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XFEL-SFXによる化学反応解明を目指した「反応追跡結晶」の構築

研究課題

研究課題/領域番号 22H00347
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関東京科学大学

研究代表者

上野 隆史  東京科学大学, 生命理工学院, 教授 (70332179)

研究分担者 庄司 光男  筑波大学, 計算科学研究センター, 教授 (00593550)
南後 恵理子  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (90376947)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2025年度)
配分額 *注記
42,250千円 (直接経費: 32,500千円、間接経費: 9,750千円)
2025年度: 9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2024年度: 10,010千円 (直接経費: 7,700千円、間接経費: 2,310千円)
2023年度: 9,360千円 (直接経費: 7,200千円、間接経費: 2,160千円)
2022年度: 13,520千円 (直接経費: 10,400千円、間接経費: 3,120千円)
キーワード化学反応 / 構造解析 / タンパク質結晶 / XFEL / X線自由電子レーザー / 有機金属錯体 / カルボニル配位子 / 自由電子レーザー / 結晶構造解析 / タンパク質ケージ / フェリチン / シリアルフェムト秒結晶解析
研究開始時の研究の概要

近年の結晶構造解析技術の進歩により、天然タンパク質の反応過程を原子分解能で実時間追跡することが可能となってきた。しかし、その手法を様々な化学反応へと展開するには多くの課題が残されている。本研究では人工反応の高分解能実時間構造追跡に向けた汎用性の高い分子システムの確立に向け、タンパク質ケージであるフェリチンを用いた「反応観察結晶」の構築を目指す。

研究実績の概要

近年の結晶構造解析技術の進歩により、天然タンパク質の反応過程を原子分解能で実時間追跡することが可能となってきた。しかし、その手法を様々な化学反応へと展開するには多くの課題が残されている。本研究では人工反応の高分解能実時間構造追跡に向けた汎用性の高い分子システムの確立に向け、タンパク質結晶を用いた「反応観察結晶」の構築を目指し、結晶中に標的分子を特異的に導入し、結晶内部に一分子反応の追跡を可能とする活性部位を構築した。エックス線自由電子レーザーシリアルフェムト秒結晶解析により、反応過程で刻々と変化する構造を原子レベルで追跡し、正確な中間構造を用いた理論計算によって真の反応の追跡を達成した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

前年度に得られた光トリガーにより金属ー配位子結合の開裂を生じるカルボニル(CO)錯体を固定し、サブピコーナノ秒で生じる反応を追跡し、マンガンから配位
乖離の変化をナノ秒スケールで追跡した構造変化の結果を、QM/MMにより解析を行った。

今後の研究の推進方策

新たなタンパク質結晶による金属配位構造を実現し、すでにXFELによる追跡が完了しているHEWLと比較

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (49件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 6件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (33件) (うち国際学会 2件、 招待講演 5件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] 清華大学(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] TATA Institute of Fundamental Research(インド)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ナポリ大学(イタリア)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Cross-Linked Crystals of Dirhodium Tetraacetate/RNase A Adduct Can Be Used as Heterogeneous Catalysts2023

    • 著者名/発表者名
      Loreto Domenico、Maity Basudev、Morita Taiki、Nakamura Hiroyuki、Merlino Antonello、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Inorganic Chemistry

      巻: 62 号: 19 ページ: 7515-7524

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.3c00852

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages2023

    • 著者名/発表者名
      Hishikawa Yuki、Noya Hiroki、Nagatoishi Satoru、Yoshidome Takashi、Maity Basudev、Tsumoto Kouhei、Abe Satoshi、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Chemistry - A European Journal

      巻: 29 号: 34

    • DOI

      10.1002/chem.202300488

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] A Generalized Method for Metal Fixation in Horse Spleen L-Ferritin Cage2023

    • 著者名/発表者名
      Maity Basudev、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Meth. Mol. Biol.

      巻: 2671 ページ: 135-145

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3222-2_8

    • ISBN
      9781071632215, 9781071632222
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Apo-ferritin-Caged Pt Nanoparticles for Selective Hydrogenation of Chloronitrobenzene2023

    • 著者名/発表者名
      Zhou Yinhuan、Zheng Yilin、Lu Chenlin、Maity Basudev、Chen Yakui、Ueno Takafumi、Liu Zheng、Lu Diannan
    • 雑誌名

      ACS Applied Nano Materials

      巻: in press 号: 7 ページ: 5835-5843

    • DOI

      10.1021/acsanm.3c00231

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Atomic-Level Insights into a Unique Semi-Clathrate Hydrate Formed in a Confined Environment of Porous Protein Crystal2023

    • 著者名/発表者名
      B. Maity, J. Tian, T. Furuta, S. Abe, T. Ueno
    • 雑誌名

      Cryst. Growth Des.

