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情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K03453
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分13010:数理物理および物性基礎関連
研究機関九州大学

研究代表者

森 史  九州大学, 芸術工学研究院, 助教 (90525891)

研究分担者 岡田 崇  京都大学, 医生物学研究所, 准教授 (10741043)
杉 拓磨  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (70571305)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2023年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード複雑ネットワーク / 情報流 / 神経回路 / 摂動論 / 全脳イメージング
研究開始時の研究の概要

生物系において、外部刺激に応じた行動決定を担っているのは神経ネットワークの活動である。線虫では、ある刺激に対する行動選択を担っている局所的なネットワーク構造が発見されているが、さまざまな刺激に対して常に局所的な情報処理で答えを出しているのか、あるいは、時に大域的な構造も利用しているのかは、定かではない。本研究では「ネットワーク上の情報流のパス展開理論」を線虫の神経回路に適用し、シグナルの伝達に重要な経路群を特定する。さらに、実験的にその経路群を観測することで、高分解能の情報流測定を実現する。こうして、理論と実験により、局所的及び大域的な情報流の全貌を明らかにし、行動決定のメカニズムを解明する。

研究実績の概要

生物系の神経ネットワークでどのような情報処理が実行され、どのように行動決定がなされているのかは、未解明である。例えば、神経回路のトポロジーが分かっている線虫では、ある刺激に対する行動選択を担っている局所的なネットワーク構造が発見されているが、さまざまな刺激に対して常に局所的な情報処理で答えを出しているのか、あるいは、時に大域的なネットワーク構造も利用しているのかは、定かではない。本研究では、ネットワーク上の情報流を記述する理論を線虫の神経回路に適用し、刺激シグナルの伝達に重要な経路群を特定することを目指している。今年度は、行動中の線虫の全脳イメージングに向けた顕微鏡のカスタマイズが大きく進展した。さらに、線虫以外の実験系についても、観測が可能になった。そこで、観測データから情報の流れを適切に抽出し定量化するための情報量について考えた。具体的には、時間分解能に制限のある観測データから情報の流れを適切に読み取るために、移動エントロピーをどのような形で用いるべきかについて調べた。また、先行研究で行われている移動エントロピーの定義の改良が、我々の実験系にどの程度意味のある改良になるかを調べた。さらに、我々の観測システム系では、細胞の位置という空間情報も使えるので、空間情報を取り入れた解析の有効性を議論した。既に理論的に明らかにしている情報流のパス展開理論に関する成果を、日本物理学会年次大会や日本物理学会九州支部例会で発表した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

今年度は、行動中の線虫の全脳イメージングに向けた顕微鏡のカスタマイズが大きく進展した。また、実験データから抽出される情報の流れを理論的にどのような形で定量化するべきかについても、理解が進んだ。よって、おおむね順調に進展していると言える。

今後の研究の推進方策

実験から得られるデータが揃いつつあるので、理論側と実験側のコミュニケーションをこれまで以上に密にし、理論の生物系への適用を実現させる。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 9件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Enhanced precision of circadian rhythm by output system2023

    • 著者名/発表者名
      Kaji Hotaka、Mori Fumito、Ito Hiroshi
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 574 ページ: 111621-111621

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2023.111621

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification2023

    • 著者名/発表者名
      Hishida Atsuki、Okada Takashi、Mochizuki Atsushi
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 3 号: 1

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad441

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior2023

    • 著者名/発表者名
      Chiba Takuya、Okumura Etsuko、Nishigami Yukinori、Nakagaki Toshiyuki、Sugi Takuma、Sato Katsuhiko
    • 雑誌名

      Current Biology

      巻: 33 号: 13 ページ: 2668-2677.e3

    • DOI

      10.1016/j.cub.2023.05.042

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Large-Scale Cultivation of Nematodes to Study Their Collective Behaviors2023

    • 著者名/発表者名
      Imamura Ryuki、Nakane Yurina、Jiajing Hu、Ito Hiroshi、Sugi Takuma
    • 雑誌名

      Journal of Visualized Experiments

      巻: 1 号: 198 ページ: 10-10

    • DOI

      10.3791/65569

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Information-transfer characteristics in network motifs2023

    • 著者名/発表者名
      Mori Fumito、Okada Takashi
    • 雑誌名

      Physical Review Research

      巻: 5 号: 1 ページ: 013037-013037

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.5.013037

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Root PRR7 Improves the Accuracy of the Shoot Circadian Clock through Nutrient Transport2023

    • 著者名/発表者名
      Uemoto Kyohei、Mori Fumito、Yamauchi Shota、Kubota Akane、Takahashi Nozomu、Egashira Haruki、Kunimoto Yumi、Araki Takashi、Takemiya Atsushi、Ito Hiroshi、Endo Motomu
    • 雑誌名

      Plant and Cell Physiology

      巻: 64 号: 3 ページ: 352-362

    • DOI

      10.1093/pcp/pcad003

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Noninvasive inference methods for interaction intensity and direction of synchronized oscillators2023

    • 著者名/発表者名
      Fumito Mori
    • 学会等名
      Conference on complex systems 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Theory and experiment of noninvasive inference for interaction direction of coupled oscillators2023

    • 著者名/発表者名
      Fumito Mori
    • 学会等名
      STATPHYS28
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ネットワークモチーフの情報転送の特性2023

    • 著者名/発表者名
      森史、岡田崇
    • 学会等名
      第129回日本物理学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ネットワークモチーフ上の情報の流れ2023

    • 著者名/発表者名
      森史、岡田崇
    • 学会等名
      日本物理学会 第78回年次大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Development and application of 4D light-field and quantum imaging technologies2023

    • 著者名/発表者名
      Takuma Sugi
    • 学会等名
      BISC2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Network topology determines robustness and flexibility of chemical reaction systems2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Okada
    • 学会等名
      ICIAM 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Determining regulations of biochemical reaction systems from network topology2023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Okada
    • 学会等名
      The 29th East Asia Joint Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Lineage frequency fluctuations reveal the spatial dynamics of disease transmission in SARS-CoV-22023

    • 著者名/発表者名
      Takashi Okada
    • 学会等名
      APS March Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Graphical expansion of information flows in network motifs2022

    • 著者名/発表者名
      Fumito Mori
    • 学会等名
      Conference on complex systems 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Output systems can improve accuracy of biological rhythms2022

    • 著者名/発表者名
      Hotaka Kaji, Fumito Mori, and Hiroshi Ito
    • 学会等名
      Conference on complex systems 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 振動の時刻データを用いた振動子間の結合強度の推定2022

    • 著者名/発表者名
      森史
    • 学会等名
      研究集会:データサイエンスにおける統計科学
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 概日時計出力系は時計を正確にし得る2022

    • 著者名/発表者名
      梶穂高、森史、伊藤浩史
    • 学会等名
      第29回日本時間生物学会学術大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Active matter physics and high-speed single-shot 4D imaging2022

    • 著者名/発表者名
      Takuma Sugi
    • 学会等名
      The 31th International Toki conference on plasma and fusion research
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] ネットワークの三角構造が担う情報伝達の役割を解明

    • URL

      https://www.kyushu-u.ac.jp/f/51272/23_0126_02.pdf

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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