研究課題/領域番号 |
22K09311
|
研究種目 |
基盤研究(C)
|
配分区分 | 基金 |
応募区分 | 一般 |
審査区分 |
小区分56020:整形外科学関連
|
研究機関 | 横浜市立大学 |
研究代表者 |
崔 賢民 横浜市立大学, 医学部, 講師 (20760888)
|
研究分担者 |
稲葉 裕 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (40336574)
手塚 太郎 横浜市立大学, 附属病院, 助教 (70748516)
|
研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
|
配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2023年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
|
キーワード | シーケンサー / 人工関節周囲感染 / 脊椎関節炎 / 化膿性関節炎 / 骨軟部組織感染 / 遺伝子診断 / 次世代シークエンサー / ナノポア |
研究開始時の研究の概要 |
骨軟部感染症患者に対するナノポアシーケンサーMinION MK1C による細菌同定および薬剤耐性の診断精度を明らかにする。また骨軟部感染患者において、ナノポアシーケンサーによる感染経路の解明が可能であるかについて明らかにする。薬剤耐性遺伝子を用い精度で同定することが可能であれば、難治性となることが多い細菌培養陰性症例における抗菌薬の選択への応用と治療成績の改善が見込まれる。また、感染経路について解析することで、感染巣における感染治療後の再感染の防止に貢献することが期待される。
|
研究実績の概要 |
本研究の目的は、ナノポアシーケンサーMinION MK1Cを用いて骨軟部感染患者の原因菌と薬剤耐性の同定が可能かについて検証し、抗菌薬選択へ応用にすることと、これらの患者の内因性感染の経路の同定に使用し再感染の予防へ応用することである。これまで当院にて手術治療を行ってきた人工関節周囲感染 60例、小児化膿性関節炎 20例、脊椎関節炎患者30例において、冷凍組織からDNAの抽出を行い、16sRNA gene領域を増幅したのちにナノポアシーケンサーMinION MK1cを用いて原因菌の遺伝子診断を行なった。結果について、細菌培養検査と比較を行い、これらの骨軟部組織感染症に対する診断の精度について検証を行なったところ、細菌性DNAの濃度に依存して診断精度の上昇が認められた。これらの内容から、細菌性DNAをより効果的に抽出することが、ナノポアシーケンサーによる遺伝子診断と原因菌の同定に重要であることが示唆された。これらの内容については、2023年人工関節学会にて報告済みであり、今後、日本整形外科学会にて発表していく予定である。また、MRS-PCR結果とメチシリン耐性遺伝子をターゲットとしたナノポアシーケンサーとの結果についても解析を行った。MRS-PCRとの相同性は低く、今後シーケンシングの条件やDNAの抽出方法について検証を行なっていく必要がある。また、そのほかの薬剤耐性遺伝子を含めたシ-ケンシングについても今後条件の検討を行い、精度について検証していく予定である。内因性感染の経路の同定に関して、現在検体を集積中であり、20例を超えた時点で解析を開始する予定である。
|
現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
ナノポアシーケンサーの使用方法について確立できており、コントロールを用いた検証で、細菌の同定が可能であることを検証している。
|
今後の研究の推進方策 |
今後は対象となる患者数を増やし、精度について検証を行なっていくとともに、感染症例においてナノポアシーケンサーが陰性となる患者の特徴などについて検証を行なっていく予定である。
|