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イカロドプシン反応中間体のX線結晶構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 22770146
研究種目

若手研究(B)

配分区分補助金
研究分野 生物物理学
研究機関名古屋大学

研究代表者

村上 緑  名古屋大学, 理学研究科, 助教 (20324387)

研究期間 (年度) 2010 – 2011
研究課題ステータス 完了 (2011年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2011年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2010年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードロドプシン / X線結晶構造解析 / 光生物
研究概要

視物質ロドプシンのバソ中間体とその光異性体イソロドプシンの結晶構造を求め、光反応サイクルの初期過程の様子を明らかにし、シグナリングに必須な構造変化を明らかにした。暗順応状態とイソロドプシンの構造を比較すると、レチナールは膜面に平行にポリエン鎖平面を向けており、レチナールと膜貫通へリックス3との立体障害がイソロドプシンを安定に保持することが明らかとなった。一方、暗順応状態からバソ中間体への遷移によってポリエン鎖平面は膜の法線方向へと回転しポリエン鎖は細胞質側へと大きく移動した。この時、レチナールは大きく捻じれ、近傍残基の側鎖に相補的な動きが惹起され、吸収した光エネルギーはレチナールおよび近傍残基の歪みとして蓄えらえることが明らかとなった。

報告書

(3件)
  • 2011 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2010 実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2012 2011 2010

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (29件)

  • [雑誌論文] Crystallographic analysis of the primary photochemical reaction of squid rhodopsin2011

    • 著者名/発表者名
      Murakami M, Kouyama T
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol

      巻: 413 ページ: 615-627

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of an O-Like blue form and an anion-free yellow form of pharaonis halorhodopsin2011

    • 著者名/発表者名
      Kanada S, Takeguchi Y, Murakami M, Ihara K, Kouyama T
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol

      巻: 413 ページ: 162-176

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallographic analysis of the primary photochemical reaction of squid rhodopsin2011

    • 著者名/発表者名
      Murakami M, Kouyama T.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol.

      巻: 413 号: 3 ページ: 615-627

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.044

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structures of an O-like blue form and an anion-free yellow form of pharaonis halorhodopsin2011

    • 著者名/発表者名
      Kanada,S., Takeguchi Y., Murakami M., Ihara K., Kouyama T.
    • 雑誌名

      J.Mol.Biol.

      巻: 413 号: 1 ページ: 162-176

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2011.08.021

    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 無脊椎動物のロドプシン研究2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 50 ページ: 274-275

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural divergence and functional versatility of the rhodopsin super family2010

    • 著者名/発表者名
      Kouyama T, Murakami M
    • 雑誌名

      Photochem Photobiol Sci

      巻: 9 ページ: 1458-65

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of the light-driven chloride pump halorhodopsin from Natronomonas pharaonis2010

    • 著者名/発表者名
      Kouyama T, Kanada S, Takeguchi Y, Narusawa A, Murakami M, Ihara K
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol

      巻: 396 ページ: 564-579

    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural divergence and functional versatility of the rhodopsin superfamily2010

    • 著者名/発表者名
      Kouyama T, Murakami M
    • 雑誌名

      Photochem Photobiol Sci

      巻: 9 ページ: 1458-1465

    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] X線結晶構造から観る無脊椎動物ロドプシンの光反応過程2012

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      生命情報科学研究セミナー
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2012-03-22
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] X線結晶構造から観る無脊椎動物ロドプシンの光反応過程2012

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      生命情報科学研究セミナー
    • 発表場所
      東京(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-22
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] ハロロドプシンの光誘起構造2012

    • 著者名/発表者名
      中西太市,金田創運,井原邦夫,村上緑,神山勉
    • 学会等名
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-03-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] タコロドプシンの結晶化2012

    • 著者名/発表者名
      水野克秀,張進,中村洋子,村上緑,神山勉
    • 学会等名
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-03-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      村上緑,神山勉
    • 学会等名
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-03-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2012

