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安心安全なゲノム編集技術の開発が拓く環境配慮型のシイタケ実用品種の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22H00380
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
研究機関京都大学

研究代表者

本田 与一  京都大学, 農学研究科, 教授 (70252517)

研究分担者 入江 俊一  滋賀県立大学, 環境科学部, 教授 (30336721)
河内 護之  京都大学, 農学研究科, 准教授 (70771294)
中沢 威人  京都大学, 農学研究科, 助教 (80608141)
上辻 久敏  岐阜県森林研究所, 森林資源部, 研究員 (90455527)
佐藤 利次  北見工業大学, 工学部, 教授 (00390881)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2026-03-31
研究課題ステータス 交付 (2025年度)
配分額 *注記
42,510千円 (直接経費: 32,700千円、間接経費: 9,810千円)
2025年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円)
2024年度: 9,620千円 (直接経費: 7,400千円、間接経費: 2,220千円)
2023年度: 7,540千円 (直接経費: 5,800千円、間接経費: 1,740千円)
2022年度: 15,470千円 (直接経費: 11,900千円、間接経費: 3,570千円)
キーワードきのこ / 食用担子菌 / 胞子 / 遺伝子汚染 / ゲノム編集 / シイタケ / ポストハーベスト / 高温耐性 / キノコ / 木材腐朽菌
研究開始時の研究の概要

本研究では、持続可能で環境に優しい農業の確立を目指し、主要な食用担子菌であり重要な林産物でもあるシイタケをモデル生物として用い、いわゆる外来の遺伝子を含むような遺伝子組換えに当たらない新しい安全性の高いゲノム編集技術を開発することで、生産、流通、消費を通して、生態系などの環境に与える負荷の小さい新しい品種の開発を目指している。外来DNAの残留のないゲノム編集技術の確立は、将来的にきのこ類だけではなく様々な作物、木材などの生産に応用可能である。

研究実績の概要

本研究では、食用担子菌シイタケを材料とし、遺伝子組換えに当たらない新しい安全性の高いゲノム編集技術を開発して、環境に優しい新しい品種の開発を目指している。具体的には、持続可能で環境に優しい農業の確立を目指し、外来DNAの残留のないゲノム編集技術の確立を目指すと共に、ポストハーベス性能の改善や高温耐性株の育種、さらに胞子を作らないシイタケを育種して遺伝子汚染問題の解決策の実用化を目指す。本年度も引続き、シイタケの栽培現場における環境負荷の状況や菌株特性のニーズの把握のため、岐阜県のキノコ生産現場の調査を実施した。また、研究の基盤技術となるシイタケへの分子育種技術の導入について検討し、良好な結果を得た。より詳細には、ヒラタケの系をモデルとして開発してきたCRISPR/Cas9によるゲノム編集を導入するため、シイタケ菌糸体を細胞壁溶解酵素で処理しプロトプラストを作成した。ここにCas9タンパク質とガイドRNAをコードする組換えプラスミドおよび標的部位の上流下流領域に挟まれたマーカー遺伝子を持つドナー配列を同時に、形質転換導入した。マーカー遺伝子の働きにより選抜された組換え体について、PCRで染色体上の遺伝子挿入位置の確認を行い、遺伝子ターゲティングが起きていることを確認し、査読付き論文として国際誌に発表を行った。また、この基盤的技術を研究組織内で共有し、各分担者による研究推進を加速するため、彦根市で若手研究者を集めた技術講習会を開催した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

食用担子菌類の中でも、シイタケは生産量が多く市場価値も高い。一方で、遺伝学的な解析を行う際には、他のモデルとなる種とは異なり、菌糸成長の遅さや、プロトプラスト化の難しさ、遺伝子導入効率の低さなど実用菌ならではの困難が多い。そのような状況の中で、昨年度世界で初めてゲノム編集とそれに続く相同組換えに成功し論文化を行った。本年度は引続き、この技術を用いた遺伝子ターゲッティング系の実用化にこぎつけることができたため。

今後の研究の推進方策

今年度達成したシイタケ菌株におけるCRISPR/Cas9によるゲノム編集系を利用した遺伝子ターゲッティング系を用いた分子育種を進める。また、より安全性の高いゲノム編集技術の導入を目指して、外来DNAを用いない方法の検討を進める。さらに高温耐性遺伝子について情報収集を進めるほか、他の担子菌で明らかになってきた胞子形成に重要な働きをする遺伝子のホモログをシイタケでクローン化し、遺伝子破壊する実験についても、順次進めていく予定である。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (19件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 6件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] 国立園芸薬草研究所(NIHHS)/慶尚大学校(韓国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] 上海農業科学院(中国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] Pleurotus ostreatus as a model mushroom in genetics, cell biology, and material sciences2024

    • 著者名/発表者名
      Takehito Nakazawa, Moriyuki Kawauchi, Yuitsu Otsuka, Junxian Han, Daishiro Koshi, Kim Schiphof, Lucia Ramirez, Antonio G Pisabarro, Yoichi Honda
    • 雑誌名

      Applied microbiology and biotechnology

      巻: 108 号: 1 ページ: 216-237

    • DOI

      10.1007/s00253-024-13034-4

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development of a gene-targeting system using CRISPR/Cas9 and utilization of pyrG as a novel selectable marker in Lentinula edodes.2023

    • 著者名/発表者名
      Kamiya A, Ueshima H, Nishida S, Honda Y, Kamitsuji H, Sato T, Miyamoto H, Sumita T, Izumitsu K & Irie T
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol Lett

