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ペプチド原子分解能イメージング法開発に基づく自己集合過程の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K14704
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分34020:分析化学関連
研究機関東京大学

研究代表者

中室 貴幸  東京大学, 総括プロジェクト機構, 特任准教授 (30831276)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2023年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2022年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードelectron microscopy / peptide / single-molecule / self-assembly / atomic-resolution / ペプチド / 透過電子顕微鏡 / 原子分解能 / 構造解析 / 時間発展 / 自己集合 / 単分子
研究開始時の研究の概要

ペプチド凝集挙動の解明は,物理的性質を理解するだけに留まらず創薬設計指針の獲得など基礎から応用研究まで重要とされる.ペプチドは数kDa程度の有機中分子であり,NMRやX線結晶構造解析が分析ツールとして重用されるが,本質的に混合物である凝集体を解析する目的には適さない.一方,単分子観察法としての原子間力顕微鏡(AFM)では,水平方向への分解能の制限により解析することがしばしば困難となる.広く自己組織化現象に対しての知識を進歩させる,新たなイメージング法としてSMART-EMの深化を目指す研究である.

研究成果の概要

単分子原子分解能時間分解電子顕微鏡法(SMART-EM)の開発を進め,メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)の治療薬であるダプトマイシンの単分子イメージングならびにカルシウム依存的な自己集合過程を詳細に解析した.また,N-アルキルペプチド(ペプトイド)のイメージングへと応用し,その剛直な構造が真空下で保持されることを発見した.この技術は他の柔軟な分子ならびに他の自己集合性ペプチドのイメージングにも展開可能であることがわかった.本研究で開発した透過電子顕微鏡を用いた方法論は,単分子観察に基づく構造特性評価法としての展望を拓くと期待できる.

研究成果の学術的意義や社会的意義

自己集合現象は広範な科学分野での重要な研究テーマであり,本研究ではペプチド凝集挙動に着目した研究を進めた.ペプチド凝集挙動の解明は,物理的性質を理解するだけに留まらず機能性マテリアルへの合成応用など基礎から応用研究まで重要とされる.原子分解能イメージング法の開発によって単分子から凝集体に対する精緻な構造情報の取得が可能となった.本手法は,分子の剛直性や結合様式の理解を深めるだけでなく,得られた知見を創薬研究へ応用する道を拓くと期待される.

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 オープンアクセス 2件、 査読あり 3件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件、 招待講演 8件)

  • [雑誌論文] Cinematographic study of stochastic chemical events at atomic resolution2024

    • 著者名/発表者名
      Koji Harano, Takayuki Nakamuro, Eiichi Nakamura
    • 雑誌名

      Microscopy

      巻: 73 号: 2 ページ: 101-116

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfad052

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Bottom-up design of peptide nanoshapes in water using oligomers of N-methyl-L/D-alanine2023

    • 著者名/発表者名
      Morimoto Jumpei、Shiratori Yota、Yokomine Marin、Ueda Takumi、Nakamuro Takayuki、Takaba Kiyofumi、Maki-Yonekura Saori、Umezawa Koji、Miyanishi Koichiro、Fukuda Yasuhiro、Watanabe Takumu、Mizukami Wataru、Takeuchi Koh、Yonekura Koji、Nakamura Eiichi、Sando Shinsuke
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2023-c4mw6

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Wavy Graphene-Like Network Forming during Pyrolysis of Polyacrylonitrile into Carbon Fiber2023

    • 著者名/発表者名
      Toru Ishikawa, Fumihiko Tanaka, Kosuke Kurushima, Akira Yasuhara, Ryusuke Sagawa, Tatsuya Fujita, Ryohei Yonesaki, Katsuhiko Iseki, Takayuki Nakamuro, Koji Harano, Eiichi Nakamura
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 22 ページ: 12244-12254

    • DOI

      10.1021/jacs.3c02504

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Time-Resolved Atomistic Imaging and Statistical Analysis of Daptomycin Oligomers with and without Calcium Ions2022

    • 著者名/発表者名
      Nakamuro Takayuki、Kamei Ko、Sun Keyi、Bode Jeffrey W.、Harano Koji、Nakamura Eiichi
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 30 ページ: 13612-13622

    • DOI

      10.1021/jacs.2c03949

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 原子分解能電子顕微鏡による非平衡確率過程の高速映像撮影と定量的解析2024

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸
    • 学会等名
      日本化学会春季年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Atomic-Resolution Analysis of Stochastic Behaviors in Crystallization2024

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Nakamuro
    • 学会等名
      Gordon Research Conference
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Time-resolved TEM for Elucidating Non-equilibrium Molecular Dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Nakamuro
    • 学会等名
      IAMNano2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Molecular Electron Microscopy for Capturing Clusters Non-equilibrium Dynamics2023

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Nakamuro
    • 学会等名
      錯体化学会討論会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノワールドの探求:電子顕微鏡が映す分子の世界2023

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸
    • 学会等名
      高校生のための冬休み講座2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ナノ精密合成と分子動態の連続追跡法の融合 映像分子科学の黎明2023

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸
    • 学会等名
      日本化学会第103春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 原子分解能での核形成・結晶成長プロセスのその場観察2023

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸
    • 学会等名
      日本物理学会2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 今まさに結晶ができるところを見る2022

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸
    • 学会等名
      化学への招待-講演会 「分析化学の最前線」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 目で見る科学研究および教育の実践:映像分子化学の黎明2022

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸
    • 学会等名
      錯体化学若手の会夏の学校2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Structural Fluctuations of Nanoclusters Captured by Molecular Electron Microscopy2022

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Nakamuro
    • 学会等名
      Atomically Precise Nanochemistry Gordon Research Conference
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子釣り針で探るペプチド自己組織化過程における単分子動態2022

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸, 亀井恒, Jeffrey W. Bode, 原野幸治, 中村栄一
    • 学会等名
      第32回基礎有機化学討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子釣り針で捕捉した深青色発光ペロブスカイト量子ドットの動的原子像2022

    • 著者名/発表者名
      中室貴幸, Olivier Chevalier, Rui SHANG, 中村栄一
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第78回学術講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-01-30  

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