非均一サンプリングNMR法のデータ検証ツールの確立と難しいタンパク質への応用

• 研究課題/領域番号: 22770106
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 構造生物化学
• 研究機関: 首都大学東京
• 研究代表者: ジー ジュングー (JEE JunGoo) 首都大学東京, 戦略研究センター, 准教授 (50381554)
• 研究期間 (年度): 2010 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2011年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円); 2010年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
• キーワード: 非均一低密度サンプリング / 多次元NMR法 / 自動構造計算 / CYANA / 非均一サンプリング

研究概要

(1)本研究ではNUSデータから出るbaselineの歪みはスペクトルの強いピークが原因であることを明らかにした。特にNOEスペクトルでは強い対角ピークが間接軸方向に強いbaselineの歪みを生じることを証明した。本研究では対角ピークが出ないNOEスペクトルに非均一サンプリング法適用する測定法でこの問題点を解決した。
(2) 3次元均一低密度サンプリング(uniform sparse sampling、US)法で測定したデータを3次元に構築することなしに2化学シフト値が変わり、NOEスペクトルから従来の方法で自動構造計算を行うのは困難である。本研究ではCYANAを改良しこの問題を解決した。

研究成果

• [雑誌論文] NMR analysis of Lys63-linked polyubiquitin recognition by the tandem ubiquitin-interacting motifs of Rap80 (2012)
  • 著者名/発表者名: N. Sekiyama, J. Jee, S. Isogai, K. Akagi, T. H. Huang, M. Ariyoshi, H. Tochio, and M. Shirakawa
  • 雑誌名: Biomol NMR 巻: 52 ページ: 339-350
• [雑誌論文] NMR analysis of Lys63-linked polyubiquitin recognition by the tandem ubiquitin-interacting motifs of Rap80. (2012)
  • 著者名/発表者名: Sekiyama N, Jee J, Isogai S, Akagi K, Huang TH, Ariyoshi M, Tochio H, Shirakawa M.
  • 雑誌名: J Biomol NMR. 巻: 52 号: 4 ページ: 339-350
  • DOI: 10.1007/s10858-012-9614-9
  • 査読あり
• [雑誌論文] Hydrogen Exchange Study on the Hydroxyl Groups of Serine and Threonine Residues in Proteins and Structure Refinement Using NOE Restraints with Polar Side-Chain Groups (2011)
  • 著者名/発表者名: M. Takeda, J.-G. Jee, A. M. Ono, T Terauchi, and M. Kainosho
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc 巻: 133 ページ: 17420-17427
• [雑誌論文] Alternative SAIL-Trp for robust aromatic signal assignment and determination of theχ(2) conformation by intra-residue NOEs (2011)
  • 著者名/発表者名: Y. Miyanoiri, M. Takeda, J.-G. Jee, A. M. Ono, K. Okuma, T. Terauchi, and M. Kainosho
  • 雑誌名: J. Biomol 巻: 51 ページ: 425-435
• [雑誌論文] Solution structure of the Zβdomain of human DNA-dependent activator of IFN-regulatory factors and its binding modes to B-and Z-DNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Kim, B. I. Khayrutdinov, C. K. Lee, H.-K. Cheong, S. W. Kang, H. Park, S. Lee, Y.-G. Kim, J.-G. Jee, A. Rich, K. K. Kim, and Y. H. Jeon
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad Sci. USA 巻: 108 ページ: 6921-6926
• [雑誌論文] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: T. Ikeya, J.-G. Jee, Y. Shigemitsu, J. Hamatsu, M. Mishima, Y. Ito, M. Kainosho, and P. Guntert
  • 雑誌名: J. Biomol 巻: 20 ページ: 137-146
• [雑誌論文] Structural feature of bent DNA recognized by HMGB1 (2011)
  • 著者名/発表者名: K. Furuita, S. Murata, J.-G. Jee, S. Ichikawa, A. Matsuda, and C. Kojima
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc 巻: 133 ページ: 5788-5790
