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クロマチン構造における自然免疫制御機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K15033
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分43010:分子生物学関連
研究機関東京大学

研究代表者

鯨井 智也  東京大学, 定量生命科学研究所, 助教 (70823566)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2024年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワードcGAS / 自然免疫 / クロマチン / ヌクレオソーム / クライオ電子顕微鏡 / DNA
研究開始時の研究の概要

自然免疫は外来DNAに対する防衛策である一方で、自己と非自己のDNAを適切に区別して応答しなければ自己免疫疾患を引き起こす。本研究では、自己DNAの実態であるクロマチン構造に着目して、クロマチン構造変換による自然免疫の制御機構を明らかにする。そのために、生化学的、構造生物学的手法を駆使して、核内に存在するクロマチン結合因子がクロマチン構造に与える影響と、多様なクロマチン構造と自然免疫DNAセンサーの相互作用を解析する。

研究実績の概要

生物は、ウイルスなどの外来の核酸に対する防衛機構として、自然免疫を備えている。その中でも、cGAS-STING経路はDNAに対する免疫機構の中で中心的な役割を果たす。この経路では、cGASが外来DNAに対するセンサーとして働き、2次メッセンジャーを合成してSTINGを介して炎症経路を活性化する。これまでにDNAセンサーであるcGASは、染色体を形成したゲノムDNAに対しては不活化され、これにより自己応答を回避されることが明らかになってきた。しかし近年、細胞分裂などの際の染色体の複製エラーによって生じる細胞質中の染色体断片や微小核に対しては活性化し、免疫応答が引き起こされることが明らかになりつつある。そのため、cGASは時と場合に応じて自己ゲノムDNAに対する応答が制御されていると考えられる。本研究では、クロマチン構造においてcGASが制御されるメカニズムの解明を目的として、クライオ電子顕微鏡を用いた立体構造解析と生化学的解析を駆使して研究を推進する。このメカニズムの解明は、自己免疫疾患、老化、がん化、ウイルス感染症など、広範な疾患に対する原因とその治療法への知見を提供すると期待される。これまでに、cGASの制御因子を見出し、cGAS-クロマチン複合体を再構成している。本年度は、再構成したcGASクロマチン複合体の立体構造解析を行った。そして、細胞内でのcGASの状況を可視化する系の確立を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

昨年度は、これまでに見出したcGAS制御因子-cGAS-クロマチン複合体について、クライオ電子顕微鏡を用いた立体構造解析を行った。KriosG4によりデータを収集し、単粒子立体構造解析ソフトウェアRELIONを用いて、粒子を顕微鏡画像より切り出し、平均化、3次元構造解析を行った。この過程で、電子顕微鏡試料の作成に用いる架橋剤の再検討などを行った結果、ヒトのcGASクロマチン複合体の立体構造を決定し、cGAS制御因子によってクロマチン構造が変化することが明らかになった。しかし、cGAS制御因子の構造は可視化されなかった。さらに、細胞内でのcGASの制御機構を解明するため、細胞内cGASを可視化する実験を開始した。GFP融合cGASを細胞において発現させ、GFPシグナルを目印に、GFP-cGAS発現株をセルソータによって分離し、樹立した。

今後の研究の推進方策

今後は、cGAS制御因子がcGASに与える影響を明らかにするため、引き続きcGAS制御因子-cGAS-クロマチン複合体の立体構造解析を行う。cGAS制御因子は電子顕微鏡試料作製のための凍結の際に崩壊していることが予想される。そのため、複合体を安定化して試料を作成するために、電子顕微鏡のグリッドにカーボンなどの膜を貼ったような特殊なグリッドを作成し、再度構造解析を検討する。また、cGAS制御因子はヌクレオソームとcGASの相互作用を変化させることが明らかになったため、高次クロマチン構造形成にcGASとcGAS制御因子が与える影響を、再構成クロマチンを用いて検討する。加えて、GFP-cGAS発現細胞を用いて、細胞内のcGASの動態と機能解析を行う。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Structural Transition of the Nucleosome during Transcription Elongation2023

