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分子・構造変換のリアルタイム可視化からの病気の解明と治療戦略

研究課題

研究課題/領域番号 22H00456
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分50:腫瘍学およびその関連分野
研究機関京都大学

研究代表者

渡邊 直樹  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (80303816)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
42,380千円 (直接経費: 32,600千円、間接経費: 9,780千円)
2024年度: 12,350千円 (直接経費: 9,500千円、間接経費: 2,850千円)
2023年度: 13,910千円 (直接経費: 10,700千円、間接経費: 3,210千円)
2022年度: 16,120千円 (直接経費: 12,400千円、間接経費: 3,720千円)
キーワードキナーゼ阻害薬 / アロステリック効果 / 逆説的活性化 / 細胞分子イメージング / 超解像顕微鏡 / 多重細胞マーカー検出 / 分子アンフォールディング / アクチンオリゴマー / 抗体改変技術
研究開始時の研究の概要

細胞内分子の動態をリアルタイムに捕捉する先行研究から、生体の分子や構造にはむやみに活性化しない抑制が強くかかっており、その解除ステップががん、神経変性、物理ストレス応答に大きな役割を果たすことがわかってきた。特に、分子標的薬であるキナーゼ阻害薬が標的キナーゼをコンフォメーション上活性化する機構の発見は、がんの薬剤抵抗性の克服に向けて新たに取り組むべき課題を提起している。本研究では、蛍光単分子イメージングや独自の多重超解像顕微鏡IRISを発展させ、生体の分子や細胞構造の崩れから再構成に至る過程を捕捉する手法を開拓し、分子病理の解明および治療薬の作用メカニズム解明と開発への応用を目指す。

研究実績の概要

生体の多くの分子や構造には、やみくもに活性化しない強い抑制機構が存在し、その解除ががんや神経疾患の進行に重要なステップとなることがわかってきた。先行研究で複数のキナーゼ阻害薬がSrcの自己抑制構造を崩し、SRC遺伝子に薬剤抵抗性変異が入ると治療薬がかえってがんを増殖促進することを見い出している。本研究では、独自の高忠実多重超解像顕微鏡IRISと細胞蛍光単分子イメージングを活用し、薬剤や生体ストレスに反応した生体構造の崩壊・再編成過程を可視化し、病態における役割を解明し、治療薬シーズや診断装置の開発にも取り組む。
がん関連キナーゼの抑制解除については、Erk活性化を指標とする細胞アッセイに加え、キナーゼドメインの形状変化を検出する循環置換GFP挿入型蛍光プローブ開発に成功しつつある。間違った活性化を起こす阻害薬とキナーゼの組合せをスクリーニングする。細胞構造の崩れについては、アクチン線維崩壊でできるオリゴマーアクチンの形成と拡散について新知見を捉えつつある。また、接着斑分子タリンのアンフォールディンが細胞内外の力の伝達装置として必要かつ十分であることを示す成果を報告した。神経ストレスについては、当初予定していたコフィリンGFPのアクチンロッド形成による解析が、非ストレス下でも発現量に依存して強く出ることが判明したため、神経保護への関与が示唆されるアクチン重合因子INF2の単分子イメージングに切り換え研究を進めた。既に、ATP枯渇による応答が見られており、分単位の神経ストレス応答を解析する。多重超解像顕微鏡IRISについて大きな技術的進展があった。個別の可視化用プローブを既存のモノクローナル抗体・ナノボディから迅速に作製する手法を開発に成功し報告した。機器の改良も進めIRISの原理を利用した生体組織標本内で数10種類の細胞マーカーを自動撮像・検出可能な装置開発に取り組んでいる。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

