研究課題/領域番号 |
22K08100
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研究種目 |
基盤研究(C)
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配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分53020:循環器内科学関連
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研究機関 | 京都大学 |
研究代表者 |
中島 康弘 京都大学, 医学研究科, 特定講師 (20565585)
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研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
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配分額 *注記 |
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2024年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2023年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2022年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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キーワード | 遺伝的素因 / 分子生物学 / ゲノム医学 / 変異体スクリーニング |
研究開始時の研究の概要 |
ゲノム上に遺伝子多型や変異が数多く見つかっているが、それらが来す機能異常については殆どのものが未だ不明である。遺伝子変異による機能異常や病態生理への影響、その機序を明らかにする事は遺伝的素因の理解につながり、同検討には分子生物学的手法が必要不可欠である。多種多数の対象変異があることから、従来の各変異に対する個別的検討に加え、多数の変異体を網羅する形での機能異常の評価手法を確立する事は重要である。本研究において、遺伝子内の一アミノ酸変異の機能異常を網羅的に検討する分子生物学的手法を確立・検証し、得られた解析結果を他のゲノム医学解析のデータと合わせ多角的に検討し、遺伝的素因のさらなる解明を目指す。
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研究実績の概要 |
2022年度は、解析系構築のための分子生物学実験を行い、網羅的in vitro変異体スクリーニング解析の基礎的なプロトコールおよび解析プログラムの確立ができた。一塩基変異の網羅的導入の実験条件の検討および確定を行い、変異体ベクターライブラリーを作成し、パイロットスタディとして、ライブラリーにより変異体を導入した培養細胞アッセイ系からサンプル採取を行い解析した。また、次世代シークエンスを用いた変異率検討の実験条件検討、同サンプルでのパイロット解析、複数サンプルでの再現性検討、配列データ解析手法の構築・改良を行った。一塩基変異体ベクターライブラリー作成、変異率解析、再現性、配列データ解析の各ステップともに良好な結果であり、本手法による変異体機能評価が可能と考えられた。本手法を用いることで、対象遺伝子の多種の変異体を導入した各種細胞アッセイ系での変異体率の変化の検討が可能であり、各変異の機能異常の程度についてin vitroでの評価をハイスループットに行うことが可能となり、対象遺伝子における一塩基変異の機能的影響を体系的網羅的に検討することが可能と考えられ、現状においてその基本的な解析が可能となった。今後、確定データのための細胞アッセイおよびデータ解析を行い、つづいて本手法で同定される病的変異の機能異常の個別的検証確認へと進める。また、プロトコールおよび解析プログラムについて改良をさらに進める。
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現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
実験条件検討および予備的解析を複数回行い、実験条件設定および動作確認、網羅的変異体サンプルを用いたパイロット解析および複数検体での再現性確認、データ解析プログラムの構築を行い、十分な変異導入効率条件および変異解析能が得られた。良好な解析が可能であることが確認され、今後確定データの取得を目指し、複数の遺伝子や細胞アッセイ系でのサンプル採取および解析へと進める状況となった。このため、おおむね順調な進展と判断した。
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今後の研究の推進方策 |
複数の遺伝子および複数の細胞アッセイ系でデータの検討・解析を行い、新規の病的変異を分子生物学的に同定するとともに、同変異の機能異常についてin vitro、in vivoでの検証的確認を行って、本手法の有用性を確認する。さらに病的変異が来たす異常病態とそのメカニズムについても検討する。また、プロトコールおよび解析プログラムの改良をさらに進める。
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