研究課題/領域番号 |
22K06366
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研究種目 |
基盤研究(C)
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配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分45030:多様性生物学および分類学関連
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研究機関 | 国立研究開発法人海洋研究開発機構 |
研究代表者 |
吉田 ゆかり 国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 准研究副主任 (10553216)
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研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
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配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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キーワード | 熱水生態系 / ウイルス / 一本鎖DNA |
研究開始時の研究の概要 |
水圏環境中のウイルスは、宿主バイオマスの動態制御、物質循環の駆動、遺伝子水平伝播に関わる因子として生態学的に重要な役割をっている。本研究では、ウイルスの原始タイプとして着目されている一本鎖DNAウイルスに焦点を当て、深海底熱水生態系における本タイプの生態学的・進化学的役割を解明することを最終目標に定め、この特殊な極限環境から特異な一本鎖DNAウイルスを探索し、その分類学的特徴・多様性・特異性を明確化する。
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研究実績の概要 |
本年度は、沖縄トラフ鳩間海丘の熱水活動域から採取した試料を用いて、ウイルスの宿主となる好熱性化学合成独立栄養細菌を単離・培養した。16S rDNA配列を用いた分子系統関係を調べ、各培養株の系統学的位置ならびに分類情報を整備した。次に、一本鎖DNA抽出キットを用いて培養上清から核酸を抽出し、一本鎖DNAの存在の有無を調べた。その結果、2株の化学合成独立栄養細菌において一本鎖DNAが検出された。これらの培養株の濾液を電子顕微鏡下で観察したところ、長さ約1,200nm、幅約10nmの繊維状のウイルス粒子が確認された。形態学的特徴から、それらの粒子はInovirusに分類されることが明らかとなった。ゲノム解析の結果、両ウイルスとも鎖長約10kbの環状DNAを有しており、ゲノム上には14個の遺伝子がコードされていた。既知の一本鎖DNAウイルスとのゲノム比較を行ったところ、本研究で単離したウイルス2株は一本鎖DNAウイルスの中で新規な系統群に分類されることが示された。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初の計画通り、好熱性化学合成独立栄養細菌に感染する一本鎖DNAウイルスの単離・性状解析を進めることができており、研究が順調に進んでいると考えられる。
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今後の研究の推進方策 |
次年度は、一本鎖DNAウイルスの単離をさらに進めてライブラリの拡充を図るとともに、深海底熱水活動域から採取した様々な試料について、一本鎖DNAのメタゲノム解析を実施し、一本鎖DNAウイルスの群集構造を明らかにする。
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