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合成終盤における酵素的構造多様化を基盤とする複雑修飾ペプチド創成プラットフォーム

研究課題

研究課題/領域番号 22K15302
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分47050:環境および天然医薬資源学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

松田 研一  北海道大学, 薬学研究院, 講師 (50812301)

研究期間 (年度) 2022-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2023年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2022年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード生体触媒 / ペプチド / 天然物 / 生合成 / 環状ペプチド / 化学酵素合成 / 大環状化 / アルキル化 / 酵素工学 / アルキル化ペプチド
研究開始時の研究の概要

複雑修飾ペプチドは医薬品開発の中心的な化合物クラスであるにも関わらず、その効率的な構造多様化手法は欠如している。本研究では酵素触媒の有する高度な分子認識能を利用し、合成終盤でペプチド骨格に複雑修飾を施す酵素触媒モジュールを、データマイニングと人工知能を用いた論理的な酵素改良を活用してデザインする。これにより、従来の有機合成を相補する複雑修飾ペプチドライブラリー創出プラットフォームを確立する。

研究成果の概要

類似の反応性をもつ官能基が混在するペプチド分子の選択的な修飾は困難である。本研究では、高度な分子認識能を有する酵素触媒を利用し、短工程でペプチド分子を複雑化する方法論を開発する。具体的には、ペプチド環化酵素およびペプチドアルキル化酵素ファミリーに着目し、基質選択性やその構造基盤を明らかにするとともに、改良型酵素の創成やそれを用いた効率的なペプチド修飾技術の確立を目指す。研究期間内に、複数の酵素をin vitroで詳細に解析し、酵素改変による基質選択性の拡張に成功した。加えて2つの酵素触媒を用いたOne-Pot反応により鎖状ペプチドからアルキル化環状ペプチドが得られた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では、等研究グループが独自に発見したペプチド環化酵素ファミリーおよびアルギニン選択的ビスプレニル化酵素に着目し、多数存在するホモログ酵素の比較解析を通じてその基質選択性発現メカニズムの構造的基盤の検証を進めた。これらの酵素ファミリーは非常に高い選択性でペプチドを修飾できるため、中分子医薬品モダリティとして注目される修飾環状ペプチドを簡便に合成し構造多様化するための有効な手段となりうる。実際、これらを組み合わせることで、鎖状ペプチドから中間体を精製することなく、アルキル化環状ペプチドがワンポット反応により得られた。

報告書

(2件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (34件)

すべて 2023 2022

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (28件) (うち国際学会 7件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Streamlined chemoenzymatic synthesis of cyclic peptides by non-ribosomal peptide cyclases2023

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, M., Fujita, K., Matsuda, K.*, Wakimoto, T.*
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 145 号: 6 ページ: 3270-3275

    • DOI

      10.1021/jacs.2c11082

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 細菌のもつ多様なヒドラジン生合成経路の開拓2023

    • 著者名/発表者名
      松田研一
    • 雑誌名

      化学と工業, Division Topics

      巻: 76 ページ: 17-17

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] A Natural Dihydropyridazinone Scaffold Generated from a Unique Substrate for a Hydrazine-Forming Enzyme2022

    • 著者名/発表者名
      Matsuda, K.*, Arima, K., Akiyama, S., Yamada, Y., Abe, Y., Suenaga, H., Hashimoto, J., Shin-ya, K., Nishiyama, M., Wakimoto, T.*
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 28 ページ: 12954-12960

    • DOI

      10.1021/jacs.2c05269

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] New azodyrecins identified by a genome mining-directed reactivity-based screening2022

    • 著者名/発表者名
      Choirunnisa, A. R.#, Arima, K.#, Abe, Y., Kagaya, N., Kudo, K., Suenaga, H., Hashimoto, J., Fujie, M., Satoh, N., Shin-ya, N., Matsuda, K.*, Wakimoto, T.*
    • 雑誌名

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      巻: 18 ページ: 1017-1025

    • DOI

      10.3762/bjoc.18.102

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination2022

    • 著者名/発表者名
      Kurosawa, S., Hasebe, F., Okamura, H., Yoshida, A., Matsuda, K., Sone, Y., Tomita, T., Shinada, T., Takikawa, H., Kuzuyama, T., Kosono, S., Nishiyama, M.
    • 雑誌名

      Journal of the American Chemical Society

      巻: 144 号: 35 ページ: 16164-16170

    • DOI

      10.1021/jacs.2c07243

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Characterization of the surugamide biosynthetic gene cluster of TUA-NKU25, a Streptomyces diastaticus strain isolated from Kusaya and its effects on salt-dependent growth2022

    • 著者名/発表者名
      Takeuchi, A., Hirata, A., Teshima, A., Ueki, M., Satoh, T., Matsuda, K., Wakimoto, T., Arakawa, K., Ishikawa, M., Suzuki, T.
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 87 号: 3 ページ: 320-329

    • DOI

      10.1093/bbb/zbac201

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Identification of the Gene Cluster Involved in Doubly Homologated Tyrosine Biosynthesis from Microcystis aeruginosa2022

