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バクテリオファージ尾部吸着分子によるディフィシル菌認識メカニズムの解明と応用

研究課題

研究課題/領域番号 22K07074
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分49050:細菌学関連
研究機関徳島文理大学 (2023)
北里大学 (2022)

研究代表者

阪口 義彦  徳島文理大学, 薬学部, 准教授 (70403491)

研究分担者 後藤 和義  岡山大学, 保健学域, 准教授 (20626593)
武 晃  北里大学, 医学部, 助教 (30818399)
大宮 直木  藤田医科大学, 医学部, 教授 (00335035)
研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2023年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードClostridioides difficile / C. difficile感染症 / バクテリオファージ / 宿主特異性 / 尾部吸着分子 / 腸内フローラ / 治療 / 予防 / 腸内細菌叢 / 宿主認識機構
研究開始時の研究の概要

本研究課題では、ファージ尾部吸着分子をコードする遺伝子群の情報を基に、個々の遺伝子産物を発現・精製し、Clostridioides difficileに対する結合性を調べる。また、本分子の三次元構造解析により、C. difficileへの結合に重要な活性部位を明らかにする。次に、尾部吸着分子のC. difficileレセプター分子を同定し、ファージの宿主認識機構を解明する。得られた情報を基に、C. difficileに得意的なファージをスクリーニングし、CDI発症マウスモデルを用いたin vivo評価を行う。一連の結果を踏まえ、腸内微生物叢を撹乱しない新規CDI治療法の開発に発展させる。

研究実績の概要

Clostridioides (Clostridium)difficile感染症(CDI)は、C. difficileが原因で発症する難治性の下痢症・腸炎である。C. difficileは、抗菌薬の使用等により腸内の正常な細菌を構成する集団(フローラ)が乱れることで腸内で過剰に増殖する。CDIの治療において、抗菌薬の使用は有効であるが、再発を繰り返し治療が難渋することがある。そこで、原因となるC. difficileのみを特異的に殺菌する新規治療法の確立が急務である。研究代表者は、その治療候補の1つとしてバクテリオファージ(ファージ)に着目した。ファージは、自然界に普遍的に存在しており、宿主となる細菌に特異的に結合し溶菌活性を示す。本研究課題では、ファージの特性を利用したCDIの新規治療法の確立を目指し研究を行っている。昨年度においては、C. difficileに特異的に感染するファージのゲノム解析から、2つの推定宿主認識分子(尾部吸着分子)をスクリーニングし、これらを発現・精製(ORFA、ORFB)した。精製したORFAおよびORFBのC. difficile リボタイプ027株に対する結合を調べたところ、時間依存的および濃度依存的に結合したが、その結合性が不十分であると推察した。そこで、本年度は、Clostridium属菌の中でボツリヌス菌のファージに着目し、本ファージの尾部吸着分子について解析を進めた。既に、研究代表者は、ボツリヌス菌ファージについての研究経緯を有していることから、本ファージにおいても2つの推定尾部吸着分子(ORFX、ORFY)をコードする遺伝子を特定した。そこで、個別にORFXおよびORFYを発現・精製し、C型またはD型ボツリヌス菌に対する結合性を調べたところ、時間依存的および濃度依存的に結合することが明らかとなった。本結合性については、菌株間において特異性が異なることを明らかにした。現在、菌株間を認識する尾部吸着分子のメカニズムについて解析を進めている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究課題では、Clostridioides difficileに結合するファージの尾部吸着分子を見出したが、その結合が不十分であると推察した。その結合性を知るためには、他の同属菌のファージの尾部吸着分子についても十分に理解することが重要であると考えた。そこで、ボツリヌス菌ファージの尾部吸着分子についても解析することとした。まず、ボツリヌス菌ファージのゲノム解析から推定した2つの尾部吸着分子を組換えタンパク質(Hisタグ融合ORFX、Hisタグ融合ORFY)として発現させるため、その条件(培地成分、温度、時間など)を検討した。本検討から至適条件を確立し、個々に精製することができた。そこで、2つのタンパク質のボツリヌス菌に対する結合性について、ウエスタンブロット解析により評価した。その結果、いずれもボツリヌス菌株間において結合性が異なることが明らかとなった。現在、菌株間を見分ける尾部吸着分子のメカニズムについて、C. difficileに結合する尾部吸着分子も含めて解析を進めている。