      巻: 23 号: 10 ページ: 7448-7458

    • DOI

      10.1021/acs.cgd.3c00880

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal structure of the in-cell Cry1Aa purified from Bacillus thuringiensis2023

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Junko、Abe Satoshi、Hayakawa Tohru、Kojima Mariko、Yamashita Keitaro、Hirata Kunio、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 685 ページ: 149144-149144

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.149144

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Engineering of an in-cell protein crystal for fastening a metastable conformation of a target miniprotein2023

    • 著者名/発表者名
      Mariko Kojima, Satoshi Abe, Tadaomi Furuta, Duy Phuoc Tran, Kunio Hirata, Keitaro Yamashita, Yuki Hishikawa, Akio Kitao, Takafumi Ueno
    • 雑誌名

      Biomaterial Science

      巻: 11 号: 4 ページ: 1350-1357

    • DOI

      10.1039/d2bm01759h

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Design of a Hierarchical Assembly at a Solid Liquid Interface Using an Asymmetric Protein Needle2023

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Kosuke、Date Koki、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Langmuir

      巻: 39 号: 6 ページ: 2389-2397

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.2c03146

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cell-free protein crystallization for nanocrystal structure determination2022

    • 著者名/発表者名
      Abe Satoshi、Tanaka Junko、Kojima Mariko、Kanamaru Shuji、Hirata Kunio、Yamashita Keitaro、Kobayashi Ayako、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 12 号: 1 ページ: 16031-16031

    • DOI

      10.1038/s41598-022-19681-9

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Artificial metalloenzymes based on protein assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Maity Basudev、Taher Mohd、Mazumdar Shyamalava、Ueno Takafumi
    • 雑誌名

      Coordination Chemistry Reviews

      巻: 469 ページ: 214593-214593

    • DOI

      10.1016/j.ccr.2022.214593

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Design of a gold clustering site in an engineered apo-ferritin cage2022

    • 著者名/発表者名
      Lu Chenlin、Maity Basudev、Peng Xue、Ito Nozomi、Abe Satoshi、Sheng Xiang、Ueno Takafumi、Lu Diannan
    • 雑誌名

      Communications Chemistry

      巻: 5 号: 1 ページ: 1-11

    • DOI

      10.1038/s42004-022-00651-1

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Controlled Uptake of an Iridium Complex inside Engineered apo‐Ferritin Nanocages: Study of Structure and Catalysis**2022

    • 著者名/発表者名
      Taher Mohd、Maity Basudev、Nakane Taiki、Abe Satoshi、Ueno Takafumi、Mazumdar Shyamalava
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 61 号: 13

    • DOI

      10.1002/anie.202116623

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Crystal of Mn-carbonyl/RNaseA adduct as a template for tracking metal complex reaction.2023

    • 著者名/発表者名
      B. Maity and T. Ueno
    • 学会等名
      The 73rd JSCC conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Crystallization of ferritin directly from E. Coli cell lysate and structure determinatio2023

    • 著者名/発表者名
      B. Maity and T. Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 生体材料の自律的合成 -静から働の機能へ向けて-2023

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 発動分子システムを基盤とする 生体分子集合体材料の創成2023

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Encapsulation of α-Synuclein in Ferritin cage2023

    • 著者名/発表者名
      Riwa Hao, Basudev Maity, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Crystallization of ferritin directly from E. Coli cell lysate and structure determination2023

    • 著者名/発表者名
      Basudev Maity, Date Koki, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Molecular design for immobilizing foreign molecules into porous protein crystals2023

    • 著者名/発表者名
      Yao Xinchen, Yuki Kojima, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] In-cell protein crystal engineering for structure determination of intrinsically disordered protein2023

    • 著者名/発表者名
      Mariko Kojima, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103nd CSJ Annual Meeting (2023)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Stabilization of an in-cell protein crystal by engineering the molecular interface2023

    • 著者名/発表者名
      Misaki Nagama, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Structure analysis of pH-responsive piston dynamics of R-body2023

    • 著者名/発表者名
      DATE Koki, Thuc Toan PHAM, Hyeonho LEE, UCHIHASHI Takayuki, KAMIKUBO Hironari, SONG Chihong, MURATA Kazuyoshi, UENO Takafumi
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting (2023)
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Engineering of in-cell Protein Crystals for the Construction of Solid Materials2023

