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ランダムアクセス・データレカレンスを含むカーネルの多種計算機における高速化

研究課題

研究課題/領域番号 22K12057
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分60100:計算科学関連
研究機関東京大学

研究代表者

藤田 航平  東京大学, 地震研究所, 准教授 (00744856)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードランダムアクセス / データレカレンス / 高性能計算 / 有限要素法
研究開始時の研究の概要

計算科学アプリケーションにおいて頻繁に現れるランダムアクセス・データレカレンスを含む計算は近年の計算機アーキテクチャとの親和性が低く、多くのアプリケーションの性能ボトルネックとなっている。本研究ではこのようなランダムアクセス・データレカレンスを含むカーネルを対象に、実行パターンに含まれる先見情報を活用し対象とする計算機アーキテクチャの特性を踏まえた計算手法を開発することでCPU/GPUを含む多種の計算機アーキテクチャにおいて高速化を目指す。

研究実績の概要

計算科学アプリケーションにおいて頻繁に現れるランダムアクセス・データレカレンスを含む計算は近年の計算機アーキテクチャとの親和性が低く、多くのアプリケーションの性能ボトルネックとなっている。本研究ではこのようなランダムアクセス・データレカレンスを含むカーネルを対象に、実行パターンに含まれる先見情報を活用し対象とする計算機アーキテクチャの特性を踏まえた計算手法を開発することでCPU/GPUを含む多種の計算機アーキテクチャにおいて高速化を目指している。
本年度においては、昨年度実施した富岳のA64FX CPU, Intel Xeon CPU, NVIDIA GPUに加え、AMD GPUにおける性能評価を進めると共に、ランダムアクセスが主体となる疎行列ベクトル計算自体を連続データアクセスが主体となるデータ駆動型アルゴリズムに変換する開発・GPU実装を実施した。まず、ランダムアクセスを多く含むカーネルの一例として、非構造格子を用いた確率有限要素法における疎行列ベクトル積カーネルに注目し、AMD GPUにおいて性能評価を実施した。当該GPUは比較的キャッシュサイズが小さいため、疎行列計算における節点の並び替えが性能に大きく影響すること、また、AMD GPU特有の倍幅単精度演算器を使うことでさらに高い性能が得られることがわかった。次に、時系列の地震シミュレーションで用いられるランダムアクセスが主体となる疎行列ソルバーにおいて、連続データアクセスが主体となるデータ駆動型手法を用いて高精度な初期解を予測することで、反復法ソルバーの反復数を減らしランダムアクセス計算を削減・計算を高速化する方法をGPU上で開発した。データ駆動型手法と多数ケースの同時計算によるランダムアクセスの削減により、GPUを使った従来手法と比べて8.6倍の高速化を得た。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

当初計画通り、ランダムアクセスを多く含むカーネルの一例として、地震シミュレーションに用いられる非構造格子有限要素法における行列ベクトル積カーネルに対し、各種計算機におけるアルゴリズム開発・性能分析を実施したため。また、ランダムアクセスの量自体を削減するデータ駆動型アルゴリズムをGPU実装し有効であることを示したため。

今後の研究の推進方策

これまで数種類のCPU・GPUにおいて性能調査・アルゴリズム開発を実施したが、今後はより広い計算機アーキテクチャにおける本手法の適用性、また、必要に応じてアルゴリズム開発を実施していく計画である。また、アルゴリズム拡張によりさらなる性能向上が可能か検討する計画である。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 5件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Development of 3D Viscoelastic Crustal Deformation Analysis Solver with Data-Driven Method on GPU2023

    • 著者名/発表者名
      Murakami Sota、Fujita Kohei、Ichimura Tsuyoshi、Hori Takane、Hori Muneo、Lalith Maddegedara、Ueda Naonori
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science

      巻: 14074 ページ: 423-437

    • DOI

      10.1007/978-3-031-36021-3_45

    • ISBN
      9783031360206, 9783031360213
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Calculation of cross-correlation function accelerated by TensorFloat-32 Tensor Core operations on NVIDIA’s Ampere and Hopper GPUs2023

    • 著者名/発表者名
      Fujita Kohei、Yamaguchi Takuma、Kikuchi Yuma、Ichimura Tsuyoshi、Hori Muneo、Maddegedara Lalith
    • 雑誌名

