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微生物生態系における自己組織化と機能の安定化機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K14906
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分39060:生物資源保全学関連
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 研志  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (80870188)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2023年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2022年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワード微生物生態系 / 代謝ネットワーク / 環境保全 / 自己組織化 / 個体群内不均一性
研究開始時の研究の概要

生物資源の保全は社会にとって必要不可欠であるが、生物の生息圏は刻々と減少しており、失われた自然の再生が急務である。本研究では、生命に必須な物質循環の中核を担う微生物生態系がどの様に機能を安定維持するのかを、微生物の自己組織化に着目することで解明を目指す。その為に、複数の微生物を用いたモデル微生物生態系を構築し、個々の微生物が役割分担する様を個体群および1細胞レベルでの代謝や遺伝子転写の揺らぎから捉える。また、個体群内に生じる形質の不均一性の足し合わせを考えることで、全体としての機能維持機構を解明する。

研究成果の概要

Comamonas thiooxydans R2株個体群内における代謝物授受を解析した結果、少なくとも51種の代謝物を再分配する代謝ネットワークを構築し、その形を変えつつ個体群を維持することが示唆された。また、培養上清中の代謝物の増殖への影響を解析した結果、増殖を促進・抑制する物質が含まれることが示された。つまり、これらの物質が個々の細胞の代謝状態を変化させることで不均質な集団となることが考えられた。さらに複雑な微生物群における代謝ネットワークを解析するため、5種からなる微生物群の代謝物解析を実施した結果150以上の代謝物からなる複雑なネットワークが形成されていることが示唆された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で明らかにした個体群内あるいは群集内で生じる代謝ネットワークと機能的安定化に関する知見は、如何にして微生物が集団として自己組織化し機能を発揮・維持するのかを、代謝物の授受という観点から明らかにできることから、微生物生態学的に極めて重要な知見である。また、これまで個体群でさえ理論的な制御は難しく、その方法確立や微生物群のデザインが微生物利用技術におけるボトルネックとなっていた。本研究で得られた知見に基づき、代謝ネットワークをデザイン・制御するという切り口から微生物制御理論を確立することで、より効率的な物質生産や環境浄化が期待されることから、社会的意義が極めて高いと判断できる。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Stable States of a Microbial Community Are Formed by Dynamic Metabolic Networks with Members Functioning to Achieve Both Robustness and Plasticity2024

    • 著者名/発表者名
      Masahiro Honjo, Kenshi Suzuki, Junya Katai, Yosuke Tashiro, Tomo Aoyagi, Tomoyuki Hori, Takashi Okada, Yasuhisa Saito, Hiroyuki Futamata
    • 雑誌名

      Microbes and environments

      巻: 39 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME23091

    • ISSN
      1342-6311, 1347-4405
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Comamonas thiooxydans R2株におけるフェノール分解と機能的分化2024

    • 著者名/発表者名
      鈴木 研志、上原 悠太郎、水口 千穂、栗栖 太、二又 裕之、野尻 秀昭
    • 学会等名
      日本農芸化学回
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Metabolite cross-feeding contributes to stabilizing multispecies coexistence in a substrate-limiting synthetic bacterial community2023

    • 著者名/発表者名
      Kenshi Suzuki, Yutaro Uehara, Futoshi Kurisu, Hiroyuki Futamata, Hideaki Nojiri
    • 学会等名
      ASMmicrobe2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Comamonas thiooxydans R2株のフェノール分解における個体群内形質不均一性と機能維持機構2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 研志、上原 悠太郎、水口 千穂、栗栖 太、二又 裕之、野尻 秀昭
    • 学会等名
      環境バイオテクノロジー学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
  • [学会発表] フェノール分解条件下におけるComamonas thiooxydans R2株の形質不均一性と機能維持2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木 研志、上原 悠太郎、水口 千穂、栗栖 太、二又 裕之、野尻 秀昭
    • 学会等名
      日本生物工学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 微物態系における協調的機能発揮と維持2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木研志
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Metabolite cross-feeding contributes to stabilizing multispecies coexistence in a substrate-limiting synthetic bacterial community2023

    • 著者名/発表者名
      Kenshi Suzuki, Yutaro Uehara, Futoshi Kurisu, Hiroyuki Futamata, Hideaki Nojiri
    • 学会等名
      American Society for Microbiology
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 複合微生物群集における安定的共存の理解に向けた合成微生物群集の解析2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本土壌微生物学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 複合系の好適制御のために:Dry & Wet解析から見えてきた三菌株の安定的共存系の仕組み2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会中部支部
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Functional stability and instability observed in engineered microbial complex systems, 人工的微生物複合系において観察された機能的安定性と不安定性2022

    • 著者名/発表者名
      池田麗、天野光喜、本荘雅宏、高橋宣博、鈴木研志、栗栖太、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物物理学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 微生物群集の好適制御に向けた複合微生物系の機能的構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      池田麗、天野光喜、本荘雅宏、高橋宣博、鈴木研志、栗栖太、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本生物工学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 複合微生物系の好適制御に向けた微生物群集の機能的構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      池田麗、天野光喜、本荘雅宏、高橋宣博、鈴木研志、栗栖太、木村元彦、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 複合微生物群集における安定的共存には微生物間相互作用の変化が重要2022

    • 著者名/発表者名
      本荘雅宏、鈴木研志、齋藤保久、武田和宏、木村元彦、石澤秀紘、田代陽介、二又裕之
    • 学会等名
      日本微生物生態学会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-01-30  

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