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タンパク質化学合成を基盤としたエステル連結ユビキチンシグナル解析プローブの創製

研究課題

研究課題/領域番号 22K05349
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分37030:ケミカルバイオロジー関連
研究機関静岡大学

研究代表者

佐藤 浩平  静岡大学, 工学部, 助教 (30756705)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードタンパク質化学合成 / ユビキチン / ペプチドヒドラジド / アスパルチミド / ヒドラジンリンカー / 水溶性タグ / エステル結合
研究開始時の研究の概要

タンパク質のユビキチン修飾は、高い構造多様性を分子基盤として多彩な生理機能を司っている。その中で、セリン/スレオニン側鎖ヒドロキシル基を介してエステル結合で連結したユビキチン鎖の機能解明は、研究ツールが不足しているため未踏領域となっている。分子動力学シミュレーションと化学合成法を組み合わせることで、エステル連結型ユビキチンの機能解明指向型タンパク質プローブの合理的設計と開発を実現する。

研究実績の概要

タンパク質翻訳後修飾としてのユビキチン化は、プロテアソーム分解をはじめ広範な細胞内プロセスで重要な役割を担っている。ユビキチン同士が連結したポリユビキチン鎖形成により、極めて高い構造多様性を示すことがユビキチン修飾の多彩な細胞機能制御の分子基盤となっている。エステル結合で連結したポリユビキチン鎖は免疫関連のシグナル制御に関与するとの報告があるが、研究ツールの不足による詳細な機能解明研究は進んでいない。2022年度および2023年度で、エステル連結ポリユビキチン鎖機能解明プローブの開発を目指してユビキチン関連タンパク質の効率的化学合成を推進するための各種方法論開発を実施した。
2022年度はユビキチンダイマー(Ub2)を合成標的として合成法確立を目指して検討する中で、合成中間体の溶解性が問題となり新規可溶化技術を開発することで問題解決を図った。2023年度は、アスパラギン酸含有ペプチドの合成時に併発するアスパルチミド体の副生を抑制する手法を開発した。アスパラギン酸ヒドラジド誘導体がこの副生成物を抑制するのに有効なことを見出し、ペプチド鎖構築後に穏和な条件でアスパラギン酸に変換できることを明らかにした。また、ペプチドヒドラジドの取り扱いを容易にする新規合成用リンカーの開発にも成功した。ジアルコキシベンジル基を介して固相担体上にペプチドヒドラジドを構築すると、脱保護条件によって無置換ヒドラジドと置換ヒドラジドをつくり分けられることを明らかにした。置換ヒドラジドは高速液体クロマトグラフィーによる分析・精製時にピーク形状が良好となる。これにより、ユビキチン合成用フラグメントの単離収率が2~3倍向上した。合成効率向上に大きく貢献する技術を開発できたので、今後はユビキチンタンパク質プローブの合成を加速し、機能解明研究に資するプローブ分子の開発を推進する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

2023年度は、タンパク質化学合成を実施するうえでの合成成績向上を目指してふたつの方法論開発に取り組んだ。まず、ペプチド固相合成時の主な副反応として知られているアスパルチミド副生の抑制法を開発した。ここでは、アスパラギン酸誘導体として側鎖を1-メチル-1-Bocヒドラジドとした誘導体を合成し、アスパルチミドの副生を1%未満に抑制できることを明らかにした。また、メチルヒドラジド誘導体は硫酸銅(II)を水溶液中で作用させることで酸化的加水分解が進行し、対応するアスパラギン酸に変換できることを見出した。この手法はマイクロ波加熱条件でペプチド鎖を伸長しても有意にこの副反応を抑制したことから、汎用性の高いアスパルチミド抑制法である。
また、ペプチドヒドラジドの取扱いを容易にする新規固相合成用リンカーの開発にも取り組んだ。2022年度までに開発した水溶性タグを利用する可溶化法を最大限活用するためにも、その基質となるヒドラジドの効率的合成は重要課題である。ペプチドの分析・精製は主に逆相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いて実施されるが、ペプチドヒドラジドはピークテーリングしやすいことがしばしば問題となる。我々はヒドラジドをアルキル化するとピーク形状が改善することを見出し、アルキルヒドラジドを直接合成可能な新規リンカーを設計・合成した。ジアルコキシベンジル型のリンカーを用いると、TMSBr-thioanisole in TFA系でペプチドを固相から切り出すとベンジルリンカーを残したまま切り出せることを見出した。また、このリンカーはTFA中37℃で処理することで切断可能だった。これらの性質を利用して、分析・精製時にはアルキル化体としてテーリングのない状態で取り扱うことが可能となった。