      Journal of Computational Science

      巻: 68 ページ: 101986-101986

    • DOI

      10.1016/j.jocs.2023.101986

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] GPU-Accelerated Sparse Matrix Vector Product based on Element-by-Element Method for Unstructured FEM using OpenACC2022

    • 著者名/発表者名
      Kusakabe Ryota、Fujita Kohei、Ichimura Tsuyoshi、Hori Muneo、Lalith Maddegedara
    • 雑誌名

      2022 Workshop on Accelerator Programming Using Directives (WACCPD)

      巻: - ページ: 52-61

    • DOI

      10.1109/waccpd56842.2022.00011

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Scalable Finite-Element Viscoelastic Crustal Deformation Analysis Accelerated with Data-Driven Method2022

    • 著者名/発表者名
      Fujita Kohei、Murakami Sota、Ichimura Tsuyoshi、Hori Takane、Hori Muneo、Lalith Maddegedara、Ueda Naonori
    • 雑誌名

      2022 IEEE/ACM Workshop on Latest Advances in Scalable Algorithms for Large-Scale Heterogeneous Systems (ScalAH)

      巻: - ページ: 18-25

    • DOI

      10.1109/scalah56622.2022.00008

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Extreme Scale Earthquake Simulation with Uncertainty Quantification2022

    • 著者名/発表者名
      Ichimura Tsuyoshi、Fujita Kohei、Kusakabe Ryota、Koyama Kentaro、Murakami Sota、Kikuchi Yuma、Hori Takane、Hori Muneo、Inoue Hikaru、Nose Takafumi、Kawashima Takahiro、Lalith Maddegedara
    • 雑誌名

      SC22: International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis

      巻: - ページ: 1-11

    • DOI

      10.1109/sc41404.2022.00009

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Calculation of Cross-correlation Function Accelerated by Tensor Cores with TensorFloat-32 Precision on Ampere GPU2022

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Yuma、Fujita Kohei、Ichimura Tsuyoshi、Hori Muneo、Maddegedara Lalith
    • 雑誌名

      Computational Science - ICCS 2022. ICCS 2022. Lecture Notes in Computer Science

      巻: 13351 ページ: 277-290

    • DOI

      10.1007/978-3-031-08754-7_37

    • ISBN
      9783031087530, 9783031087547
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Compression of Scientific Simulation Data by Stochastic Basis Expansion - Example on Multiple Computer Systems2023

    • 著者名/発表者名
      Kohei Fujita, Tsuyoshi Ichimura, Lalith Maddegedara, Muneo Hori
    • 学会等名
      PDSW23: 8th International Parallel Data Systems Workshop, Held in Conjunction with SC23: The International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage, and Analysis
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] GPU-accelerated viscoelastic crustal deformation analysis with data-driven method2023

    • 著者名/発表者名
      Sota Murakami, Kohei Fujita, Tsuyoshi Ichimura, Takane Hori, Muneo Hori, Maddededara Lalith
    • 学会等名
      10th International Conference on Industrial and Applied Mechanics
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Finite-Element Seismic Ground Motion Simulation Enhanced with High-Performance Computing2023

    • 著者名/発表者名
      Kohei Fujita
    • 学会等名
      3rd ZHITU Symposium on Advances in Civil Engineering
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Enhanced Earthquake Simulation with Data-Driven Methods and Stochastic Analysis2022

    • 著者名/発表者名
      Kohei Fujita
    • 学会等名
      The 5th R-CCS International symposium
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 高詳細三次元地盤震動解析手法の開発と,地盤歪のボリュームデータ可視化に関する基礎検討2022

    • 著者名/発表者名
      藤田航平, 金川航希, 市村強, 堀宗朗, Maddegedara Lalith
    • 学会等名
      日本地震工学会・大会- 2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Seismic Wave Simulation from Earthquake Fault to City with Large-Scale Finite-Element Analysis on Fugaku2022

    • 著者名/発表者名
      Kohei Fujita
    • 学会等名
      15th World Congress on Computational Mechanics & 8th Asian Pacific Congress on Computational Mechanics
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 都市の詳細3次元地震シミュレーションのための高速・スケーラブルな有限要素法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      藤田 航平, 市村 強, 堀 宗朗, Maddegedara Lalith
    • 学会等名
      第27回計算工学講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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