独自の超解像顕微鏡IRISについて進展があった。既存の超解像を凌駕する多重高精細解析を実現するIRISであるが、個別の可視化プローブ作製が困難であった。モノクローナル抗体・ナノボディを独自の戦略で改良し、高い成功率でプローブに変換可能な手法を開発報告した(Cell Rep. Meth. 2022等)。IRISプローブライブラリーが現在50種近くに拡張し、特にがんや免疫、神経系細胞の分類や機能変化を捉えるためのプローブを増やしつつある。加えて、生体組織標本内で数10種類の細胞マーカーを同時検出する自動化された解析装置の社会実装に向け、予備データ収集が進んでいる。キナーゼ阻害薬によるアロステリックな標的キナーゼ活性化については、循環置換GFPを組み込んだ新規プローブ開発に一定の成功が得られた。インビトロでの大規模スクリーニング用のアッセイに改良予定である。細胞構造の崩壊過程については、細胞内仮足における速いアクチン脱重合に続いて生成されると考えられる中間体であるアクチンオリゴマーの生成の過程や細胞内挙動を解析し、その拡散や移動に関する新知見が得られ、細胞構造改変における生理的意義およびメカニズムを精査中である。さらに、葉状仮足のアクチン求心性流動と接着斑分子動態を単分子イメージングで比較解析し、外力によって引き伸ばされる接着分子タリンが細胞運動力を伝達する、タンパク質のアンフォールディングの新しい生物学的役割を明らかにし論文として報告した。さらに別の接着分子ビンキュリンの細胞外力による分子レベルの制御機構を単分子イメージングで解明しつつある。近年注目されるATP枯渇の細胞応答について、神経ストレス時の保護作用が知られるアクチン重合因子INF2について、細胞内単分子イメージングによって急性のストレス応答が捕捉可能であることを示す予備データが得らつつある。

今後の研究の推進方策

キナーゼ阻害薬とアロステリック制御キナーゼとの組合せをスクリーニングするための循環置換GFP挿入コンストラクト構築に成功しており、新たな阻害薬によるキナーゼ下流シグナルの逆説的活性化例の検索を進める。また、アロステリック制御が分子の局在や動態の変化から捕捉できない受容体型チロシンキナーゼでも、同じ戦略のコンストラクトでアロステリック阻害薬とその逆説的活性化作用を検出できるか挑む。細胞構造の崩れについては、細胞内外からの物理ストレスの伝播様式をアクチン、フォルミンタンパク質、接着斑や浸潤突起のタンパク質の蛍光単分子イメージングによって可視化解析する。アクチン線維崩壊後にできるオリゴマーの形成過程とそのラメリポディア内での細胞前方への拡散移動を捉えつつあり、機能的意義の解明を進める。細胞接着での力学伝播について、分子ストレッチが伝達に必要であることが判明したタリンの知見を拡張し、力の感知の性質についてもビンキュリンとの会合を指標に細胞内での制御メカニズムを解明する。神経については、コフィリンでなくフォルミンファミリーの1つINF2に対象を切換え、単分子可視化で急性ストレスシグナルを解析する。加えて、本年度は独自の多重超解像顕微鏡IRISの応用拡張に注力する。前年度発表した既存のモノクローナル抗体・ナノボディからの迅速プローブ開発を応用し、IRISで可視化できる対象分子を多数増やす。生体標本の多重染色超解像による先導的な構造学的解析を遂行し、次世代レベルの生体構造の知見を得ることに挑む。同時に、IRISに最適化された顕微鏡制御や自動還流の追加による装置改良に努め、IRISの原理を応用する細胞・生体組織の固定標本内で数10種類もの細胞マーカーを単一切片で検出可能な装置の開発も進め、網羅的トランスクリプトーム解析の知見を保管固定標本内で補完する、次世代の分子診断への応用を目指す。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 4件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (16件) (うち国際学会 3件、 招待講演 8件) 備考 (7件) 産業財産権 (2件) (うち外国 1件)

  • [国際共同研究] Lehigh University/UCSD(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Lehigh University/UCSD(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [雑誌論文] 特集 がん遺伝子の発見は現代医療を進歩させたか Ⅰ.がん遺伝子研究の新しい展開 阻害薬による標的キナーゼの構造的活性化とがん増殖シグナルの誘発2023

