| 研究課題/領域番号 |
22K15083
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
竹俣 直道 京都大学, 工学研究科, 助教 (40883830)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2024年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2023年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2022年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
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| キーワード | DNA超らせん / リバースジャイレース / トポイソメラーゼ / アーキア / 超好熱菌 / 染色体構造 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
超好熱菌に特異的に存在するリバースジャイレースは、単独でDNAに正の超らせんを導入できる唯一のトポイソメラーゼである。リバースジャイレースは超好熱菌の高温適応に重要な因子だと考えられているが、この適応機構の詳細は長年謎に包まれている。本研究は、リバースジャイレースによる超らせん制御が様々なスケールの染色体構造にどう影響するか、そしてそれが超好熱菌の高温適応にどう関わるかをDNAシーケンシング技術によって解明する。
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| 研究実績の概要 |
超好熱菌に特異的に存在するリバースジャイレース(RG)は、単独でDNAに正の超らせんを導入できる唯一のトポイソメラーセである。RGは超好熱菌の高温適応に重要な因子だと考えられているが、この適応機構の詳細は長年謎に包まれている。本研究は、RGによる超らせん制御がより高次のゲノム構造や一本鎖DNA構造にどう影響するか、そしてそれが超好熱菌の高温適応にどう関わるかをDNAシーケンシング技術によって解明する。今年度の進行状況は以下のとおりである。
ゲノムのトポロジー状態をマッピングする手法であるPsora-seqをT. kodakarensisに対して行うための実験条件を確立した。また、3C-seq解析からRG破壊株ではATリッチなゲノム領域において顕著なDNA-DNA相互作用の変化があることがわかった。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
細胞におけるDNAトポロジーを定量するのは容易ではないが、そのための手法であるPsora-seqをT. kodakarensisで実施するための条件を確立した。また、RG破壊の効果がATリッチなゲノム領域で観察されたことから、RGがDNA変性を防ぐことで正常なゲノム高次構造を維持している可能性が示唆された。この結果は、RGの生理的意義を解明するための糸口になると期待される。
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| 今後の研究の推進方策 |
Psora-seqを野生株とRG破壊株に対して実施することで、両者のゲノムトポロジーを比較する。また、RG破壊株でATリッチ領域が実際に変性しているかを実験的に検証する。
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