    • 著者名/発表者名
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • 学会等名
      平成23年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2012-03-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の結晶構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      蛋白研セミナー「結晶学でみるタンパク質の化学と物理」
    • 発表場所
      名古屋(招待講演)
    • 年月日
      2012-03-19
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の結晶構造解析2012

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      蛋白研セミナー
    • 発表場所
      大阪
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      村上緑,神山勉
    • 学会等名
      平成23年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      札幌
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのO中間体の結晶構造2011

    • 著者名/発表者名
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] ファラオニシス・ハロロドプシンのアザイド結合型紫状態のM中間体の結晶構造2011

    • 著者名/発表者名
      中西太市,金田創運,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書 2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      村上緑,神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] ハロロドプシンのアザイド結合の状態2011

    • 著者名/発表者名
      中西太市,金田創運,竹口優,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • 学会等名
      平成22年度生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのLeu93の役割に関するX線結晶構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      張進,山崎芳和,樋掛正則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • 学会等名
      平成22年度生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] イカロドプシン光反応中間体の結晶構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      村上緑, 神山勉
    • 学会等名
      平成23年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      名古屋
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体のX線結晶構造解析2011

    • 著者名/発表者名
      村上緑, 神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第49回年会
    • 発表場所
      姫路
    • 関連する報告書
      2011 実績報告書
  • [学会発表] イカロドプシンの結晶構造解析-X線でレチナールの光異性化反応を見る-2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      生命情報科学研究セミナー
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-02-19
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] バクテリオロドプシンのLeu93の役割に関するX線結晶構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      張進,山崎芳和,樋掛雅則,村上緑,井原邦夫,神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] Natronomonas pharaonis由来の光駆動塩素イオンポンプ・ハロロドプシンのX線結晶構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      神山勉,金田創運,張進,竹口優,村上緑,井原邦夫
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書 2010 実績報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑,神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] X-ray crystallography of the primary photoreaction intermediate of squidrhodopsin2010

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami and T. Kouyama
    • 学会等名
      14th International Conference on Retinal Proteins
    • 発表場所
      Santa Cruz
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑,神山勉
    • 学会等名
      2009年度日本生物物理学会中部支部講演会
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンルミ中間体の構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑,神山勉
    • 学会等名
      日本薬学会第130年回
    • 発表場所
      岡山
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystallization of octopus rhodopsinv2010

    • 著者名/発表者名
      J. Zhang, S. Kanada, M. Tsuda, T. Iwasa, T. Gotoh, M. Murakami, T. Kouyama
    • 学会等名
      分子研研究会
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシンの光化学反応:バソ中間体の構造解析から何がわかるか2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑
    • 学会等名
      分子研研究会
    • 発表場所
      岡崎
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] X-ray analysis of the primary photochemical reaction of squidrhodopsin2010

    • 著者名/発表者名
      M. Murakami
    • 学会等名
      Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
    • 発表場所
      Nagoya
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] Crystallization of octopus rhodopsin2010

    • 著者名/発表者名
      J. Zhang, S. Kanada, M. Tsuda, T. Iwasa, T. Gotoh, M. Murakami, T. Kouyama
    • 学会等名
      Fifty Years of Biophysics Research at Nagoya University
    • 発表場所
      Nagoya
    • 関連する報告書
      2011 研究成果報告書
  • [学会発表] イカロドプシン光異性化反応産物のX線結晶構造解析2010

    • 著者名/発表者名
      村上緑, 神山勉
    • 学会等名
      日本生物物理学会第48回年会
    • 発表場所
      仙台
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書
  • [学会発表] X-ray crystallography of the primary photoreaction intermediate of squid rhodopsin2010

    • 著者名/発表者名
      M.Murakami, T.Kouyama
    • 学会等名
      14th International Conference on Retinal Proteins
    • 関連する報告書
      2010 実績報告書

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公開日: 2010-08-23   更新日: 2016-04-21  

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