ターンオーバー可能な人工アミノアシルtRNAの創成

• 研究課題/領域番号: 22750146
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 生体関連化学
• 研究機関: 東京工業大学
• 研究代表者: 大窪 章寛 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (60376960)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円); 2011年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2010年度: 2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
• キーワード: RNA合成 / アミノアシルtRNA / ホスホロアミダイト法 / アミノ酸 / 固相合成

研究概要

本研究では、塩基部無保護RNA5'-ホスホロアミダイトユニットおよび、中性条件下切り出し可能なシリルリンカーを介してリボヌクレオシドの5'水酸基を結合させた固相担体を用いて鎖伸長反応を行うことで、塩基性条件下不安定なアシル化RNAオリゴマーの合成ができることがわかった。現在では、別途合成した長鎖RNAと組み合わせ分割アミノアシルtRNAが機能するかを検討中である。

研究成果

• [雑誌論文] Formation of new base pairs between inosine and 5-methyl-2-thiocytidine derivatives (2012)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, Y. Nishino, Y. Ito, H. Tsunoda, K. Seio, and M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem. 巻: 10 ページ: 2008-2010
• [雑誌論文] Development of an efficient method for phosphorodiamidate bond formation by using inorganic salts. (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Harakawa, H. Tsunoda, A. Ohkubo, K. Seio, and M. Sekine
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. Lett 巻: 22 ページ: 1445-1447
• [雑誌論文] Synthesis of 5'-Terminal Capped Oligonucleotide using O. N Phosphoryl Migration of Phosphoramidite Derivatives (2012)
  • 著者名/発表者名: A. Ohkubo, N. Tago, A. Yokouchi, Y. Nishino, K. Yamada, H. Tsunoda, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Lett. 巻: 14 ページ: 10-13
• [雑誌論文] Short-RNA selective binding of oligonucleotides modified using adenosine and guanosine derivatives that possess cyclohexyl phosphates as substituents (2012)
  • 著者名/発表者名: K. Seio, S. Kurohagi, E. Kodama, H. Tsunoda, A. Ohkubo and M. Sekine
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem. 巻: 10 ページ: 994-1006
• [雑誌論文] DNA duplexes and triplex-forming oligodeoxynucleotides incorporating modified nucleosides forming stable and selective triplexes (2012)
  • 著者名/発表者名: T. Kanamori, Y. Masaki, M. Mizuta, H. Tsunoda, A. Ohkubo, M. Sekine, K. Seio
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem. 巻: 10 ページ: 1007-1013
• [雑誌論文] Formation of New Base Pairs between Inosine and 5-Methyl-2-thiocytidine Derivatives (2012)
  • 著者名/発表者名: Ohkubo, A.; Nishino, Y.; Ito, Y.; Tsunoda, H.; Seio, K.; Sekine
  • 雑誌名: Org.Biomol.Chem. 巻: 10 号: 10 ページ: 2008-2010
  • DOI: 10.1039/c2ob06641f
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of 5'-Terminal Capped Oligonucleotide using O-N Phosphoryi Migration of Phosphoramidite Derivatives (2012)
  • 著者名/発表者名: A.Ohkubo, N.Tago, A.Yokouchi, Y.Nishino, K.Yamada, H.Tsunoda, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: Org.Lett. 巻: 14 ページ: 10-13
  • 査読あり
• [雑誌論文] Stable triplex formation using the strong stacking effect of consecutive thionucleoside moieties (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Ito, Y. Noma, Y. Kakishima, Y. Masaki, H. Tsunoda, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Chem. Comm 巻: 47 ページ: 12556-12558
• [雑誌論文] Biochemical behavior of N-oxidized cytosine and adenine bases in DNA polymerase-mediated primer extension reactions (2011)
  • 著者名/発表者名: H. Tsunoda, T. Kudo, Y. Masaki, A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 39 ページ: 2995-3004
• [雑誌論文] Synthesis of 2'-O-[ 2-(N-Methylcarbamoyl) ethyl] ribon ucleosides Using Oxa-Michael Reaction and Chemical and Biological Properties of Oligonucleotide Derivatives Incorporating These Modified Ribonucleosides (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Takeshi, N. Okaniwa, H. Saneyoshi, A. Ohkubo, K. Seio, T. Nagata, Y. Aoki, S. Takeda, M. Sekine
  • 雑誌名: J. Org. Chem 巻: 76 ページ: 3042-3053
• [雑誌論文] Synthesis and triplex-forming properties of oligonucleotides containing thio-substituted C-nucleoside 4-thiopseudoisocytidine (2011)
  • 著者名/発表者名: S. Cao, I. Okamoto, H. Tsunoda, A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Tetrahedron Lett. 巻: 52 ページ: 407-410
• [雑誌論文] Synthesis and hybridization properties of 2'-O-methylated oligoribonucleotides incorporating 2'-O-naphthyluridines (2011)
  • 著者名/発表者名: M. Sekine, Y. Oeda, Y. Iijima, H. Taguchi, A. Ohkubo, K. Seio
  • 雑誌名: Org. Biomol. Chem 巻: 9 ページ: 210-218
• [雑誌論文] Stable triplx formation using the strong stacking effect of consecutive thionucleoside moieties (2011)
  • 著者名/発表者名: A.Ohkubo, Y.Nishino, A.Yokouchi, Y.Ito, Y.Noma, Y.Kakishima, Y.Masaki, H.Tsunoda, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: Chem.Comm. 巻: 47 号: 46 ページ: 12556-12558
  • DOI: 10.1039/c1cc14339e
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis of oligodeoxynucleotides using fully protected deoxynucleoside 3'-phosphoramidite building blocks and base recognition of oligodeoxynucleotides incorporating N3-cyano-ethylthymine (2010)
