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キノロン耐性菌に有効な新規キノロン剤探索法の開発及びデータベースの構築

研究課題

研究課題/領域番号 22K05999
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分42020:獣医学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

中島 千絵  北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 教授 (60435964)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2023年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードキノロン / 薬剤耐性 / Qnr / サルモネラ / タイ
研究開始時の研究の概要

キノロンは強い殺菌作用を持つため、医療における最重要抗菌薬の1つである。ところが、家畜への多用により畜産物に関連する病原体におけるキノロン耐性率が上昇し、問題となっている。耐性獲得は、標的酵素であるジャイレース上の点変異や、プラスミド伝達性の耐性因子Qnrの結合による構造変化が原因で引き起こされる。そこで我々は、製薬会社が合成、保管している開発途中のキノロンバンクを活用し、キノロン耐性となった耐性菌に有効なキノロンの発掘を行うこととした。特定の変異と有効なキノロン構造との相関を求め、データベースを構築することにより、他に治療薬が無い耐性菌に有効なキノロンを提案することが可能となると考える。

研究実績の概要

昨年度に続き、点変異を持った組換えジャイレースを用いたインビトロの活性評価系によりWQシリーズ化合物の評価を行った。食中毒の起因菌として重要視されているカンピロバクターでは、分離株におけるキノロン耐性菌の割合が高く、その大半がGyrA T86I変異を持つ。この変異を持つ菌はシプロキサシンやモキシフロキサシンに対しても高度耐性を示すが、WQシリーズの一部の化合物では低濃度(2ug/mL)で有効であることが示された。また、Mycobacterium aviumのジャイレースを用いたインビトロ試験においても、キノロン耐性変異を持ったジャイレースも含め、WQシリーズの化合物が既存のキノロン薬よりも有効であることが示された。
プラスミド伝達性のキノロン耐性因子であるQnrにつき、サルモネラからの分離報告が多いと報告されていたQnrB19を組換え体として発現し、組換えジャイレースの活性評価系へ添加してその作用を調べた。野生型、キノロン耐性菌変異(GyrA S83F及びD87N)を持ったジャイレースとも、QnrB19添加モル数がその等量から約10倍量においてジャイレースの活性を50%から80%復帰させる(耐性度を増加する)傾向が見られた。また、Mycobacterium属菌においては、ゲノム中に保持されている内在性のペンタペプタイドであるMfpAのキノロン耐性への関与が示唆されているが、日本で分離されたM. aviumの約3割でこの遺伝子にフレームシフト変異が入り、活性を失っていることが予想された。それらの株では野生型に比してキノロンに対するMICが有意に低かったことから、MfpAがキノロン耐性に何らかの関与をしている可能性が示唆された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

対象とする菌種をサルモネラのみならずカンピロバクター、Mycobacterium属菌と広げたため、有意義な発見も増えたが、仕事量も増えた。昨年、タイのカナルから分離されるサルモネラが保持するQnrの殆どがQnrSであることを示したが、この組換え体の可溶化に苦戦している。また、WQシリーズの解析は進んでいるが、他社の異なる骨格を基礎としたキノロンの解析も進める必要がある。立体構造の足掛かりとすべくクライオ電子顕微鏡像の撮影を開始したが、現在、条件検討中であり、その補完も兼ねて電子間力顕微鏡による撮影を開始した。

今後の研究の推進方策

今年度は他社の新規キノロンを追加し、インビトロ評価系を用いた試験を行う。また、サルモネラから高度に検出されることが判明したQnrSの発現、可溶化に取り組み、ジャイレース上の変異との組み合わせ試験を行う。クライオ電子顕微鏡の条件検討を重ね、各種キノロンの結合様式を調べ、構造解析の一助とする。また、原子間力顕微鏡を用いた解析を行い、ジャイレースの動態を観察する。更にはMycobacterium属菌では組換え体を用いた試験で好成績だったキノロンが生菌を用いた薬剤感受性試験では想定された効果が出ない現象が観察され、菌体への透過性の問題が示唆されたため、細胞壁の透過性を高める抗菌剤との併用によるチェッカーボード試験を行う。年度内に得られたデータより、菌種、ジャイレース上の変異の種類、Qnr, MfpAの有無とキノロン骨格との相関性を可能な範囲でまとめ、対象となる細菌の条件に応じて有効と思われるキノロンの一覧を作成する。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 4件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (10件) (うち国際学会 4件)

  • [国際共同研究] マヒドン大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [国際共同研究] マヒドン大学(タイ)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Genomic analysis of Salmonella isolated from canal water in Bangkok, Thailand2024

    • 著者名/発表者名
      Toyting Jirachaya、Nuanmuang Narong、Utrarachkij Fuangfa、Supha Neunghatai、Thongpanich Yuwanda、Leekitcharoenphon Pimlapas、Aarestrup Frank M.、Sato Toyotaka、Thapa Jeewan、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: - 号: 5

    • DOI

      10.1128/spectrum.04216-23

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Exploration of the novel fluoroquinolones with high inhibitory effect against quinolone-resistant DNA gyrase of Salmonella Typhimurium2023

    • 著者名/発表者名
      Toyting Jirachaya、Miura Nami、Utrarachkij Fuangfa、Tanomsridachchai Wimonrat、Belotindos Lawrence P.、Suwanthada Pondpan、Kapalamula Thoko Flav、Kongsoi Siriporn、Koide Kentaro、Kim Hyun、Thapa Jeewan、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: 11 号: 6

