| 研究課題/領域番号 |
22750015
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 研究分野 |
物理化学
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| 研究機関 | 青山学院大学 |
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研究代表者 |
優 乙石 青山学院大学, 理工学部, 助教 (90402544)
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| 研究期間 (年度) |
2010 – 2012
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| 研究課題ステータス |
完了 (2012年度)
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| 配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2012年度: 650千円 (直接経費: 500千円、間接経費: 150千円)
2011年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2010年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
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| キーワード | 分子クラウディング / 分子動力学 / 蛋白質 / 自由エネルギー / オスモライト / TMAO / 水和 / 生物物理 / ハイパフォーマンスコンピューティング |
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| 研究概要 |
細胞質内の混み合った溶液環境(分子クラウディング)を、深海魚細胞中に存在する浸透圧調節物質 TMAO を用いてモデリングした。クラウディング溶液中の蛋白質熱力学量(部分モル体積や移相自由エネルギー)を、分子動力学シミュレーションから得られる溶媒原子配置情報とカークウッド‐バフ (KB) 積分法を組み合わせて計算する手法を開発した。 KB 積分を時空間分解することで、 熱力学量の総量だけではなく、 その時間依存性 (ダイナミクス)や 3 次元的な分布を明らかにした。これにより、分子クラウディング効果の微視的描像が得られた。
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