上げた人工的な符号との類似を調べたところ、病期の進行の速い患者、遅い患者、非進行患者の感染初期に得られたV3領域は、それぞれ特有の符号構造をもつことが明らかになった。つまり、V3領域の符号構造は患者の病期の進行速度の違いによって異なることがわかった。また、病期が進行する患者においては、AIDS発症前後で、その患者内のV3領域の符号構造が変化することがわかった。

報告書

(5件)
  • 2013 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2012 実績報告書
  • 2011 実績報告書
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (28件)

すべて 2013 2011 2010 その他

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (19件)

  • [雑誌論文] The code structure of the p53 DNA-binding domain and the prognosis of breast cancer patients2013

    • 著者名/発表者名
      K.Sato, T.Hara and M.Ohya
    • 雑誌名

      Bioinformatics

      巻: 29(22) 号: 22 ページ: 2822-2825

    • DOI

      10.1093/bioinformatics/btt497

    • 関連する報告書
      2013 実績報告書 2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Study of HIV-1 Evolution by Coding Theory and Entropic Chaos Degree2011

    • 著者名/発表者名
      K. Sato
    • 雑誌名

      QP-PQ : Quantum Bio-Informatics IV

      巻: 28 ページ: 451-460

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] angled Effects of Two Consecutive Pairs in Residues and Its Use in Alignn2011

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 雑誌名

      QP-PQ : Quantum Bio-Informatics IV

      巻: 28 ページ: 129-136

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Study of HIV-1 Evolution by Coding Theory and Entropic Chaos Degre2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sato
    • 雑誌名

      QP-PQ : Quantum Bio-Informatics IV

      巻: 28 ページ: 451-460

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Evolution of HIV-1 from the viewpoint of Information Theory2010

    • 著者名/発表者名
      K. Sato and M. Ohya
    • 雑誌名

      Proceedings of the International Symposium on Applied Sciences in Biomedical and Communication Technologies

      ページ: 1-5

    • DOI

      10.1109/isabel.2010.5702806

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] How to Classify Influenza A viruses and Understand Their Severity2010

    • 著者名/発表者名
      K. Sato, T. Tanabe and M. Ohya
    • 雑誌名

      Open Systems & Information Dynamics

      巻: 17 ページ: 297-310

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書 2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MTRAP : Pairwise sequence alignment algorithm by a new measure based on transition probability between two consecutive pairs of residues2010

    • 著者名/発表者名
      T. Hara, K. Sato and M. Ohya
    • 雑誌名

      BMC BIOINFORMATICS

      巻: Vol.11: 235 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1186/1471-2105-11-235

    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Significant Improvement of Sequence Alignment can be Done by Considering Transition Probability between Two Consecutive Pairs of Residues2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 雑誌名

      QP-PQ : Quantum Bio-Informatics III

      巻: 26 ページ: 443-452

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] MTRAP : Pairwise sequence alignment algorithm by a new measure based on transition probability between two consecutive pairs of residues2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 雑誌名

      BMC BIOINFORMATICS

      巻: 11

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Entangled Sequence Alignment and Its Application for Bio-Sciences2011

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 学会等名
      International Conference in Quantum Bio-Informatics Center
    • 発表場所
      Chiba
    • 年月日
      2011-03-11
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] A treatable interface for MTRAP sequence alignment method2011

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 学会等名
      4th International Symposium on Applied Sciences in Biomedical and Communication Technologies
    • 発表場所
      Barcelona(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Classification of Influenza A Viruses Based on the Code Structure2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sato
    • 学会等名
      4th International Symposium on Applied Sciences in Biomedical and Communication Technologies
    • 発表場所
      Barcelona(招待講演)
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] New alignment and software package for sequence analysis2011

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 学会等名
      12th International Congress on Amino Acids, Peptides and Proteins
    • 発表場所
      Beijing
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] The Code Structure of the Receptor Binding Domain of Influenza A Viruses2011

    • 著者名/発表者名
      K.Sato
    • 学会等名
      12th International Congress on Amino Acids, Peptides and Proteins
    • 発表場所
      Beijing
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] Evolution of HIV-1 from the viewpoint of Information Theory2010