    • 著者名/発表者名
      satoshi Abe, Junko Tanaka, Yuto Nakasuji, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Accumulation of Protein Cage into in-cell Protein Crystal2023

    • 著者名/発表者名
      Toan Thuc Pham, Koki Date, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Construction of antifreeze protein like semi-clathrate hydrate in the ferritin cage2023

    • 著者名/発表者名
      Jiaxin Tian, Basudev Maity, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 103rd CSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Developing protein-cellulose nanocrystal hybrid films for structural coloration2023

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Kikuchi, Bruno Frka-Petesic, Silvia Vignolini, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      103rd CSJAnnual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質結晶化を促進する細胞内鋳型結晶設計2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe, Yuki Kojima, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Nanocrystal Structure Determination Using Cell-free Protein Crystallization2022

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Ueno
    • 学会等名
      AsCA2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] フェリチンを用いたトリプトファン集積構造の構築2022

    • 著者名/発表者名
      Asuka Asanuma, Yuki Hishikawa, Hiroki Noya, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      12th CSJ Chemistry Festa
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] pH応答性伸縮タンパク質集合体の細胞内形成メカニズム2022

    • 著者名/発表者名
      Koki Date, Toan Thuc Pham, Hyeonho Lee, Kosuke Kikuchi, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      12th CSJ Chemistry Festa
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] タンパク質集合材料の 構造・機能・動き2022

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Ueno
    • 学会等名
      第71回高分子討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Comprehensive structure analysis of intrinsically disordered protein using in-cell protein crystal2022

    • 著者名/発表者名
      Mariko Kojima, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Full-length structure analysis of Cry1Aa from Bt bacteria for designing in-cell protein crystal template2022

    • 著者名/発表者名
      Junko Tanaka, Satoshi Abe, Tohru Hayakawa, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 16th Symposium on Biorelevant Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Cell-free protein crystallization for rapid structure analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Junko Tanaka, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      71st Symposium on Macromolecules
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Structural analysis of pH-responsive piston protein assembly2022

    • 著者名/発表者名
      DATE Koki, Thuc Toan PHAM, UCHIHASHI Takayuki, KAMIKUBO Hironari, SONG Chihong, MURATA Kazuyoshi, UENO Takafumi
    • 学会等名
      The 16th Symposium on Biorelevant Chemistry
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Protein crystallization and structure analysis using cell-free protein synthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe, Junko Tanaka, Yuki Kojima, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 人工タンパク質針を内包した細胞内タンパク質結晶材料の創成2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe, Toan Thuc Pham, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Construction of histidine clusters in a ferritin cage for the oxidase-mimetic catalysis2022

    • 著者名/発表者名
      Jiaxin Tian, Basudev Maity, Abe Satoshi, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 71st Symposium on Macromolecules
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Head-to-head and Tail-to-tail Dual Interactions by Head-tail Asymmetric Protein Needles for Designing Hierarchical Two-dimensional Assembly Networks Head-tail2022

    • 著者名/発表者名
      Kosuke Kikuchi, Koki Date, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      71st Symposium on Macromolecules
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Engineering of Protein Cage for Coordination Nanomaterials2022

    • 著者名/発表者名
      Takafumi Ueno
    • 学会等名
      XXX International Materials Research Congress
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 無細胞タンパク質結晶化を用いたナノ結晶構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Abe, Junko Tanaka, Yuki Kojima, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      第32回バイオ・高分子シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] In-cell Synthesis of Cage-Based Protein Solid Material2022

    • 著者名/発表者名
      Yuto Nakasuji, Satoshi Abe, Hironari Kamikubo, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      第32回バイオ・高分子シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Reaction mechanism of pH responsive piston protein assembly2022

    • 著者名/発表者名
      Koki Date, Thuc Toan Pham, Tatsuya Niwa, Taguchi Hideki, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      71st SPSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] In-situ analysis of in-cell protein crystallization2022

    • 著者名/発表者名
      Yuto Nakasuji, Satoshi Abe, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      71st SPSJ Annual Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Construction of Antifreeze protein like semi-clathrate hydrate in the ferritin cage2022

    • 著者名/発表者名
      Jiaxin Tian, Kenji Yasuda, Basudev Maity, Satoshi Abe, Takeshi Murata, Takafumi Ueno
    • 学会等名
      The 71st SPSJ annual meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] Ueno Lab

    • URL

      https://www.ueno.bio.titech.ac.jp/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-06-20  

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