  • 著者名/発表者名: H. Tsunoda, T. Kudo, A. Ohkubo, K. Seio, M. Sekine
  • 雑誌名: Molecules 巻: 15 ページ: 7509-7531
• [雑誌論文] Insights into the DNA stabilizing contributions of a bicyclic cytosine analogue : crystal structures of DNA duplexes containing 7, 8-dihydropyrido[ 2, 3-d] pyrimidin-2-one. E. C. M. Juan (2010)
  • 著者名/発表者名: S. Shimizu, X. Ma, T. Kurose, T. Haraguchi, F. Zhang, M. Tsunoda, A. Ohkubo, M. Sekine, T. Shibata, C. L. Millington, D. M. Williams, A. Takenaka
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 38 ページ: 6737-6745
• [雑誌論文] Oligonucleotide synthesis involving deprotection of amidine-type protecting groups for nucleobases under acidic conditions (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Ohkubo, Y.Kuwayama, Y.Nishino, H.Tsunoda, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: Organic Letters 巻: 12 ページ: 2496-2499
  • 査読あり
• [雑誌論文] Linear relationship between deformability and thermal stability of 2'-O-modified RNA hetero duplexes (2010)
  • 著者名/発表者名: Y.Masaki, H.A.Ohkubo, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: The Journal of Physical Chemistry B 巻: 114 ページ: 567-572
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and hybridization properties of oligonucleotides incorporating Bi- and Tri-cyclic cytosine derivatives (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Ohkubo, T.Sakaue, H.Tsunoda, K.Seio, M.Sekine
  • 雑誌名: Chemistry Letters 巻: 39 ページ: 726-727
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and properties of cationic 2'-O-[ N-(4-aminobutyl) carbamoyl] modified oligonucleotides.
  • 著者名/発表者名: K. Seio, M. Tokugawa, T. Kanamori, H. Tsunoda, A. Ohkubo, M. Sekine
  • 雑誌名: Bioorg. Med. Chem. Lett. 巻: (in press)
• [学会発表] Synthesis and properties of oligonucleotides having 5'-terminal 2, 2, 7-trimethylguanosine cap analogues (2011)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Akira Yokouchi, Ken Yamada, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: Sixth Cambridge Symposium on Nucleic Acids Chemistry and Biology
  • 発表場所: Cambridge, UK
  • 年月日: 2011-09-05
• [学会発表] Synthesis and Properties of Oligonucleotides having 5'-terminal 2, 2, 7-trimethylguanosine cap Analogues (2011)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Akira Yokouchi, Ken Yamada, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: 7th Annual Meeting of the Oligonucleotide Therapeutics Society
  • 発表場所: The Royal Library, Copenhagen, Denmark
• [学会発表] Synthesis and Properties of Oligonucleotides having 5'-terminal 2, 2, 7-trimethylguanosine cap Analogues 6th Cambridge Symposium on Nucleic Acids Chemistry and Biology (2011)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Akira Yokouchi, Ken Yamada, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: Queens' College
  • 発表場所: Cambridge, UK
• [学会発表] Synthesis and triplex formation of RNAs containing 8-thioxoadenine and 2-thiopyrimidine RNA2011 (2011)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Yu Ito, Yudai Nishino, Akira Yokouchi, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: the 16th Annual Meeting of the RNA Society and The RNA Society of Japan 13th Annual Meeting
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] Synthesis and Properties of Oligonucleotides Having 5'-Terminal 2, 2, 7-Trimethylguanosine cap Analogues RNA2011 (2011)
  • 著者名/発表者名: Akira Yokouchi, Ken Yamada, Hirosuke Tsunoda, Akihiro Ohkubo, Kohji Seio, Mitsuo Sekine.
  • 学会等名: the 16th Annual Meeting of the RNA Society and The RNA Society of Japan 13th Annual Meeting
  • 発表場所: 国立京都国際会館
• [学会発表] 塩基性条件下不安定な機能性RNAの新規合成法の開発 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大窪章寛、角田浩佑、清尾康志、関根光雄
  • 学会等名: 第98回有機合成シンポジウム
  • 発表場所: 早稲田大学
  • 年月日: 2010-11-05
• [学会発表] Synthesis and triplex formation of oligonucleotides containing 8-thioxoadenine 2-thiopyrimidine (2010)
  • 著者名/発表者名: A.Ohkubo, Y.Nishino, Y.Kakishima, H.Tsunoda, K.Seio, M.Sekine
  • 学会等名: XIX International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
  • 発表場所: Lyon (France)
  • 年月日: 2010-09-01
• [学会発表] SYNTHESIS AND TRIPLEX FORMING OF OLIGONUCLEOTIDES CONTAINING 8-THIOXOADENINE AND 2-THIOPYRIMIDINE IRT 2010-XIX (2010)
  • 著者名/発表者名: Akihiro Ohkubo, Yudai Nishino, Yuki Kakishima, Hirosuke Tsunoda, Kohji Seio, Mitsuo Sekine
  • 学会等名: International Round Table on Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids
  • 発表場所: Batiment CPE(Rue Victor Grignard), Universite Claude Bernard Lyon 1, France
• [学会発表] 2-チオピリミジンおよび8-チオキソプリンを含む修飾RANの三 (2010)
  • 著者名/発表者名: 大窪章寛、西野雄大、柿島祐樹、正木慶昭、角田浩佑、清尾康志、関根光雄
  • 学会等名: 重鎖形成能第12回日本RNA学会年会
  • 発表場所: 一橋記念講堂:学術総合センター
• [備考]
  • URL: http://www.skn.bio.titech.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.skn.bio.titech.ac.jp/
• [備考]
  • URL: http://www.skn.bio.titech.ac.jp/