• [雑誌論文] Inhibition of JAK3 alleviates inflammation in monoarthritic rats (2011)
  • 著者名/発表者名: B.-H. Kim, M. Kim, C.-H. Yin, J.-G. Jee, C. Sandoval, H. Lee, E. Bach, D.-H. Hahm, and G.-H. Baeg
  • 雑誌名: Br. J. Pharmacol 巻: 164 ページ: 101-118
• [雑誌論文] Hydrogen Exchange Study on the Hydroxyl Groups of Serine and Threonine Residues in Proteins and Structure Refinement Using NOE Restraints with Polar Side-Chain Groups (2011)
  • 著者名/発表者名: M.Takeda, J.-G.Jee, A.M.Ono, T.Terauchi, M.Kainosho
  • 雑誌名: J.Am.Chem.Soc. 巻: 133 号: 43 ページ: 17420-17427
  • DOI: 10.1021/ja206799v
  • 査読あり
• [雑誌論文] Alternative SAIL-Trp for robust aromatic signal assignment and determination of the X(2) conformation by intra-residue NOEs (2011)
  • 著者名/発表者名: Y.Miyanoiri, M.Takeda, J.-G.Jee, A.M.Ono, K.Okuma, T.Terauchi, M.Kainosho
  • 雑誌名: J.Biomol.NMR 巻: 51 号: 4 ページ: 425-435
  • DOI: 10.1007/s10858-011-9568-3
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solution structure of the Zβ domain of human DNA-dependent activator of IFN-regulatory factors and its binding modes to B- and Z-DNAs (2011)
  • 著者名/発表者名: K.Kim, B.I.Khayrutdinov, C.K.Lee, H.-K.Cheong, S.W.Kang, H.Park, S.Lee, Y.-G.Kim, J.-G.Jee, A.Rich, K.K.Kim, Y.H.Jeon
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad Sci.USA 巻: 108 号: 17 ページ: 6921-6926
  • DOI: 10.1073/pnas.1014898107
  • 査読あり
• [雑誌論文] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins (2011)
  • 著者名/発表者名: Ikeya, T., Jee, J.G., Shigemitsu, Y., Hamatsu, J., Mishima, M., Ito, Y., Kainosho, M., Guntert, P.
  • 雑誌名: J.Biomol.NMR 巻: 50(2) 号: 2 ページ: 137-146
  • DOI: 10.1007/s10858-011-9502-8
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structural Feature of DNA Recognized by HMGB1 (2011)
  • 著者名/発表者名: Furuita, Kyoko ; Murata, Shunpei ; Jee, Jun Goo ; Ichikawa, Satoshi ; Matsuda, Akira ; Kojima, Chojiro
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc 巻: 133 号: 15 ページ: 5788-5790
  • DOI: 10.1021/ja2013399
  • 査読あり
• [雑誌論文] Inhibition of JAK3 alleviates inflammation in monoarthritic rats (2011)
  • 著者名/発表者名: B.-H.Kim, M.Kim, C.-H.Yin, J.-G.Jee, C.Sandoval, H.Lee, E.Bach, D.-H.Hahm, G.-H.Baeg
  • 雑誌名: Br.J.Pharmacol. 巻: 164 号: 1 ページ: 106-118
  • DOI: 10.1111/j.1476-5381.2011.01353.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Solution structure of the HRDC domain of human Bloom syndrome protein BLM (2010)
  • 著者名/発表者名: A. Sato, M. Mishima, A. Nagai, S.-Y. Kim, Y. Ito, T. Hakoshima, J.-G. Jee, and K. Kitano
  • 雑誌名: J. Biochem 巻: 148 ページ: 517-525
  • NAID: 10027879137
• [雑誌論文] Detection of the sulfhydryl groups in proteins with slow hydrogen exchange rates and determination of their proton/deuteron fractionation factors using the deuterium-induced effects on the 13C・NMR signals (2010)
  • 著者名/発表者名: M. Takeda, J.-G. Jee, T. Terauchi, and M. Kainosho