今後の研究の推進方策

本年度の研究計画により、ボツリヌス菌に結合する尾部吸着分子を見出すことができた。本研究成果により、ボツリヌス菌に結合した2つの吸着分子(ORFX、ORFY)は、菌株間において異なる結合性を示したことから、他の血清型のボツリヌス菌のファージの尾部吸着分子についても調べる。
1)他の血清型のボツリヌス菌ファージのゲノム解析から尾部吸着分子をコードする遺伝子を推定し、その遺伝子産物を発現させる。
2)尾部吸着分子の至適条件(培地成分、温度、時間など)を確立させ、コバルトアフィニティクロマトグラフィーにより精製する。
3)尾部吸着分子のボツリヌス菌に対する結合をEnzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA) およびウエスタンブロット法により解析し、ボツリヌス菌に対する吸着分子の特異性を明らかにする。ウエスタンブロット法においては、画像解析装置一式を用いて作製した種々の吸着分子のC. difficileへの結合性を評価する。
4)作製した尾部吸着分子のClostridioides difficileに対する結合性についても検討する。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (14件) (うち国際共著 4件、 査読あり 14件、 オープンアクセス 10件) 学会発表 (11件) (うち招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Lysyl oxidase-like 4 promotes the invasiveness of triple-negative breast cancer cells by orchestrating the invasive machinery formed by annexin A2 and S100A11 on the cell surface2024

    • 著者名/発表者名
      Takahashi Tetta、Tomonobu Nahoko、Kinoshita Rie、Yamamoto Ken-ichi、Murata Hitoshi、Komalasari Ni Luh Gede Yoni、...、Honjo Tomoko、Sakaguchi Yoshihiko、Yamauchi Akira、Kuribayashi Futoshi、Kondo Eisaku、Inoue Yusuke、Futami Junichiro、Toyooka Shinichi、Zamami Yoshito、Sakaguchi Masakiyo
    • 雑誌名

      Frontiers in Oncology

      巻: 14 ページ: 1371342-1371342

    • DOI

      10.3389/fonc.2024.1371342

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dissection of the signal transduction machinery responsible for the lysyl oxidase-like 4-mediated increase in invasive motility in triple-negative breast cancer cells: mechanistic insight into the integrin-β1-NF-κB4 MMP9 axis2024

    • 著者名/発表者名
      Jiang F.、Chen Y.、Tomonobu N.、Kinoshita R.、Komalasari N. L. G. Y.、Kasano-Camones C. I.、Ninomiya K.、Murata H.、Yamamoto K.、Gohara Y.、Ochi T.、Ruma I. M. W.、Sumardika I. W.、Zhou J.、Honjo T.、Sakaguchi Y.、Yamauchi A.、Kuribayashi F.、Futami J.、Kondo E.、Inoue Y.、Toyooka S.、Sakaguchi M.
    • 雑誌名

      Frontiers in Oncology

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Complete match of Streptococcus salivarius from oral saliva and stool in a patient with hepatic encephalopathy2024

    • 著者名/発表者名
      Nomura Nao、Take Akira、Uojima Haruki、Sakaguchi Yoshihiko、Gotoh Kazuyoshi、Satoh Takashi、Hidaka Hisashi、Horio Kazue、Mizokami Masashi、Hayashi Shunji、Kusano Chika
    • 雑誌名

      Internal Medicine

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Impact of liver fibrosis on the relative abundance of a urease‐positive <i>Streptococcus salivarius</i> group from saliva in patients with chronic liver disease2023

    • 著者名/発表者名
      Tak Akira、Uojima Haruki、Sakaguchi Yoshihiko、Gotoh Kazuyoshi、Satoh Takashi、Hidaka Hisashi、Horio Kazue、Mizokami Masashi、Hayashi Shunji、Kusano Chika
    • 雑誌名

      Hepatology Research

      巻: 53 号: 10 ページ: 998-1007

    • DOI

      10.1111/hepr.13930

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clostridium perfringens epsilon-toxin requires acid sphingomyelinase for cellular entry2023

    • 著者名/発表者名
      Sakaguchi Yoshihiko、Kobayashi Keiko、Takehara Masaya、Nagahama Masahiro
    • 雑誌名

