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ミトコンドリアゲノムの数と遺伝情報を維持するための制御因子探索と分子機構解析

研究課題

研究課題/領域番号 22K06087
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43010:分子生物学関連
研究機関九州大学

研究代表者

加生 和寿  九州大学, 薬学研究院, 助教 (90726019)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードミトコンドリア / mtDNA / 複製 / PrimPol / DNA複製 / 試験管内再構成 / コピー数制御 / 大規模欠損
研究開始時の研究の概要

真核生物の細胞内小器官ミトコンドリアは独自ゲノムmtDNAを有し、そのコピー数は1細胞あたり数百から数千個に維持されている。mtDNAはエネルギー産生に必須の電子伝達系の酵素群を発現することから、mtDNAコピー数と遺伝情報の維持は健康な生命活動において重要である。mtDNA制御の破綻はコピー数低下やゲノムの大規模欠損を引き起こすが、一方でmtDNA複製を正確に遂行するための制御に関しては未解明な点が多い。本研究では試験管内実験系を用いてmtDNA複製の制御因子を網羅的に探索し、mtDNAコピー数制御と大規模欠損を回避するための制御について分子機構の解明を目指す。

研究実績の概要

真核生物において、ミトコンドリアは細胞活動に必要なエネルギーであるATPの産生を担う細胞内小器官である。ミトコンドリア独自のゲノムmtDNAは1細胞当たり数千コピー存在し、ATP産生に必須の電子伝達系の酵素群を発現する。従ってmtDNAのコピー数や遺伝情報の安定維持は健康な生命活動において重要である。過去の報告によりmtDNA複製の全容が明らかにありつつある一方で、mtDNA複製モード(リーディング鎖-ラギング鎖共役型)やコピー数の制御機構は未解明である。本研究ではmtDNA複製の試験管内解析系を新たに構築し、その詳細なメカニズムや制御機構の解明を目指す。申請者は研究計画に沿って試験管内でのmtDNA複製反応を検討し、現在までにミトコンドリア由来蛋白質抽出液と精製mtDNAとを混ぜることにより部分的にmtDNA複製反応を誘導させることに成功した(九州大学理学研究院 高橋 達郎 教授との共同研究を含む)。しかしながら、前回報告したようにヌクレアーゼ活性を有するなどの理由から現状の試験管内mtDNA複製系では複製開始部位(OriHを含む非コード領域)特異性は検出されていない。このような背景から申請者は第二の計画としていた精製ミトコンドリアを用いたmtDNAコピー数解析系の構築を進めている。今後も研究計画に沿って試験管内で精製タンパク質(PrimPol DNAプライマーゼ/ポリメラーゼ)をミトコンドリア内に移行させる実験を試みることでmtDNA複製制御機構の解明を目指す。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

1. ミトコンドリア抽出液を用いたmtDNA複製開始の分子機構解析
申請者は、過去の報告(Dunon-Buteau et al., 1987)に倣ってX. laevis卵ミトコンドリア精製法と抽出液の調製法を確立し、ミトコンドリア由来蛋白質とmtDNAとを混ぜることにより部分的に複製反応を誘導させることに成功した(九州大学理学研究院 高橋 達郎 教授との共同研究)。一方で、mtDNA複製開始部位など種々の変異体解析の結果についても検討した結果、現状の試験管内mtDNA複製系では本来の複製開始部位(OriHを含む非コード領域)からの特異的な複製開始は検出されなかった。加えて、ヌクレアーゼ活性が高く複製産物の解析や二次元ゲル電気泳動法による複製中間体の解析は困難であると結論づけた。
2. 精製ミトコンドリア画分を用いたmtDNAコピー数制御の解析
前回報告した通りミトコンドリア抽出液を用いた試験管内mtDNA複製系の確立が困難であったことから、申請者は第二の計画である精製ミトコンドリア画分を用いたmtDNA複製制御についての解析を中心に研究を遂行している。現在までに、精製ミトコンドリアが複製活性を有し、mtDNAコピー数も時間経過に依存して増加することが確認された。加えて、精製ミトコンドリア内に移行させるための蛋白質(PrimPolなど)について精製し、活性確認を行った。加えて、精製ミトコンドリアへのDNAや蛋白質移行実験についても一定の成果が得られており、現在はmtDNA複製への影響について検討を進めている。このように申請時には想定していなかったトラブルに苦慮したが、一方で第二の計画で一定の成果が得られたことから概ね順調に進展したと判断した。

