Identification of repetitive elements involving genome regulation

• 研究課題/領域番号: 22K15093
• 研究種目: 若手研究
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 小区分43060:システムゲノム科学関連
• 研究機関: 早稲田大学
• 研究代表者: 曽 超 早稲田大学, 理工学術院総合研究所(理工学研究所), 次席研究員(研究院講師) (80822460)
• 研究期間 (年度): 2022-04-01 – 2026-03-31
• 研究課題ステータス: 交付 (2024年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2024年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円); 2023年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円); 2022年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: R-loop / database / repeat / repetitive element / TF / chromatin

研究開始時の研究の概要

DNA-RNA hybrid (R-loop) and DNA-protein association are both molecular interactions that influence chromatin dynamics and genome regulation. The purpose of this study is to identify repetitive elements regulating DNA-RNA/protein association from public R-loop sequencing data and ChIP-seq data.

研究実績の概要

R-loopデータベースの構築が完了し、データベースの公開と論文発表を進めています。

現在までの達成度

2: おおむね順調に進展している

理由

R-loopデータベースの基幹機能やデータ登録がすでに完了しており、システムとして安定した運用が可能な状態になっていることから、構築フェーズは円滑に進行したと評価できます。データベース公開に向けたインフラの整備やアクセス権の設定、Webインターフェースの確認作業が進んでおり、外部利用者に対する準備が整っていることは、プロジェクトが次のステップに進めている明確な指標です。

今後の研究の推進方策

機械学習・深層学習を活用し、R-loop形成領域の予測や、R-loopによる転写調節の因果関係推定を可能にするモデルの構築を進める。

研究成果

• [雑誌論文] Involvement of lncRNA MIR205HG in idiopathic pulmonary fibrosis and IL-33 regulation via Alu elements (2025)
  • 著者名/発表者名: Takashima T, Zeng C, Murakami E, Fujiwara N, Kohara M, Nagata H, Feng Z, Sugai A, Harada Y, Ichijo R, Okuzaki D, Nojima S, Matsui T, Shintani Y, Kawai G, Hamada M, Hirose T, Nakatani K, Morii E.
  • 雑誌名: JCI Insight . 巻: 10 号: 5
  • DOI: 10.1172/jci.insight.187172
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] The MTR4/hnRNPK complex surveils aberrant polyadenylated RNAs with multiple exons. (2024)
  • 著者名/発表者名: Taniue K., Sugawara A., Zeng C., Han H., Gao X., Shimoura Y., Ozeki A, Onoguchi-Mizutani R., Seki M., Suzuki Y., Hamada M., Akimitsu N.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 15 号: 1 ページ: 8684-8684
  • DOI: 10.1038/s41467-024-51981-8
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Identification of a novel RNA transcript TISPL upregulated by stressors that stimulate ATF4 (2024)
  • 著者名/発表者名: Wakabayashi Yutaro、Shimono Aika、Terauchi Yuki、Zeng Chao、Hamada Michiaki、Semba Kentaro、Watanabe Shinya、Ishikawa Kosuke
  • 雑誌名: Gene 巻: 917 ページ: 148464-148464
  • DOI: 10.1016/j.gene.2024.148464
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines (2023)
  • 著者名/発表者名: Zeng Chao、Chujo Takeshi、Hirose Tetsuro、Hamada Michiaki
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 巻: 51 号: 15 ページ: 7820-7831
  • DOI: 10.1093/nar/gkad567
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Identify the effect of R-loop on transcriptional regulatory mechanisms (2024)
  • 著者名/発表者名: Ryotaro Yanoshita , Eito Ichihashi, Mai Kubota, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Masayuki Sakurai
  • 学会等名: 第25回日本RNA学会
• [学会発表] Comprehensive Database for RNA-Targeting Drug Discovery (2024)
  • 著者名/発表者名: Chao Zeng, Michiaki Hamada
  • 学会等名: 第25回日本RNA学会
• [学会発表] RNA標的創薬のための統合データベース (2024)
  • 著者名/発表者名: Chao Zeng
  • 学会等名: NGS EXPO
  • 招待講演
• [学会発表] Integrated database for RNA-targeting drug discovery (2023)
  • 著者名/発表者名: Chao Zeng, Michiaki Hamada
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Asia Conference: The Now and Future of RNA Therapeutics
  • 国際学会
• [学会発表] 小胞体ストレスに応答する新規lncRNA TISPLの転写メカニズムおよび機能の解明 (2023)
  • 著者名/発表者名: 若林佑太郎, 下野愛夏, 石川公輔, 曽超, 浜田道昭, 渡辺慎哉, 仙波憲太郎
  • 学会等名: 第46回日本分子生物学会年会
• [学会発表] 血清飢餓ストレスによって誘導される新規難溶性architectural RNA SISTの解析 (2023)
  • 著者名/発表者名: 金子修士, 藤原奈央子, 曽超, 浜田道昭, 廣瀬哲郎, 中條岳志
  • 学会等名: 第46回日本分子生物学会年会
• [学会発表] Landscape of semi-extractable RNAs across five human cell lines (2023)
  • 著者名/発表者名: Chao Zeng, Takeshi Chujo, Tetsuro Hirose, Michiaki Hamada
  • 学会等名: 第24回日本RNA学会年会
• [学会発表] Identify the effect of R-loop on transcriptional regulatory mechanisms (2022)
  • 著者名/発表者名: Eito Ichihashi, Mai Kubota, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Kazuko Nisikura, Yusuke Siromoto, Masayuki Sakurai
  • 学会等名: 第23回日本RNA学会年会