| 研究課題/領域番号 |
22K15093
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分43060:システムゲノム科学関連
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| 研究機関 | 早稲田大学 |
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研究代表者 |
曽 超 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (80822460)
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| 研究期間 (年度) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2024年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2022年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
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| キーワード | R-loop / repetitive element / TF / chromatin |
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| 研究開始時の研究の概要 |
DNA-RNA hybrid (R-loop) and DNA-protein association are both molecular interactions that influence chromatin dynamics and genome regulation. The purpose of this study is to identify repetitive elements regulating DNA-RNA/protein association from public R-loop sequencing data and ChIP-seq data.
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| 研究実績の概要 |
今年度、数十の生物種から約2,000個のR-loopのシーケンシングデータセットを収集し、一部のデータセットのリードマッピングとピークコーリング解析を完了しました。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
R-loopのシーケンシングデータの解析パイプラインを作成し、約600個のデータを解析できた。
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| 今後の研究の推進方策 |
今年度の解析結果をR-loopデータベースに統合した上、リピートエレメントとR-loop形成の関連を解析します。
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