      Anaerobe

      巻: 82 ページ: 102753-102753

    • DOI

      10.1016/j.anaerobe.2023.102753

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Cellular Uptake and Cytotoxicity of Clostridium perfringens Iota-Toxin2023

    • 著者名/発表者名
      Nagahama Masahiro、Takehara Masaya、Seike Soshi、Sakaguchi Yoshihiko
    • 雑誌名

      Toxins

      巻: 15 号: 12 ページ: 695-695

    • DOI

      10.3390/toxins15120695

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Metabolic Dysfunction-Associated Fatty Liver Disease on Distinct Microbial Communities at the Bacterial Phylum Level2023

    • 著者名/発表者名
      Uojima Haruki、Sakaguchi Yoshihiko、Gotoh Kazuyoshi、Satoh Takashi、Hidaka Hisashi、Take Akira、Horio Kazue、Hayashi Shunji、Kusano Chika
    • 雑誌名

      Digestive Diseases

      巻: 42 号: 1 ページ: 61-69

    • DOI

      10.1159/000534284

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Lysyl oxidase-like 4 exerts an atypical role in breast cancer progression that is dependent on the enzymatic activity that targets the cell-surface annexin A22023

    • 著者名/発表者名
      Sakaguchi, M., Komalasari, N. L. G. Y., Tomonobu, N., Kinoshita, R., Chen, Y., Sakaguchi, Y., Gohara, Y., Jiang, F., Yamamoto, K., Murata, H., Ruma, I. M. W., Sumardika, I. W., Zhou, J., Yamauchi, A., Kuribayashi, F., Inoue, Y., Toyooka, S.
    • 雑誌名

      Front. Oncol.

      巻: 13 ページ: 1142907-1142907

    • DOI

      10.3389/fonc.2023.1142907

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Impact of body composition for patients with hepatocellular carcinoma who received atezolizumab plus bevacizumab therapy2023

    • 著者名/発表者名
      Uojima, H., Chuma, M., Hidaka, H., Tsuda, T., Kobayashi, S., Hattori, N., Ogushi, K., Arase, Y., Take, A, Sakaguchi, Y., Ando, T., Nishigori, S., Watanbe, T., Numata, K., Morimoto, M., Kagawa, T., Kako, M., Kusano, C.
    • 雑誌名

      Eur. J. Gastroenterol. Hepatol.

      巻: in press

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fecal microbiota transplantation as therapy for recurrent Clostridioides difficile infection is associated with amelioration of delirium and accompanied by changes in fecal microbiota and the metabolome2022

    • 著者名/発表者名
      Gotoh Kazuyoshi、Sakaguchi Yoshihiko、Kato Haru、Osaki Hayato、Jodai Yasutaka、Wakuda Mitsutaka、Take Akira、Hayashi Shunji、Morita Eri、Sugie Takehiko、Ito Yoichiro、Ohmiya Naoki
    • 雑誌名

      Anaerobe

      巻: 73 ページ: 102502-102502

    • DOI

      10.1016/j.anaerobe.2021.102502

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evaluation of skeletal muscle mass in patients with chronic liver disease shows different results based on bioelectric impedance analysis and computed tomography2022

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi, N., Uojima, H., Hidaka, H., Iwasaki, S., Wada, N., Kubota, K., Nakazawa, T., Shibuya, A., Kako, M., Take, A., Sakaguchi, Y., Sato, T., Kusano, C.
    • 雑誌名

      Ann. Nutr. Metab.

      巻: 78(6) 号: 6 ページ: 336-344

    • DOI

      10.1159/000526563

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phylogenic analysis of new viral cluster of large phages with unusual DNA genomes containing uracil in place of thymine in gene-sharing network, using phages S6 and PBS1 and relevant uncultured phages derived from sewage metagenomics2022

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama, J., Takemura-Uchiyama, I., Gotoh, K., Kato, S., Sakaguchi, Y., Murakami, H., Fukuyama, T., Kaneki, M., Matsushita, O., Matsuzaki, S.
    • 雑誌名

      Virus Res.