今後の研究の推進方策

2022年度までに開発した水溶性タグによるユビキチン関連タンパク質の可溶化技術と、2023年度に開発した合成基盤技術を組み合わせて本研究の狙いであるユビキチンタンパク質プローブの合成を加速する。ユビキチンのアミノ酸配列は5つのアスパラギン酸を含んでおりアスパルチミド生成による収率低下が予想されるが、アスパラギン酸ヒドラジド誘導体を用いてこの合成効率向上を目指す。また、ジアルコキシベンジルリンカーによるペプチドヒドラジド合成をユビキチンフラグメントに適用したところ、単離収率が2~3倍に向上することを確認できたことから、こちらも合成効率向上に大きく貢献すると考えている。タンパク質プローブの合成を加速することで、エステル連結ユビキチンの機能解明研究のための基盤構築を推進する。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (32件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 2件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Late-Stage Derivatization of Oleanolic Acid-Based Anti-HIV-1 Compounds2024

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi Reon、Fujimoto Junko、Taguchi Yoshinori、Ide Ryuji、Kyan Ryuji、Sato Kohei、Mase Nobuyuki、Yokoyama Masaru、Harada Shigeyoshi、Narumi Tetsuo
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 72 号: 3 ページ: 330-335

    • DOI

      10.1248/cpb.c23-00891

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2024-03-25
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Amide-to-chloroalkene substitution for overcoming intramolecular acyl transfer challenges in hexapeptidic neuromedin U receptor 2 agonists2024

    • 著者名/発表者名
      Narumi Tetsuo、Toyama Daichi、Fujimoto Junko、Kyan Ryuji、Sato Kohei、Mori Kenji、Pearson James T.、Mase Nobuyuki、Takayama Kentaro
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 60 号: 26 ページ: 3563-3566

    • DOI

      10.1039/d3cc06197c

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Late-stage diversification strategy for the synthesis of peptide acids and amides using hydrazides2023

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Shoko、Kanno Mizuki、Tashiro Yosuke、Narumi Tetsuo、Mase Nobuyuki、Sato Kohei
    • 雑誌名

      Exploration of Drug Science

      巻: 1 ページ: 322-335

    • DOI

      10.37349/eds.2023.00023

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Semi-Synthetic CoA-α-Synuclein Constructs Trap N-Terminal Acetyltransferase NatB for Binding Mechanism Studies2023

    • 著者名/発表者名
      Pan Buyan、Gardner Sarah M.、Schultz Kollin、Perez Ryann M.、Deng Sunbin、Shimogawa Marie、Sato Kohei、Rhoades Elizabeth、Marmorstein Ronen、Petersson E. James
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 25 ページ: 14019-14030

    • DOI

      10.1021/jacs.3c03887

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Enhancing Multiphase Reactions by Boosting Local Gas Concentration with Ultrafine Bubbles2023

    • 著者名/発表者名
      Kozuka Tomoki、Iio Takuya、Suzuki Soma、Kakiuchi Kenta、Tadano Genta、Sato Kohei、Narumi Tetsuo、Mase Nobuyuki
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 96 号: 8 ページ: 752-758

