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光化学系II蛋白質における金属阻害機構の構造化学的解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K06100
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関名古屋大学

研究代表者

梅名 泰史  名古屋大学, シンクロトロン光研究センター, 准教授 (10468267)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
キーワード光合成 / アンテナタンパク質 / 重金属イオン / 金属阻害 / 光合成蛋白質 / 結晶構造解析 / 重金属阻害 / 電子伝達 / 異常分散効果
研究開始時の研究の概要

光合成の光エネルギー変換及び水分解反応を担う光化学系IIタンパク質における重金属イオンによる阻害機構を結晶構造解析により明らかにすることで、毒性金属に耐性を持つ光合成植物を提案し、植物による吸着を利用した安価な土壌改良法を提言する。

研究実績の概要

シアノバクテリアにおける光合成の水分解・酸素発生の反応中心の光化学系II蛋白質には、光エネルギーを供給するアンテナ蛋白質フィコシアニンは(PC)が結合している。今年度の研究では、PCに重金属の水銀、鉛、銅イオンが結合する阻害様式をそれぞれの金属イオンを含む溶液を加えた結晶構造解析法によって明らかにできた。水銀及び銅イオンはPCの色素分子フィコシアノビリン(PCB)に結合し、鉛イオンはPC分子の境界に結合していた。水銀イオンが結合したPCでは、PCBのポリフィリン環が水銀イオンを取り囲む配位構造に変化しており、水銀イオンが不可逆的に溶け出しにくい、強固に取り込まれた構造となっていた。なお、PCに結合している3つのPCBの内の1つだけが、水銀と銅イオンと結合しており、他の2つのPCBには重金属イオンが影響しない構造になっていた。このことは、これまでのPCの光吸収スペクトルの分析からも、スペクトルが完全に変わるわけでなく、強度の減衰に留まっていることからも示されていた。これは、PCが重金属イオンの阻害を受けるが、結合場所を制限することで、ある程度のPCBの機能を残して、シアノバクテリアが生存できるよにうになっていると思われる。一方で、強固に水銀イオンが結合する仕組みは、PCをもつシアノバクテリアを使って、環境から水銀イオンを排除する方法につながることが期待される。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本来予定していた光化学系IIタンパク質(PSII)に重金属イオンが結合した構造解析を行う予定であったが、PSIIの機能を補うタンパク質のアンテナタンパク質のフィコシアニン(PC)に重金属イオンが結合して阻害する結合様式を明らかにできた。予定していた結果とは異なるが、光合成の重金属イオンの阻害機構の解明につながっており、概ね研究は順調に進んでいる。

今後の研究の推進方策

引き続きこれまでに得られている、アンテナタンパク質フィコシアニンにおける重金属イオンの阻害様式を詳細に分析する。また、本来の目的である、反応中心タンパク質の光化学系IIタンパク質に重金属イオンが結合した結晶構造解析に取り組み、水分解・酸素発生反応への影響を明らかにすることを目指す。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (13件) (うち招待講演 5件)

  • [雑誌論文] The Blinking of Small-Angle X-ray Scattering Reveals the Degradation Process of Protein Crystals at Microsecond Timescale2023

    • 著者名/発表者名
      Arai Tatsuya、Mio Kazuhiro、Onoda Hiroki、Chavas Leonard M. G.、Umena Yasufumi、Sasaki Yuji C.
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 24 号: 23 ページ: 16640-16640

    • DOI

      10.3390/ijms242316640

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Observation of energy transfer dynamics in a phycocyanin protein crystal by utilizing femtosecond transient absorption microscopy2023

    • 著者名/発表者名
      Katayama Tetsuro、Ueda Shuto、Fujita Yuma、Akagi Yuichiro、Koinkar Pankaj、Umena Yasufumi、Furube Akihiro
    • 雑誌名

      Japanese Journal of Applied Physics

      巻: 62 号: SG ページ: SG1045-SG1045

    • DOI

      10.35848/1347-4065/acc3a9

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biological Advantage of the Arrangements of C-Phycocyanin Chromophores in Phycobilisome from the Electronic Energy Transfer Viewpoint2023

    • 著者名/発表者名
      Mishima Kenji、Shoji Mitsuo、Umena Yasufumi、Shigeta Yasuteru
    • 雑誌名

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      巻: 96 号: 4 ページ: 381-393

    • DOI

      10.1246/bcsj.20220334

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Development of serial X-ray fluorescence holography for radiation-sensitive protein crystals2023

    • 著者名/発表者名
      Ang Artoni Kevin R.、Umena Yasufumi、Sato-Tomita Ayana、Shibayama Naoya、Happo Naohisa、Marumi Riho、Yamamoto Yuta、Kimura Koji、Kawamura Naomi、Takano Yu、Matsushita Tomohiro、Sasaki Yuji C.、Shen Jian-Ren、Hayashi Kouichi
    • 雑誌名

      Journal of Synchrotron Radiation

      巻: 30 号: 2 ページ: 368-378

    • DOI

      10.1107/s1600577522011833

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] あいちSRの名古屋大学硬X線回折ビームラインBL2S12024

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史,小野田浩宜, Chavas Leonard
    • 学会等名
      第37回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] フェムト秒顕微過渡吸収分光法を用いた単一結晶中フィコシアニン三量体間のエネルギー移動反応の観測2023

    • 著者名/発表者名
      片山哲郎, 上田柊斗, 古部昭広, 梅名泰史
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成アンテナ蛋白質フィコシアニンにおける光エネルギー移動の構造研究2023

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史, 片山哲郎, 高山 友理子, 中根 崇智
    • 学会等名
      第61回生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 人工光合成のお手本となる天然の光合成タンパク質の構造を見る2023

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史
    • 学会等名
      SAT テクノロジー・ショーケース 特別シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光合成活性中心の構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史
    • 学会等名
      第二回量子技術研究テーマの交流会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質結晶高速解析のための音響細胞整列技術の開発2023

    • 著者名/発表者名
      檜垣僚冶, 梅名泰史, 片山哲郎, 磯崎瑛宏
    • 学会等名
      第48回化学とマイクロ・ナノシステム学会研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光合成アンテナ蛋白質フィコシアニンにおける光エネルギー移動の構造研究2023

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史, 片山哲郎, 高山 友理子, 中根 崇智
    • 学会等名
      第13回日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] あいちSRの名古屋大学X線回折ビームラインBL2S1の即応性と多様性の利用支援2023

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史,小野田浩宜, Chavas Leonard
    • 学会等名
      第23回日本蛋白質科学年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] The in vivo macromolecular crystallization platform at Nagoya University2023

    • 著者名/発表者名
      CHAVAS Leonard,梅名泰史,小野田浩宜,寺田智樹,千見寺浄慈,GHOSH Swagatha,徳永 恵津子
    • 学会等名
      令和5年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] あいちSRの名古屋大学X線回折ビームラインBL2S1の即応性と多様性2023

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史,小野田浩宜, Chavas Leonard
    • 学会等名
      令和5年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光合成アンテナ蛋白質のフィコシアニンにおける光エネルギー移動の構造研究2022

    • 著者名/発表者名
      , 梅名泰史、片山哲郎、高山友理子、中根崇智
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 混合緩衝液を使った光化学系II のpH 依存の構造変化と機能相関2022

    • 著者名/発表者名
      梅名泰史,安達麻由帆,沈建仁
    • 学会等名
      2022年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Combining in situ diffraction with microfluidic sample handling2022

    • 著者名/発表者名
      Leonard Chavas, 梅名泰史
    • 学会等名
      2022年度日本結晶学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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