    • 著者名/発表者名
      [Zhengyi Ling,Chin-Soon Phan,Jakia Jerin Mehjabin,Kenichi Matsuda,Prakoso Nurcahyo Iman,Taiki Umezawa,Toshiyuki Wakimoto,Tatsufumi Okino]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Carrier protein-mediated heterocyclization in actinopyridazinone biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      [Kuga Arima,Satoko Akiyama,Kenichi Matsuda,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 非リボソームペプチド環化酵素WolJの基質選択性に関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      [市原 凜太郎,小林 雅和,藤田 慧,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] イソシアニド生合成酵素HzmAの機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      [丸山 広大,井町 久美子,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Actinopyridazinone生合成における特異な複素環形成機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      [有馬 陸,秋山 智子,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] NRPS-PKSハイブリッド型天然物の生合成におけるα-ケトアミド形成を担う新規酸化酵素に関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      [山田 惟人,福場 淳生,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 寛容な基質選択性を有するアルギニンビスプレニル化酵素AnzFの同定2022

    • 著者名/発表者名
      [藤田 慧,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 非リボソームペプチド環化酵素を利用した環状ペプチドの効率的な化学-酵素合成法の開発2022

    • 著者名/発表者名
      [小林 雅和,藤田 慧,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本薬学会第143年会(札幌)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 伝統水産発酵食品くさやから分離した放線菌Streptomyces diastaticus TUA-NKU25株の塩依存的Surugamide A生産と生合成遺伝子の特徴2022

    • 著者名/発表者名
      [鈴木 敏弘,竹内 葵,平田 朝陽,手島 愛子,植木 美羽,松田 研一,脇本 敏幸,荒川 賢治,石川 森夫]
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 寛容な基質選択性を有するアルギニンビスプレニル化酵素AnzFの同定2022

    • 著者名/発表者名
      [藤田 慧,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Actinopyridazinone生合成におけるキャリアタンパク質を介したジヒドロピリダジノン環形成機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      [有馬 陸,秋山 智子,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] STREAMLINED CHEMOENZYMATIC SYNTHESIS OF CYCLIC PEPTIDES BY NON-RIBOSOMAL PEPTIDE CYCLASES2022

    • 著者名/発表者名
      [Masakazu Kobayashi,Kei Fujita,Kenichi Matsuda,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, SIMB
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] IDENTIFICATION OF ANZF, ARG-BISPRENYLTRANSFERASE WITH BROAD SUBSTRATE SELECTIVITY2022

    • 著者名/発表者名
      [Kei Fujita,Kenichi Matsuda,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, SIMB
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] EXPLORING THE HYDRAZINE BIOSYNTHETIC PATHWAYS IN BACTERIAL SECONDARY METABOLISM2022

    • 著者名/発表者名
      [Kenichi Matsuda,Kuga Arima,Satoko Akiyama,Yo Abe,Yuito Yamada,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, SIMB
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Exploring amine-modifying enzymes in bacterial hydrazine synthetic pathways2022

    • 著者名/発表者名
      [Kenichi Matsuda,Arima Kuga,Satoko Akiyama,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      Amine Biocat 5.0
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Identification of guanidine bis-prenyltransferase with broad substrate tolerance2022

    • 著者名/発表者名
      [Kei Fujita,Kenichi Matsuda,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      The 59th Japanese Peptide Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] アルギニンビスプレニル化酵素の探索と機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      第34回 万有札幌シンポジウム
    • 学会等名
      第34回 万有札幌シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Exploring the hydrazine biosynthetic pathways in bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      [Kenichi Matsuda,Kuga Arima,Satoko Akiyama,Kazuo Shin-ya,Makoto Nishiyama,Toshiyuki Wakimoto]
    • 学会等名
      JNU-UTokyo Joint Seminar on Natural Product Biosynthesis
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞外胞が産誘導する放線菌由来新規抗菌性天然物の探索2022

    • 著者名/発表者名
      [本田拓,吉村彩,中田隆介,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      第 36 回(2022 年度)日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ジヒドロピリダジノン環含有天然物 actinopyridazinone A の合成経路の解明2022

    • 著者名/発表者名
      [有馬 陸,秋山 智子,松田 研一,脇本 敏幸]
    • 学会等名
      第 36 回(2022 年度)日本放線菌学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 天然物生合成におけるペプチド修飾反応に関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      [松田研一]
    • 学会等名
      日本生薬学会第68回年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ジヒドロピリダジノン環含有天然物, actinopyridazinone Aの生合成機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      [有馬陸,秋山智子,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      日本生薬学会第68回年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 環状ペプチドを基質とするグアニジンビスプレニルトランスフェラーゼの機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      [有馬陸,秋山智子,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      日本生薬学会第68回年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] α-ketoamide形成を担う新規酸化酵素の同定及び機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      [山田惟人,福場淳生,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      日本生薬学会第68回年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 細菌が放出する細胞外小胞による二次代謝産物生産誘導に関する研究2022

    • 著者名/発表者名
      [吉村彩,佐伯梨緒,中田隆介,冨本将汰,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      第64回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Exploring the hydrazine biosynthetic pathways in bacteria2022

    • 著者名/発表者名
      [Kenichi Matsuda]
    • 学会等名
      Sapporo Summer Seminar on Natural Product Biosynthesis
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] PBP型チオエステラーゼSurEによるペプチドライゲーション反応2022

    • 著者名/発表者名
      [市原凜太郎,小林雅和,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      日本生薬学会第46回北海道支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 窒素―窒素共有結合形成酵素の機能解析2022

    • 著者名/発表者名
      [伊藤楓,有馬陸,松田研一,脇本敏幸]
    • 学会等名
      日本生薬学会第46回北海道支部例会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-04-19   更新日: 2025-01-30  

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