    • 著者名/発表者名
      渡邊 直樹
    • 雑誌名

      生体の科学

      巻: 74 号: 4 ページ: 332-335

    • DOI

      10.11477/mf.2425201703

    • ISSN
      0370-9531, 1883-5503
    • 年月日
      2023-08-15
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Force transmission by retrograde actin flow-induced dynamic molecular stretching of Talin2023

    • 著者名/発表者名
      Yamashiro Sawako、Rutkowski David M.、Lynch Kelli Ann、Liu Ying、Vavylonis Dimitrios、Watanabe Naoki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 8468-8468

    • DOI

      10.1038/s41467-023-44018-z

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 超解像顕微鏡用の迅速解離抗体断片の作製法2023

    • 著者名/発表者名
      張千里; 宮本章歳; 渡邊直樹
    • 雑誌名

      STAR Protocols

      巻: 4 号: 3 ページ: 102523-102523

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2023.102523

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 多重高密度超解像顕微鏡IRISによる多分子複合体マッピングの病理診断への応用2023

    • 著者名/発表者名
      宮本章歳、渡邊直樹
    • 雑誌名

      Precision Medicine

      巻: 6 ページ: 33-37

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] ブラウンラチェットを介する力の受容器ラメリポディア2023

    • 著者名/発表者名
      WATANABE Naoki
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 63 号: 3 ページ: 143-147

    • DOI

      10.2142/biophys.63.143

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Brownian ratchet force sensor at the contacting point between F-actin barbed end and lamellipodium tip plasma membrane2023

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Naoki
    • 雑誌名

      Plasma Membrane Shaping (Elsevier)

      巻: ー ページ: 295-306

    • DOI

      10.1016/b978-0-323-89911-6.00015-7

    • ISBN
      9780323899116
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] ブラウンラチェットを介する力の受容器ラメリポディア2023

    • 著者名/発表者名
      渡邊直樹
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 印刷中

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A mechanism with severing near barbed ends and annealing explains structure and dynamics of dendritic actin networks2022

    • 著者名/発表者名
      Holz Danielle、Hall Aaron R、Usukura Eiji、Yamashiro Sawako、Watanabe Naoki、Vavylonis Dimitrios
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.69031

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Engineered fast-dissociating antibody fragments for multiplexed super-resolution microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Qianli Zhang, Akitoshi Miyamoto, Shin Watanabe, Takao Arimori, Masanori Sakai, Madoka Tomisaki, Tai Kiuchi, Junichi Takagi, Naoki Watanabe
    • 雑誌名

      Cell Reports Methods

      巻: 2 号: 10 ページ: 100301-100301

    • DOI

      10.1016/j.crmeth.2022.100301

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] ミオシン張力によるアクチン線維安定化の細胞内蛍光単分子イメージング解析2022

    • 著者名/発表者名
      山城佐和子、渡邊直樹
    • 雑誌名

      BIO Clinica

      巻: 37 ページ: 1062-1066

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 無制限多重染色を実現する超解像顕微鏡と細胞マーカー検出のためのモノクローナル抗体断片変異導入戦略2023

    • 著者名/発表者名
      宮本 章歳、渡邊 直樹
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Force sensing at the lamellipodium tip by actin barbed ends: Brownian ratchet relationship or catastrophic disassembly?2023

    • 著者名/発表者名
      Naoki Watanabe
    • 学会等名
      第75回日本細胞生物学会大会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Talin の elastic transient clutch による力伝達機構2023

    • 著者名/発表者名
      山城佐和子、David M. Rutkowski、Kelli Ann Lynch、Dimitrios Vavylonis、渡邊直樹
    • 学会等名
      第75回日本細胞生物学会大会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 蛍光単分子イメージングで明らかにする細胞内力伝達機構2023

    • 著者名/発表者名
      山城佐和子、David M. Rutkowski、Kelli Ann Lynch、Ying Liu、Dimitrios Vavylonis、渡邊直樹
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞内蛍光単分子イメージングで明らかにする流動力伝達の仕組み2023

    • 著者名/発表者名
      山城佐和子、渡邊直樹
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Live-cell fluorescence single-molecule speckle (SiMS) microscopy analysis of Vinculin-Talin and actin network2023