    • 著者名/発表者名
      Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 12 号: 10 ページ: 1388-1388

    • DOI

      10.3390/cells12101388

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Structural Basis of Damaged Nucleotide Recognition by Transcribing RNA Polymerase II in the Nucleosome2023

    • 著者名/発表者名
      Osumi Ken、Kujirai Tomoya、Ehara Haruhiko、Ogasawara Mitsuo、Kinoshita Chiaki、Saotome Mika、Kagawa Wataru、Sekine Shun-ichi、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 435 号: 13 ページ: 168130-168130

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2023.168130

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] HMGA2 directly mediates chromatin condensation in association with neuronal fate regulation2023

    • 著者名/発表者名
      Kuwayama Naohiro、Kujirai Tomoya、Kishi Yusuke、Hirano Rina、Echigoya Kenta、Fang Lingyan、Watanabe Sugiko、Nakao Mitsuyoshi、Suzuki Yutaka、Ishiguro Kei-ichiro、Kurumizaka Hitoshi、Gotoh Yukiko
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6420-6420

    • DOI

      10.1038/s41467-023-42094-9

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM and biochemical analyses of the nucleosome containing the human histone H3 variant H3.82023

    • 著者名/発表者名
      Hirai Seiya、Kujirai Tomoya、Akatsu Munetaka、Ogasawara Mitsuo、Ehara Haruhiko、Sekine Shun-ichi、Ohkawa Yasuyuki、Takizawa Yoshimasa、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 174 号: 6 ページ: 549-559

    • DOI

      10.1093/jb/mvad069

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Cryo-EM structures of RNA polymerase II-nucleosome complexes rewrapping transcribed DNA2023

    • 著者名/発表者名
      Akatsu Munetaka、Ehara Haruhiko、Kujirai Tomoya、Fujita Risa、Ito Tomoko、Osumi Ken、Ogasawara Mitsuo、Takizawa Yoshimasa、Sekine Shun-ichi、Kurumizaka Hitoshi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 299 号: 12 ページ: 105477-105477

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105477

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Cryo-EM structure of the DEK-nucleosome complex and its implications on gene regulation2023

    • 著者名/発表者名
      1Kujirai T, Echigoya K, Kishi Y, Takizawa Y, Saeki M, Ito T, Negishi L, Masumoto H, Kimura H, Gotoh Y, Kurumizaka H
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor Laboratory meeting, Mechanisms of Eukaryotic Transcription
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 転写伸長におけるヌクレオソーム構造のダイナミクス2023

    • 著者名/発表者名
      鯨井智也
    • 学会等名
      筑波大学開学50周年記念TARAシンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写におけるヌクレオソームの崩壊と再構築の構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      3.鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第16回日本エピジェネティクス研究会年会 2023年6月
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] クロマチン結合因子DEKの構造とクロマチン制御機構2022

    • 著者名/発表者名
      鯨井智也、越後谷健太、岸雄介、滝沢由政、佐伯麻衣、増本博司、木村宏、後藤由季子、胡桃坂仁志
    • 学会等名
      第45回分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 転写におけるヌクレオソーム構造変換のクライオEM構造解析2022

    • 著者名/発表者名
      鯨井智也、江原晴彦、白水美香子、関根俊一、胡桃坂仁志
    • 学会等名
      生理研研究会「新世代のクライオ電子顕微鏡」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 転写伸長におけるヌクレオソームの崩壊と再構築機構の構造生物学的解析2022

    • 著者名/発表者名
      鯨井 智也、江原 晴彦、白水 美香子、関根 俊一、胡桃坂 仁志
    • 学会等名
      第40 回染色体ワークショップ・第21 回核ダイナミクス研究会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [図書] 生体の科学 転写伸長因子およびヒストンシャペロンFACTによるヌクレオソーム転写制御機構2023

    • 著者名/発表者名
      畠澤 卓, 鯨井 智也, 胡桃坂 仁志
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      金原一郎記念医学医療振興財団
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2024-12-25  

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