  • 雑誌名: J. Am. Chem. Soc 巻: 132 ページ: 6254-6260
• [雑誌論文] Structure and mutagenesis studies of the C-terminal region of licensing factor Cdt1 enable the identification of the key residues for binding to replicative helicase Mcm proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: J.-G. Jee, T. Mizuno, K. Kamada, H. Tochio, Y. Chiba, K.-I. Yanagi, G. Yasuda, H. Hiroaki, F. Hanaoka, and M. Shirakawa
  • 雑誌名: J. Biol. Chem 巻: 285 ページ: 15931-15940
• [雑誌論文] Electrostatic interaction between oxysterol binding protein and VAMP-associated protein-A revealed by NMR and mutagenesis studies (2010)
  • 著者名/発表者名: K. Furuita, J.-G. Jee, H. Fukada, M. Mishima, and C. Kojima
  • 雑誌名: J. Biol. Chem 巻: 285 ページ: 12961-12970
• [雑誌論文] NSC114792, a novel small molecule identified through structure-based computational database screening, selectively inhibits JAK3 (2010)
  • 著者名/発表者名: B.-H. Kim, J.-G. Jee, C.-H. Yin, C. Sandoval, S. Jayabose, D. Kitamura, E. A. Bach, and G.-H. Baeg
  • 雑誌名: Mol. Cancer 巻: 9 ページ: 36-48
• [雑誌論文] Solution structure of the HRDC domain of human Bloom syndrome protein BLM. (2010)
  • 著者名/発表者名: Akiko Sato, Masaki Mishima, Aki Nagai, Sun-Yong Kim, Yutaka Ito, Toshio Hakoshima, Jun-Goo Jee, Ken Kitano
  • 雑誌名: J.Biochem. 巻: 148 ページ: 517-525
  • NAID: 10027879137
  • 査読あり
• [雑誌論文] Detection of the sulfhydryl groups in proteins with slow hydrogen exchange rates and determination of their proton/deuteron fractionation factors using the deuterium-induced effects on the 13Cβ NMR signals. (2010)
  • 著者名/発表者名: Mitsuhiro Takeda, JunGoo Jee, Tsutomu Terauchi, Masatsune Kainosho
  • 雑誌名: J.Am.Chem.Soc. 巻: 132 ページ: 6254-6260
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and mutagenesis studies of the C-terminal region of licensing factor Cdtl enable the identification of the key residues for binding to replicative helicase Mcm proteins. (2010)
  • 著者名/発表者名: JunGoo Jee, Takeshi Mizuno, Katsuhiko Kamada, Hidehito Tochio, Yasumasa Chiba, Ken-ichiro Yanagi, Gentaro Yasuda, Hidekazu Hiroaki, Fumio Hanaoka, Masahiro Shirakawa
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 巻: 285 ページ: 15931-15940
  • 査読あり
• [雑誌論文] Electrostatic interaction between oxysterol binding protein and VAMP- associated protein-A revealed by NMR and mutagenesis studies. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kyoko Furuita, JunGoo Jee, Harumi Fukada, Masaki Mishima, Chojiro Kojima
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 巻: 285 ページ: 12961-12970
  • 査読あり
• [雑誌論文] NSC114792, a novel small molecule identified through structure-based computational database screening, selectively inhibits JAK3. (2010)
  • 著者名/発表者名: Byung-Hak Kim, Jun-Goo Jee, Chang-Hong Yin, Claudio Sandoval, Somasundaram Jayabose, Daisuke Kitamura, Erika A.Bach, Gyeong-Hun Baeg
  • 雑誌名: Mol.Cancer 巻: 9 ページ: 36-48
  • 査読あり