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電子密度変化に基づく分子間相互作用の画像解析法の基礎の確立と応用

研究課題

研究課題/領域番号 22K05020
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関静岡大学

研究代表者

鳥居 肇  静岡大学, 工学部, 教授 (80242098)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2023年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2022年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード分子間相互作用 / 画像解析 / 電子密度
研究開始時の研究の概要

水素結合系やハロゲン結合系など,凝縮相系における分子間相互作用と分子間構造形成および観測可能量(分光シグナルなど)の変化の相関に関わる事例について,電子密度解析の手法を用いて進めてきた理論研究の発展形として,分子間相互作用を空間分解的に捉えるための汎用的プロトコルを導くことができる可能性を追求する。そのため,典型的と考えられる事例のうち,これまでに扱わなかったものを対象に,追加的な解析を行ったのち,分子間相互作用の各因子に特徴的な電子密度変化を数百メガピクセルの画像パターンとして認識し類型化することにより,その解析プロトコルを導く。さらに,数理最適化の手法を援用して,この手法の自動化を図る。

研究実績の概要

水素結合系やハロゲン結合系など,凝縮相系における分子間相互作用と分子間構造形成および観測可能量(分光シグナルなど)の変化の相関に関わる事例について,電子密度解析の手法を用いて進めてきた理論研究の発展形として,分子間相互作用を空間分解的に捉えるための汎用的プロトコルを導くことができる可能性を追求する。そのため,典型的と考えられる事例のうち,これまでに扱わなかったものを対象に,追加的な解析を行ったのち,分子間相互作用の各因子に特徴的な電子密度変化を数百メガピクセルの画像パターンとして認識し類型化することにより,その解析プロトコルを導く。さらに,数理最適化の手法を援用して,この手法の自動化を図る。
令和5年度においては,令和4年度に引き続き「典型的な事例の追加的解析」を進めるとともに,「電子密度変化の類型化」に向けた準備をおこなった。前者については,典型的な水素結合性分子の1つであるメタノールの液体について,THzスペクトルのシミュレーションを行うために,分子運動に伴う電子密度の変化を解析し,電子密度変化の様相と分子運動の特徴の相関を明らかにした。また,THz領域に特徴的な振動モードをもつハロゲン結合系を対象に,電子密度をもとに,静電相互作用と分子間電荷移動の相対的重要性を解析した。後者については,これまでに扱った具体的事例を対象に,電子密度変化の画像としての特徴量を抽出するアルゴリズムの検討を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

これまでに,「典型的な事例の追加的解析」と「電子密度変化の類型化に向けた準備」の双方において,進展を得ることができた。前者については,典型的な水素結合性分子の1つについて,解析を進めたところであり,その結果はJ. Mol. Liq.誌に論文として発表した。後者については,これまでに扱った具体的事例を対象に,電子密度変化の画像としての特徴量を抽出するアルゴリズムの検討を行ったところであり,解析をさらに進めるための準備が整いつつあるといえる。このことから,「おおむね順調に進展している」と考えられる。

今後の研究の推進方策

「典型的な事例の追加的解析」については,生体分子内に存在する多様なハロゲン結合供与分子骨格の各々や,ハロゲン結合の重要な類型の1つであるハロニウムイオン系など,さらに対象系を拡げることにより,電子密度変化の類型化のための基礎データを充実させる。そのうえで,汎用的な解析プロトコルの確立に向けて解析を進める。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (8件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Intermolecular charge fluxes and terahertz spectral features of liquid methanol2023

    • 著者名/発表者名
      Torii Hajime
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Liquids

      巻: 390 ページ: 123111-123111

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2023.123111

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substituent Effect and Its Halogen-Atom Dependence of Halogen Bonding Viewed through Electron Density Changes2023

    • 著者名/発表者名
      Sakai Takanori, Torii Hajime
    • 雑誌名

      Chemistry - An Asian Journal

      巻: 18 号: 3

    • DOI

      10.1002/asia.202201196

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] ハロゲン結合系における分子間電荷移動と静電相互作用の電子密度に基づく解析2023

    • 著者名/発表者名
      稲生喬介,鳥居 肇
    • 学会等名
      第25回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 電子密度を参照することによる分子間相互作用と分子振動モード特性の解析2023

    • 著者名/発表者名
      鳥居 肇
    • 学会等名
      第17回分子科学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Capturing intermolecular interactions as images: Electron density analysis on halogen- and hydrogen-bonding systems2023

    • 著者名/発表者名
      Hajime Torii
    • 学会等名
      Inter-Academia 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ハロゲン結合系における電荷移動相互作用と静電相互作用の相対的重要性の解析2023

    • 著者名/発表者名
      稲生喬介,鳥居 肇
    • 学会等名
      第46回ケモインフォマティクス討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ハロゲン結合系の静電的異方性に関わるハロゲン原子依存性と置換基効果の電子密度に基づく解析2022

    • 著者名/発表者名
      酒井孝徳,鳥居 肇
    • 学会等名
      第12回量子化学スクール
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 研究室webページ 日本語版

    • URL

      http://reve2.eng.shizuoka.ac.jp/jp.html

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書 2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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