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UFM1修飾を介した小胞体選択的オートファジーの解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K06931
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分49010:病態医化学関連
研究機関順天堂大学

研究代表者

石村 亮輔  順天堂大学, 医学部, 助教 (00816960)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードUFM1 / E3 / Alphafold / 小胞体選択的オートファジー / ER-phagy / Ufmylation / CYB5R3
研究開始時の研究の概要

UFM1システムはユビキチン様修飾システムの一つであり、基質タンパク質をUFM1修飾することで、基質の機能変換を引き起こす。最近、UFM1システムは小胞体選択的オートファジー(ER-phagy)を誘導することや、UFM1システムの機能異常が小頭症を伴う遺伝性重篤発達障害を引き起こすことが明らかとなった。しかし、ER-phagyや病態発症に関与するUFM1の基質は同定されていない。本研究ではER-phagyを制御するUFM1基質を同定するとともに、UFM1介在性ER-phagyの作用機序を明らかにする。

研究実績の概要

ユビキチン様タンパク質(UBL)によるタンパク質修飾は、限られたゲノム情報を増幅し、オートファジーや抗ウイルス経路を含む多様な細胞内プロセスを制御する。UFM1は、UFM1特異的活性化(E1)酵素であるUBA5と高エネルギーのチオエステル結合を形成することにより活性化される。活性化されたUFM1はUFM1特異的結合(E2)酵素であるUFC1に移行し、UFL1、UFBP1、CDK5RAP3からなるUFM1特異的連結(E3)酵素複合体を介して標的タンパク質に共有結合する。UFM1システムはユビキチン様修飾システムの一つであり、基質タンパク質をUFM1修飾することで、基質の機能変換を引き起こす。UFM1システムは、小胞体関連タンパク質分解、小胞体でのリボソーム関連品質管理(ER-RQC)、小胞体のオートファジー(ER-phagy)に関与することが報告されているが、UFM1システムが異なる小胞体関連機能をどのように制御しているかは依然として不明である。今回、我々はAlphafold2(AF2)による構造予測、そしてAF-Multimerによる複合体予測より、UFC1 (E2)、UFL1 (E3 サブユニット) 、UFBP1 (E3サブユニット) 、 CDK5RAP3 (E3調整サブユニット)、UFM1の5者複合体の構造を高い信頼性で予測した。UFM1 連結酵素であるUFL1と小胞体に局在するUFBP1とが安定に複合体を形成すること、その複合体にCDK5RAP3が結合すると小胞体上で翻訳が停止したリボソーム60SのRPL26にUFM1が連結されることを明らかにした。さらに、このUFM1 E3複合体は、UFBP1に含まれるUFM1結合モチーフ(UFIM)を介してUFM1が連結されたRPL26に結合すること、このUFIMを介した結合が小胞体における合成途中のタンパク質分解に必要であることを明らかにした。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

UFM1 E3の制御機構についてまとめ学術誌に報告した。

今後の研究の推進方策

UFM1の脱化の制御メカニズムについて、構造学的なアプローチと遺伝子改変マウスを用いて解析中である。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Mechanistic insights into the roles of the UFM1 E3 ligase complex in ufmylation and ribosome-associated protein quality control2023

    • 著者名/発表者名
      Ishimura Ryosuke、Ito Sota、Mao Gaoxin、Komatsu-Hirota Satoko、Inada Toshifumi、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 9 号: 33

    • DOI

      10.1126/sciadv.adh3635

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The UFM1 system regulates ER-phagy through the ufmylation of CYB5R3.2022

    • 著者名/発表者名
      Ishimura R, El-Gowily AH, Noshiro D, Komatsu-Hirota S, Ono Y, Shindo M, Hatta T, Abe M, Uemura T, Lee-Okada HC, Mohamed TM, Yokomizo T, Ueno T, Sakimura K, Natsume T, Sorimachi H, Inada T, Waguri S, Noda NN, Komatsu M.
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 7857-7857

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35501-0

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] UFM1 E3リガーゼ複合体によるufmylationと翻訳品質管理機構の制御メカニズムの解明2023

    • 著者名/発表者名
      石村 亮輔, 伊藤 壮太, Mao Gaoxin, 小松 聡子, 稲田 利文, 野田 展生, 小松 雅明
    • 学会等名
      2023年度日本生化学会関東支部例会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] UFM1システムはCYB5R3のUfmylationを介してER-phagyを制御する2023

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • 学会等名
      第75回日本細胞生物学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] UFM1化と翻訳品質管理機構におけるUFM1 E3複合体の役割2023

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔, 伊藤壮太, Mao Gaoxin, 小松聡子, 稲田利文, 野田展生, 小松雅明
    • 学会等名
      第96回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] UFM1化と翻訳品質管理機構におけるUFM1 E3複合体の役割2023

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔, 伊藤壮太, Mao Gaoxin, 小松聡子, 稲田利文, 野田展生, 小松雅明
    • 学会等名
      第5 回「マルチモードオートファジー」班会議・第15 回 オートファジー研究会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] UFM1システムはCYB5R3のUFM1化を介してER-phagyを制御する2022

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第78回学術講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] UFM1システムによるER&-phagy制御ーその異常と遺伝性脳症ー2022

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔
    • 学会等名
      第64回日本小児神経学会学術集会 シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] UFM1システム:Alphafold2構造予測からわかったUFM1システムの作動原理2022

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • 学会等名
      第30回日本Cell Death学会学術集会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Alphafold2構造予測からわかったUFM1システムの作動原理2022

    • 著者名/発表者名
      石村亮輔, 野田展生, 小松雅明
    • 学会等名
      第95回 日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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