今後の研究の推進方策

今後は精製ミトコンドリア画分を用いたmtDNA複製、コピー数解析系を用いたmtDNA複製の制御機構解析を中心に研究を展開する。mtDNA複製開始には転写により生じるDNA-RNAハイブリッド形成が必須であることからミトコンドリア転写因子群(DNA屈曲因子TFAMなど)のリコンビナント蛋白質を精製し、これら因子のmtDNA複製への影響を試験管内で解析する。加えて、複製装置(TWINKLEヘリカーゼ、一本鎖DNA結合因子mtSSBなど)、及び複製モードの制御に機能することが示唆された既知因子(PrimPolなど)についてmtDNA複製への影響を検証する。これら候補因子を精製ミトコンドリア内に移行させる実験を通じてmtDNA複製制御の基盤的原理の解明を目指す。加えて、大腸菌で類似の機能を有する蛋白質群(DNA屈曲因子IHF、一本鎖DNA結合因子SSBなど)を精製ミトコンドリアに移行されることで機能を代替できるか検証し、ミトコンドリアの機能改変を目指す。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Read-through transcription of tRNA underlies the cell cycle-dependent dissociation of IHF from the DnaA-inactivating sequence datA2024

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Sakai Ryuji、Ito Kosuke、Nakagaki Wataru、Satomura Rion、Jinnouchi Takafumi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 15 ページ: 1360108-1360108

    • DOI

      10.3389/fmicb.2024.1360108

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Editorial: Bacterial transcription factors and the cell cycle, volume II2023

    • 著者名/発表者名
      Morigen、Glinkowska Monika、Xie Jianping、Priyadarshini Richa、Kasho Kazutoshi
    • 雑誌名

      Frontiers in Microbiology

      巻: 14 ページ: 1252924-1252924

    • DOI

      10.3389/fmicb.2023.1252924

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] IHF and Fis as Escherichia coli Cell Cycle Regulators: Activation of the Replication Origin oriC and the Regulatory Cycle of the DnaA Initiator2023

    • 著者名/発表者名
      Kasho Kazutoshi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 14 ページ: 11572-11572

    • DOI

      10.3390/ijms241411572

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 核様体タンパク質から複製開始メカニズムの共通原理を展望する2023

    • 著者名/発表者名
      片山勉、吉田竜星、川上広宣、加生和寿、尾崎省吾
    • 雑誌名

      日本ゲノム微生物学会 ニュースレター

      巻: 28 ページ: 2-5

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Concerted actions of DnaA complexes with DNA-unwinding sequences within and flanking replication origin oriC promote DnaB helicase loading2022

    • 著者名/発表者名
      Sakiyama Yukari、Nagata Mariko、Yoshida Ryusei、Kasho Kazutoshi、Ozaki Shogo、Katayama Tsutomu
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 号: 6 ページ: 102051-102051

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102051

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 大腸菌の細胞周期進行に必須の核様体因子IHFの適時的な機能制御2024

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿
    • 学会等名
      2023年度国立遺伝学研究所研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌の細胞周期を統括するDNA 屈曲因子IHFの機能制御におけるtRNA転写の重要性2024

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、酒井 隆至、伊藤 孝輔、中垣 渉、里村 龍音、吉田 瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第18回ゲノム微生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始タイミングを決定する核様体因子IHFの細胞周期に応じた機能制御2023

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、伊藤 孝輔、里村 龍音、吉田 瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第46回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始を細胞周期に応じて包括的に制御するDNA屈曲因子IHFに対する機能制御因子の生化学的探索2023

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、伊藤 孝輔、里村 龍音、吉田 瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第96回日本生化学会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌の複製開始タイミング制御に必須の核様体因子IHFを細胞周期に応 じて制御する新規因子の探索2023

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、伊藤 孝輔、里村 龍音、吉田 瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      令和5年度日本生化学会九州支部例会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 大腸菌染色体の複製開始を制御するDNA因子datA、DARS2への核様体因子IHFの適時的結合を支えるメカニズムの解析2023

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、伊藤 孝輔、里村 龍音、吉田 瑞希、中薗 奨、片山 勉
    • 学会等名
      第27 回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 脊椎動物型ミトコンドリアゲノム複製開始の進化的起源に迫る2022

    • 著者名/発表者名
      加生 和寿、片山 勉
    • 学会等名
      第45回 日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Regulation of replication initiation timing by timely binding and dissociation of the nucleoid protein IHF in Escherichia coli2022

    • 著者名/発表者名
      Kazutoshi Kasho, Taku Oshima, Onuma Chumsakul, Kensuke Nakamura, Kazuki Fukamachi, Kazuyuki Fujimitsu, and Tsutomu Katayama
    • 学会等名
      遺伝研国際シンポジウム2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考]

    • URL

      https://bunsei.phar.kyushu-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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