      巻: 319 ページ: 198881-198881

    • DOI

      10.1016/j.virusres.2022.198881

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The change rate in serum nitric oxide may affect lenvatinib therapy in hepatocellular carcinoma.2022

    • 著者名/発表者名
      Kawamura A, Uojima H, Chuma M, Shao X, Hidaka H, Nakazawa T, Take A, Sakaguchi Y, Numata K, Kako M, Nozaki A, Azuma S, Horio K, Kusano C, Atsuda K
    • 雑誌名

      BMC Cancer

      巻: 22 号: 1 ページ: 912-921

    • DOI

      10.1186/s12885-022-10002-x

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Antibiotic-resistant status and pathogenic clonal complex of canine Streptococcus canis-associated deep pyoderma2022

    • 著者名/発表者名
      Imanishi, I., Iyori, K., Take, A., Asahina, R., Tsunoi, M., Hirano, R., Uchiyama, J., Toyoda, Y., Sakaguchi, Y., Hayashi, S.
    • 雑誌名

      BMC Vet. Res.

      巻: 18(1) 号: 1 ページ: 395-395

    • DOI

      10.1186/s12917-022-03482-3

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 再発性Clostridioides difficile感染症に対する糞便微生物移植療法から見出した腸内放線菌の生理活性評価2024

    • 著者名/発表者名
      阪口義彦、武 晃、後藤和義、友信奈保子、山本健一、竹原正也、塩見慎也、吉田昌裕、久保美和、野路征昭、和久田光毅、阪口政清、加藤はる、大宮直木、永浜政博
    • 学会等名
      日本薬学会第144年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] クロストリジウム属菌の病原性から学んだ感染症の新規治療・予防法における基盤構築への挑戦2023

    • 著者名/発表者名
      阪口義彦
    • 学会等名
      第17回薬学部学術講演会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 糞便微生物移植治療から見出した腸内の放線菌の生理活性評価2023

    • 著者名/発表者名
      阪口義彦、武 晃、後藤和義、竹原正也、友信奈保子、山本健一、菊池雄太、坂本光央、加藤はる、大宮直木、阪口政清、永浜政博
    • 学会等名
      日本組織培養学会第95回大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 農作物および肥料からの放線菌の分離と分類2023

    • 著者名/発表者名
      武 晃、阪口義彦、稲橋佑起、後藤和義、林 俊治
    • 学会等名
      第37回 日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] C型とD型ボツリヌス毒素をコードするバクテリオファージの解析2023

    • 著者名/発表者名
      阪口義彦、武 晃、後藤和義、山本 由弥子、幸田知子、竹原正也、向本雅郁、小崎俊司、林 哲也、小熊惠二、永浜政博
    • 学会等名
      第76回日本細菌学会中国・四国支部総会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] A型ウエルシュ菌感染マウスの大腿筋におけるトランスクリプトーム解析2023

    • 著者名/発表者名
      石原知明、阪口義彦、小林敬子、永浜政博、竹原正也
    • 学会等名
      第76回日本細菌学会中国・四国支部総会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] C型とD型ボツリヌス毒素をコードするバクテリオファージのゲノム比較解析2023

    • 著者名/発表者名
      阪口義彦、武 晃、後藤和義、山本由弥子、幸田知子、向本雅郁、小崎俊司、林 俊治、林 哲也、小熊惠二
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ヒト糞便検体からの放線菌の分離とその生物活性評価2023

    • 著者名/発表者名
      武 晃、阪口義彦、菊池雄太、稲橋佑起、後藤和義、林 俊治、坂本光央、大宮直木
    • 学会等名
      第96回日本細菌学会総会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] チミンの代わりにウラシルを含む珍しいゲノムDNAを有するジャイアントファージ群の系統的位置付け2022

    • 著者名/発表者名
      内山淳平、竹村伊代、後藤和義、加藤伸一郎、阪口義彦、村上裕信、福山朋季、金木真央、松下治、松崎茂展
    • 学会等名
      第10回ファージ研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒト糞便検体からの放線菌の分離とその代謝産物解析2022

    • 著者名/発表者名
      武 晃、阪口義彦、菊池雄太、稲橋佑起、後藤和義、坂本光央、林 俊治
    • 学会等名
      2022年度(第36回)日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] チミンの代替えにウラシルを使用したDNAゲノムを有する巨大ブドウ球菌ファージS6を利用した関連ファージ群の系統分類2022

    • 著者名/発表者名
      内山淳平、内山伊代、後藤和義、加藤伸一郎、阪口義彦、村上裕信、福山朋季、金木真央、松下治、松崎茂展
    • 学会等名
      第66回日本ブドウ球菌研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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