    • 著者名/発表者名
      劉穎、山城佐和子、渡邊直樹
    • 学会等名
      第75回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Vinculin-talin complexes flow over mature focal adhesions as revealed by fluorescence single-molecule speckle (SiMS) microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      劉穎、山城佐和子、渡邊直樹
    • 学会等名
      第97回日本薬理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Quantitative analysis of paxillin dynamics measured by live-cell fluorescence single-molecule speckle (SiMS) microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      楊雅婷、山城佐和子、渡邊直樹
    • 学会等名
      第75回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 次世代超解像イメージングIRISのための抗体改変プローブ2023

    • 著者名/発表者名
      渡邊直樹、張千里、宮本章歳、有森貴夫、高木淳一
    • 学会等名
      生体運動研究合同班会議 2023
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Force Transmission via dynamic stretching of Talin as revealed by live-cell single-molecule imaging2023

    • 著者名/発表者名
      Sawako Yamashiro, David M. Rutkowski, Kelli Ann Lynch, Ying Liu, Dimitrios Vavylonis, Naoki Watanabe
    • 学会等名
      American Physical Society March Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Translation of mechanical forces into cell structure remodeling revealed by single-molecule imaging2022

    • 著者名/発表者名
      Naoki Watanabe
    • 学会等名
      9th World Congress of Biomechanics
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Engineered fast-dissociating antibody fragments for multiplexed super-resolution microscopy IRIS2022

    • 著者名/発表者名
      Qianli Zhang , Akitoshi Miyamoto, Takao Arimori, Tai Kiuchi, Junichi Takagi, Naoki Watanabe
    • 学会等名
      KU-OIST Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 迅速解離リコンビナント抗体によるシナプス分子の超解像マッピング2022

    • 著者名/発表者名
      張千里、宮本章歳、有森貴夫、木内泰、高木淳一、渡邊直樹
    • 学会等名
      第95回生化学会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Engineered fast-dissociating recombinant antibody and synapse molecular mapping by IRIS super-resolution imaging2022

    • 著者名/発表者名
      張千里、宮本章歳、有森貴夫、木内泰、高木淳一、渡邊直樹
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Development of fast-dissociating recombinant antibody probes for multiplexed super-resolution molecular mapping2022

    • 著者名/発表者名
      張千里、宮本章歳、有森貴夫、木内泰、高木淳一、渡邊直樹
    • 学会等名
      第96回日本薬理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] ずり応力が引き起こす細胞膜分子勾配形成の蛍光1分子イメージング解析2022

    • 著者名/発表者名
      山城佐和子、野村実里、渡邊直樹
    • 学会等名
      第74回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] Single-Molecule Analysis of Molecular Biophysics

    • URL

      https://global.k.kyoto-u.ac.jp/cat-bio/single-molecule-analysis-of-molecular-biophysics-in-living-organisms/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実績報告書
  • [備考] Naoki Watanabe - Single-Molecule Analysis

    • URL

      https://www.youtube.com/watch?v=3ksMxF-EyCo

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] メカニカル・アンフォールディングが細胞内流動力を伝達

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2024-01-12-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] A clutch stretch goes a long way

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/en/research-news/2024-02-05

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] プレスリリース「メカニカル・アンフォールディングが細胞内流動力を伝達

    • URL

      https://infophys-bio.jp/archives/1083

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] モノクローナル抗体の用途を広げる革新技術ー多重超解像可視化プローブへの迅速変換法ー

    • URL

      https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-09-21-0

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] Innovative Technology Expands Applications of mAbs

    • URL

      https://www.lif.kyoto-u.ac.jp/e/research/research_results/cat19/2022-09-29/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [産業財産権] 多重抗原検出用抗体2023

    • 発明者名
      渡邊直樹、宮本章歳、張千里
    • 権利者名
      国立大学法人京都大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 外国
  • [産業財産権] 多重抗原検出用抗体2022

    • 発明者名
      渡邊直樹、宮本章歳、張千里
    • 権利者名
      国立大学法人京都大学
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2022-126485
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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