    • DOI

      10.1128/spectrum.01330-23

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The Impact of Substitutions at Positions 1 and 8 of Fluoroquinolones on the Activity Against Mutant DNA Gyrases of Salmonella Typhimurium2023

    • 著者名/発表者名
      Suwanthada Pondpan、Kongsoi Siriporn、Miura Nami、Belotindos Lawrence P.、Piantham Chayada、Toyting Jirachaya、Akapelwa Mwangala L.、Pachanon Ruttana、Koide Kentaro、Kim Hyun、Thapa Jeewan、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • 雑誌名

      Microbial Drug Resistance

      巻: 29 号: 12 ページ: 552-560

    • DOI

      10.1089/mdr.2023.0014

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Characterization of DNA Gyrase Activity and Elucidation of the Impact of Amino Acid Substitution in GyrA on Fluoroquinolone Resistance in Mycobacterium avium2023

    • 著者名/発表者名
      Thapa Jeewan、Chizimu Joseph Yamweka、Kitamura Soyoka、Akapelwa Mwangala Lonah、Suwanthada Pondpan、Miura Nami、Toyting Jirachaya、Nishimura Tomoyasu、Hasegawa Naoki、Nishiuchi Yukiko、Gordon Stephen V.、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • 雑誌名

      Microbiology Spectrum

      巻: - 号: 3

    • DOI

      10.1128/spectrum.05088-22

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] In vitro antibacterial activity of OPS-2071 against Gram-positive and Gram-negative enteropathogenic bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      Oka Daisuke、Changkwanyeun Ruchirada、Yamaguchi Tomoyuki、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko、Matsumoto Makoto
    • 雑誌名

      Journal of Antimicrobial Chemotherapy

      巻: 77 号: 12 ページ: 3248-3255

    • DOI

      10.1093/jac/dkac308

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Untangling the tangle: Mutant DNA gyrase and Qnr contribute to the high-level of quinolone resistance of Salmonella Typhymurium2024

    • 著者名/発表者名
      Pondpan Suwanthada, Siriporn Kongsoi, Mwangala L. Akapelwa, Jeewan Thapa, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
    • 学会等名
      GYSS (Global Young Scientists Summit) 2024
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] デラフロキサシンのらい菌DNAジャイレースに対する作用2023

    • 著者名/発表者名
      朴 鐘勲、Suwanthada Pondpan、中島 千絵、鈴木 定彦
    • 学会等名
      第96日本ハンセン病学会総会・学術大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] WQ-3034 & WQ-3154: The New Fluoroquinolones with High Inhibitory Effect against Quinolone-Resistant Salmonella Typhimurium DNA Gyrase2023

    • 著者名/発表者名
      Jirachaya Toyting, Nami Ajima, Fuangfa Utrarachkij, Wimonrat Tanomsridachchai, Lawrence P. Belotindos, Pondpan Suwanthada, Thoko Flav Kapalamula, Siriporn Kongsoi, Kentaro Koide, Jeewan Thapa, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
    • 学会等名
      ASM Microbe 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Interaction Between Qnrb19 And Dna-dna Gyrase Complex Of Salmonella Typhimurium2023

    • 著者名/発表者名
      Pondpan, SUWANTHADA, Siriporn, KONGSOI, Jeewan, THAPA, Chie, NAKAJIMA, Yasuhiko, SUZUKI
    • 学会等名
      ASM Microbe 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Wide distribution of plasmid mediated quinolone resistance gene, qnrS, among Salmonella spp. isolated from canal water in Thailand2023

    • 著者名/発表者名
      Jirachaya Toyting, Neunghatai Supha, Yuwanda Thongpanich, Jeewan Thapa, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki, Fuangfa Utrarachkij
    • 学会等名
      8th One Health Lecture Series: Enhance Scientific Collaboration for Healthier Society
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] The effect of mfpA encoding pentapeptide repeat protein on the minimum inhibitory concentrations of Levofloxacin in M. avium clinical isolates from Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Mwangala Lonah Akapelwa, Yuki Ouchi-Aizu, Joseph Yamweka Chizimu, Thoko Flav Kapalamula, Conscilliah Rhombohl Menda, Yukiko Nishiuchi, Yasuhiko Suzuki, Chie Nakajima
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Prevalence of plasmid mediated quinolone resistance genes in Salmonella spp. from canals of Thailand2023

    • 著者名/発表者名
      Jirachaya Toyting, Fuangfa Utrarachkij, Neunghatai Supha, Yuwanda Thongpanich, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Role of quinolone resistance-associated mutations in gyrA of Mycobacterium avium to the fluoroquinolone resistance2023

    • 著者名/発表者名
      Jeewan Thapa, Joseph Yamweka Chizimu, Soyoka Kitamura, Mwangala Lonah Akapelwa, Pondpan Suwanthada, Nami Ajima, Jirachaya Toyting, Nakajima Chie, Yasuhiko Suzuki
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Impact of amino acid substitutions in GyrA and QnrB19 on resistance to fluoroquinolone in Salmonella Typhimurium2023

    • 著者名/発表者名
      Pondpan SUWANTHADA, Jeewan THAPA, Chie NAKAJIMA, Yasuhiko SUZUKI
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Role of quinolone resistance-associated mutations in gyrA of Mycobacterium avium to the fluoroquinolone resistance2022

    • 著者名/発表者名
      Jeewan Thapa, Joseph Yamweka Chizimu, Soyoka Kitamura, Mwangala Lonah Akapelwa, Pondpan Suwanthada, Nami Ajima, Jirachaya Toyting, Nakajima Chie, Yasuhiko Suzuki
    • 学会等名
      第6回抗酸菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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