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sato
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Applied Science in Biomedical and Communication Technologies (ISABEL 2010)
    • 発表場所
      Roma
    • 年月日
      2010-11-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] New Sequence Alignment by a Measure due to Entangled Correlation in two Consecutive Residues2010

    • 著者名/発表者名
      T.Hara, K.Sato, M.Ohya
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Applied Science in Biomedical and Communication Technologies (ISABEL 2010)
    • 発表場所
      Roma
    • 年月日
      2010-11-09
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] ペア間推移量を用いた配列アライメント法2010

    • 著者名/発表者名
      原利英, 佐藤圭子, 大矢雅則
    • 学会等名
      情報処理学会 第22回バイオ情報学研究会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-07-28
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] The Code Structure of Influenza A Viruses

    • 著者名/発表者名
      K. Sato, T. Hara and M. Ohya
    • 学会等名
      A Marcus Wallenberg Symposium "Quantum Theory : Advances and Problems" - QTAP, Satellite workshop "Quantum Foundations & Quantum Information"-QF & QI
    • 発表場所
      Linnaeus University, Sweden
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] The Code Structure of the P53 DNA-binding Domain and the Prognosis of Breast Cancer Patients

    • 著者名/発表者名
      K. Sato and T. Hara
    • 学会等名
      Third QBIC workshop 2013
    • 発表場所
      Noda Campus of Tokyo University of Science, Japan
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Mathematical formulation of adaptive dynamics and non-Kolmogorov probability theory

    • 著者名/発表者名
      M. Ohya and K. Sato
    • 学会等名
      QP33 "Quantum Probabilities and Related Fields"
    • 発表場所
      Centre International de Rencontres Mathématiques, France
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Classification of Influenza A Viruses Based on the Code Structure

    • 著者名/発表者名
      K. Sato
    • 学会等名
      4th International Symposium on Applied Sciences in Biomedical and Communication Technologies (ISABEL 2011)
    • 発表場所
      Spain
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] Evolution of HIV-1 from the Viewpoint of Information Theory

    • 著者名/発表者名
      K. Sato and M. Ohya
    • 学会等名
      3rd International Symposium on Applied Science in Biomedical and Communication Technologies (ISABEL 2010)
    • 発表場所
      Center for Ecclesiastical Services, Italy
    • 関連する報告書
      2013 研究成果報告書
  • [学会発表] The Code Structure of Influenza A viruses

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sato, Toshihide Hara and Masanori Ohya
    • 学会等名
      A Marcus Wallenberg Symposium "Quantum Theory: Advances and Problems" - QTAP, Satellite workshop "Quantum Foundations & Quantum Information"-QF & QI
    • 発表場所
      Linnaeus University, Sweden
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] The Code Structure of the P53 DNA-binding Domain and the Prognosis of Breast Cancer Patients

    • 著者名/発表者名
      Keiko Sato, Toshihide Hara and Masanori Ohya
    • 学会等名
      Third QBIC Workshop 2013
    • 発表場所
      Noda Campus of Tokyo University of Science, Japan
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] 塩基の挿入欠失を含む進化モデルに基づく系統解析

    • 著者名/発表者名
      西巻拓真、佐藤圭子
    • 学会等名
      生命の起源および進化学会・第39回学術講演会
    • 発表場所
      広島市、広島修道大学
    • 関連する報告書
      2013 実績報告書
  • [学会発表] Mathematical formulation of adaptive dynamics and non-Kolmogorov probability theory

    • 著者名/発表者名
      Masanori Ohya and Keiko Sato
    • 学会等名
      QP33 "Quantum Probabilities and Related fields"
    • 発表場所
      Marseille
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] Kimuraの2変数法の拡張

    • 著者名/発表者名
      西巻拓真 佐藤圭子
    • 学会等名
      生命の起源および進化学会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書
  • [学会発表] アノテーション情報を考慮したアミノ酸配列アライメント

    • 著者名/発表者名
      原利英 佐藤圭子
    • 学会等名
      生命の起源および進化学会
    • 発表場所
      福岡
    • 関連する報告書
      2012 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2019-07-29  

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