    • DOI

      10.1246/bcsj.20230110

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rapid Identification of Enamine‐based Organocatalysts for Quaternary Carbon‐containing Aldol Reactions via Fluorescence‐based Screening2023

    • 著者名/発表者名
      Ito Hiroshi、Yoshida Yuya、Masuda Tsuguya、Sasaki Aiko、Imoto Kyosuke、Sato Kohei、Narumi Tetsuo、Mase Nobuyuki
    • 雑誌名

      Asian Journal of Organic Chemistry

      巻: 12 号: 7

    • DOI

      10.1002/ajoc.202300236

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Hydrazide-Mediated Solubilizing Strategy for Poorly Soluble Peptides Using a Dialkoxybenzaldehyde Linker2022

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Shoko、Narumi Tetsuo、Mase Nobuyuki、Sato Kohei
    • 雑誌名

      CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN

      巻: 70 号: 10 ページ: 707-715

    • DOI

      10.1248/cpb.c22-00501

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • 年月日
      2022-10-01
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Synthesis of benzylated amine‐substituted xanthone derivatives and their antioxidant and anti‐inflammatory activities2022

    • 著者名/発表者名
      Wong Ka Woong、Teh Soek Sin、Law Kung Pui、Ismail Intan Safinar、Sato Kohei、Mase Nobuyuki、Mah Siau Hui
    • 雑誌名

      Archiv der Pharmazie

      巻: 356 号: 1 ページ: 2200418-2200418

    • DOI

      10.1002/ardp.202200418

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Low Surface Potential with Glycoconjugates Determines Insect Cell Adhesion at Room Temperature2022

    • 著者名/発表者名
      Matsuzaki Takahisa、Terutsuki Daigo、Sato Shoma、Ikarashi Kohei、Sato Kohei、Mitsuno Hidefumi、Okumura Ryu、Yoshimura Yudai、Usami Shigeyoshi、Mori Yusuke、Fujii Mai、Takemi Shota、Nakabayashi Seiichiro、Yoshikawa Hiroshi Y.、Kanzaki Ryohei
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 13 号: 40 ページ: 9494-9500

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c01673

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Design, synthesis, and bio-evaluation of novel triterpenoid derivatives as anti-HIV-1 compounds2022

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi Reon、Ogihara Kasumi、Fujimoto Junko、Sato Kohei、Mase Nobuyuki、Yoshimura Kazuhisa、Harada Shigeyoshi、Narumi Tetsuo
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      巻: 69 ページ: 128768-128768

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2022.128768

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 環状アミジン骨格含有ペプチド:ヒスチコルガチンの合成研究2024

    • 著者名/発表者名
      河合 翔哉、田口 佳紀、佐藤 浩平、間瀬 暢之、二又 裕之、鳴海 哲夫
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] アミロイドペプチドAβ49の合成研究2024

    • 著者名/発表者名
      萩原 大耀、田中 晶子、佐藤 浩平、間瀬 暢之、福森 亮雄、鳴海 哲夫
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] α,α-二置換アミノ酸含有クロロアルケンジペプチドイソスターの立体選択的合成法の開発2024

    • 著者名/発表者名
      宮田 陽伊、竹尾 沙優里、駿河 唯、佐藤 浩平、間瀬 暢之、鳴海 哲夫
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] C型肝炎ウイルスの感染粒子形成を阻害するテトラヒドロカルバゾール系化合物の構造活性相関研究2024

    • 著者名/発表者名
      岸川 聖、藤本 准子、佐藤 浩平、間瀬 暢之、鈴木 哲朗、鳴海 哲夫
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ジアルコキシベンジル型リンカーによるペプチドアルキルヒドラジドの直接合成とユビキチン合成への応用2024

    • 著者名/発表者名
      山本 孝也、鳴海 哲夫、間瀬 暢之、佐藤 浩平
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 合成後期分子変換戦略によるペプチドカルボン酸およびアミドの合成2024