      巻: 370 ページ: 1-6

    • DOI

      10.1093/femsle/fnad042

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Double-gene targeting with preassembled Cas9 ribonucleoprotein for safe genome editing in the edible mushroom<i>Pleurotus ostreatus</i>2023

    • 著者名/発表者名
      Boontawon Tatpong、Nakazawa Takehito、Choi Yeon-Jae、Ro Hyeon-Su、Oh Minji、Kawauchi Moriyuki、Sakamoto Masahiro、Honda Yoichi
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters

      巻: 370 ページ: 1-5

    • DOI

      10.1093/femsle/fnad015

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Marker-free genome editing in the edible mushroom, Pleurotus ostreatus, using transient expression of genes required for CRISPR/Cas9 and for selection2022

    • 著者名/発表者名
      Koshi Daishiro、Ueshima Hiroki、Kawauchi Moriyuki、Nakazawa Takehito、Sakamoto Masahiro、Hirata Mana、Izumitsu Kosuke、Sumita Takuya、Irie Toshikazu、Honda Yoichi
    • 雑誌名

      Journal of Wood Science

      巻: 68 号: 1

    • DOI

      10.1186/s10086-022-02033-6

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Gene targeting of dikaryotic <i>Pleurotus ostreatus</i> nuclei using the CRISPR/Cas9 system2022

    • 著者名/発表者名
      Yamasaki Fuga、Nakazawa Takehito、Oh Minji、Bao Dapeng、Kawauchi Moriyuki、Sakamoto Masahiro、Honda Yoichi
    • 雑誌名

      FEMS Microbiology Letters

      巻: 369 号: 1

    • DOI

      10.1093/femsle/fnac083

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 食用担子菌ヒラタケを用いた、核移行CRISPR/Cas9による安全な きのこ分子育種技術の開発2024

    • 著者名/発表者名
      越大志朗、菅野純子、河内護之、中沢威人、坂本正弘、 OH Minji、本田与一
    • 学会等名
      第74回日本木材学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] non-GM genome editing and its utilization in science and breeding of mushrooms2024

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Honda
    • 学会等名
      20th International Society of Mushroom Science Congress
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] シイタケにおけるnon-GM型遺伝子ターゲティング系の開発2024

    • 著者名/発表者名
      鳴瀧拓馬、辻本悠馬、神谷彩音、西田翔太、本田与一、佐藤利次、上辻久敏、泉津弘佑、住田卓也、入江俊一
    • 学会等名
      第74回日本木材学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] シイタケにおけるダブルニッキング法を用いたゲノム編集2024

    • 著者名/発表者名
      冨士元みゆ、吉澤懐、神谷彩音、稲垣翔太、本田与一、佐藤利次、上辻久敏、泉津弘佑、住田卓也、入江俊一
    • 学会等名
      第74回日本木材学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Trans-nuclei CRISPR/Cas9 for safe genome editing technology in mushrooms2023

    • 著者名/発表者名
      Daishiro KOSHI, Junko SUGANO, Moriyuki KAWAUCHI, Takehito NAKAZAWA, Masahiro SAKAMOTO, Minji OH, Yoichi HONDA
    • 学会等名
      Asia Mycological Congress
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] CRISPR/Cas9を用いた相同組換えによるシイタケpyrGの破壊と選択マーカー遺伝子としての利用2023

    • 著者名/発表者名
      神谷彩音,上島拓輝,本田与一,佐藤利次,上辻久敏,西田翔太,稲垣翔太,泉津弘佑,住田卓也,入江俊一
    • 学会等名
      第73回日本木材学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] CRISPR/Cas9 Technology in Mushrooms for Sustainable Future of the Planet and Human Health2023

    • 著者名/発表者名
      Yoichi Honda
    • 学会等名
      10th International Conference on Mushroom Biology and Mushroom Product
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Trans-nuclei CRISPR/Cas9 for safe genome editing technology in Pleurotus ostreatus2023

    • 著者名/発表者名
      Daishiro Koshi, Junko Sugano, Moriyuki Kawauchi, Takehito Nakazawa, Masahiro Sakamoto, Minji Oh, 〇Yoichi Honda
    • 学会等名
      欧州菌類遺伝学会議
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] トランスクリプトーム解析とCRISPR/Cas9を用いたヒラタケの担子胞子形成に必須な新規遺伝子の同定2023

    • 著者名/発表者名
      小深田 剛士、山﨑 風雅、中沢 威人、菅野 純子、Minji Oh、 河内 護之、坂本 正弘、本田 与一
    • 学会等名
      第73回日本木材学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] CRISPR/Cas9発現カセットの一時的導入によるシイタケPyrGの相同組換え2022

    • 著者名/発表者名
      神谷彩音,上島拓輝,本田与一,佐藤利次,上辻久敏,西田翔太,稲垣翔太,泉津弘佑,住田卓也,入江俊一
    • 学会等名
      日本菌学会第66回大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ISOLATION OF A GENE ESSENTIAL FOR BASIDIOSPORE PRODUCTION IN PLEUROTUS OSTREATUS BY A COMBINATION OF TRANSCRIPTOME ANALYSIS AND CRISPR/CAS92022

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Kobukata, Takehito Nakazawa, Fuga Yamasaki, Moriyuki Kawauchi, Masahiro Sakamoto, Minji Oh2& Yoichi Honda
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Marker-free genome editing in the edible mushroom, Pleurotus ostreatus, using transient expression of genes required for CRISPR/Cas9 and for selection2022

    • 著者名/発表者名
      Daishiro Koshi, Moriyuki Kawauchi, Toshikazu Irie, Takehito Nakazawa, Masahiro Sakamoto & Yoichi Honda
    • 学会等名
      International Union of Microbiological Societies 2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-06-20  

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