    • 著者名/発表者名
      佐藤 浩平、田中 晶子、菅野 美月、田代 陽介、鳴海 哲夫、間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 遠隔不斉誘起型アルキル化反応によるXaa-Asp型クロロアルケンジペプチドイソスターの高立体選択的合成法の開発2024

    • 著者名/発表者名
      竹田 実央、飯尾 智裕、外山 大地、佐藤 浩平、間瀬 暢之、鳴海 哲夫
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会(横浜)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] グリーンものづくり:官能基評価キット合成における非定常フロー反応条件最適化法の開発2024

    • 著者名/発表者名
      杉村 茂紀、佐藤 浩平、鳴海 哲夫、間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会(2024)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] ファインバブル有機化学:微細孔方式による高粘性液体の常圧気相―液相反応の開発2024

    • 著者名/発表者名
      盛田 鵬人、櫻井 大斗、佐藤 浩平、鳴海 哲夫、間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会(2024)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] マイクロ波フロー化学:機械学習による誘電正接の推定2024

    • 著者名/発表者名
      Azmi Aisi、佐藤 浩平、鳴海 哲夫、間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会(2024)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] グリーンものづくり:フロー合成における機械学習を用いた離散型変数の最適化2024

    • 著者名/発表者名
      上田 潤、佐藤 浩平、鳴海 哲夫、間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会(2024)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] グリーンものづくり:ファインバブル法によるフェアリー化合物の合成2024

    • 著者名/発表者名
      Arun Kumar Manna、佐藤 浩平、鳴海 哲夫、間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本化学会第104春季年会(2024)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] SUPPRESSING ASPARTIMIDE FORMATION USING ASPARTIC ACID HYDRAZIDE2023

    • 著者名/発表者名
      Haruna Uemura, Tetsuo Narumi, Nobuyuki Mase, Kohei Sato
    • 学会等名
      第60回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Expanded toolbox for peptide/protein synthesis using peptide hydrazides2023

    • 著者名/発表者名
      Kohei Sato, Shoko Tanaka, Tetsuo Narumi, Nobuyuki Mase
    • 学会等名
      The 9th Modern Solid Phase Peptide Synthesis & Its Applications Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] ペプチド・タンパク質化学合成に資する化学選択的分子技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤 浩平
    • 学会等名
      有機合成化学協会東海支部 若手研究者のためのセミナー
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dialkoxybenzyl-type linker for solid-phase synthesis of peptide hydrazides2023

    • 著者名/発表者名
      Kohei Sato, Takaya Yamamoto, Tetsuo Narumi, Nobuyuki Mase
    • 学会等名
      AIMECS2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Fmocペプチド固相合成に適用可能な次世代アルキルヒドラジンリンカーの開発2023

    • 著者名/発表者名
      山本 孝也, 佐藤 浩平, 鳴海 哲夫, 間瀬 暢之
    • 学会等名
      日本化学会第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒドラジドの反応特性を利用するぺプチド・タンパク質合成法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      佐藤 浩平
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー~蛋白質に挑戦する化学~
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Thiosemicarbazide-mediated edman degradation for peptide purification2023

    • 著者名/発表者名
      Yuta Kosaka, Kohei Sato, Tetsuo Narumi, Nobuyuki Mase
    • 学会等名
      第59回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Novel hydrazine linker for preparation of peptide hydrazide2023

    • 著者名/発表者名
      Takaya Yamamoto, Kohei Sato, Tetsuo Narumi, Nobuyuki Mase
    • 学会等名
      第59回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Late-stage conversion of peptide hydrazides to the corresponding amides and carboxylates2023

    • 著者名/発表者名
      Shoko Tanaka, Tetsuo Narumi, Nobuyuki Mase, Kohei Sato
    • 学会等名
      第59回ペプチド討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 静岡大学工学部佐藤研究グループホームページ

    • URL

      https://wwp.shizuoka.ac.jp/sato-kohei/

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書 2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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