Establishing a low-cost next-generation sequencing platform for on-site real-time surveillance of SARS-CoV-2 and other viruses in an unreached community from the Democratic Republic of Congo

• 研究課題/領域番号: 22K17352
• 研究種目: 若手研究
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 小区分58020:衛生学および公衆衛生学分野関連:実験系を含む
• 研究機関: 大阪公立大学
• 研究代表者: チバング・カバンバ エバリステ 大阪公立大学, 大学院医学研究科, 特任助教 (50900693)
• 研究期間 (年度): 2022-04-01 – 2024-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2023年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円); 2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
• キーワード: Viral genome / Nanopore sequecing / Congo / Hepatitis virus / Mpox virus / Hepatitis B virus / Monkeypox virus / SARS-CoV-2 / Virus / Sequencing / Genome / Mbujimayi / Laboratory

研究開始時の研究の概要

The outline of research is to provide a diagnostic and surveillance tool that enable generating actionable information on which to implement targeted public health strategy that will facilitate greater and early anticipation as well as initiation of effective strategies to mitigate and contain outbreaks of SARS-CoV-2 variants and other viruses.

研究成果の概要

このプロジェクトは、コンゴ民主共和国の遠隔地でも適用可能な迅速シーケンス用の携帯型ウイルス監視ツールキットを確立し、重要なマイルストーンを達成しました。協力協定、倫理クリアランス、ABS許可などの前提条件も満たされました。
しかし、試薬の調達や官僚的障害、COVID-19の制限により現地展開が大幅に遅れました。それにもかかわらず、DRCの農村部で1077人のサンプルが採取されましたが、日本への輸送でさらなる遅れが生じました。それでもこの研究は、携帯型ウイルスシーケンシングラボの実現可能性を証明し、将来の可能性を示しています。試薬は確保され、科学論文の発表に向けた取り組みが進行中です。

研究成果の学術的意義や社会的意義

The toolkit created in this project shows great potential for viral surveillance and investigations in remote areas of Africa. It promotes knowledge sharing, strengthens research capabilities, and empowers African communities, thus playing a crucial role in global health protection.

研究成果

• [国際共同研究] University of Mbujimayi/INRB(コンゴ民主共和国)
• [国際共同研究] University of Mbujimayi/INRB(コンゴ民主共和国)
• [雑誌論文] Malaria infection among adults residing in a highly endemic region from the Democratic Republic of the Congo (2024)
  • 著者名/発表者名: Kayiba Nadine Kalenda、Nitahara Yuko、Tshibangu-Kabamba Evariste、Mbuyi Denis Kalambayi、Kabongo-Tshibaka Augustin、Kalala Nestor Tshituka、Tshiebue Barth?lemy Mukenga、Candray-Medina Katherine-Sofia、Kaku Natsuko、Nakagama Yu、Speybroeck Niko、Mumba Dieudonn? Ngoyi、Disashi Ghislain Tumba、Kaneko Akira、Kido Yasutoshi
  • 雑誌名: Malaria Journal 巻: 23 号: 1 ページ: 1-14
  • DOI: 10.1186/s12936-024-04881-7
  • オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Genetic determinants of Biofilm formation of Helicobacter pylori using whole-genome sequencing (2023)
  • 著者名/発表者名: Fauzia Kartika Afrida、Aftab Hafeza、Miftahussurur Muhammad、Waskito Langgeng Agung、Tuan Vo Phuoc、Alfaray Ricky Indra、Matsumoto Takashi、Yurugi Michiyuki、Subsomwong Phawinee、Kabamba Evariste Tshibangu、Akada Junko、Yamaoka Yoshio
  • 雑誌名: BMC Microbiology 巻: 23 号: 1 ページ: 159-159
  • DOI: 10.1186/s12866-023-02889-8
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The Helicobacter pylori Genome Project: insights into H. pylori population structure from analysis of a worldwide collection of complete genomes (2023)
  • 著者名/発表者名: Kaisa Thorell, Zilia Y. Munoz-Ramirez, Difei Wang, Santiago Sandoval-Motta, Rajiv Boscolo Agostini, Silvia Ghirotto, Roberto C. Torres, HpGP Research Network, Daniel Falush, M. Constanza Camargo & Charles S. Rabkin
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 14 号: 1 ページ: 8184-8184
  • DOI: 10.1038/s41467-023-43562-y
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Usefulness of seasonal malaria chemoprevention in the Sahel (2023)
  • 著者名/発表者名: Kalenda Nadine Kayiba、Tshibangu-Kabamba Evariste、Nakagama Yu、Kaku Natsuko、Kaneko Akira、Speybroeck Niko、Kido Yasutoshi
  • 雑誌名: The Lancet Infectious Diseases 巻: 23 号: 3 ページ: 269-270
  • DOI: 10.1016/s1473-3099(22)00654-5
  • オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] The landscape of drug resistance in Plasmodium falciparum malaria in the Democratic Republic of Congo: a mapping systematic review (2023)
  • 著者名/発表者名: Kayiba Nadine Kalenda、Tshibangu-Kabamba Evariste、Rosas-Aguirre Angel、Kaku Natsuko、Nakagama Yu、Kaneko Akira、Makaba Dieudonne Mvumbi、Malekita Doudou Yobi、Devleesschauwer Brecht、Likwela Joris Losimba、Zakayi Pius Kabututu、Kido Yasutoshi、Speybroeck Niko
  • 雑誌名: Tropical Medicine and Health 巻: 51 号: 1 ページ: 1-16
  • DOI: 10.1186/s41182-023-00551-7
  • オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Comparative genomics of two Vietnamese Helicobacter pylori strains, CHC155 from a non-cardia gastric cancer patient and VN1291 from a duodenal ulcer patient. (2023)
  • 著者名/発表者名: Phuc BH, Tuan VP, Binh TT, Tung PH, Tri TD, Dung HDQ, Thuan NPM, Fauzia KA, Tshibangu-Kabamba E, Alfaray RI, Saruuljavkhlan B, Matsumoto T, Akada J, Yamaoka Y.
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 13 号: 1 ページ: 8869-8869
  • DOI: 10.1038/s41598-023-35527-4
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Differential cardiomyocyte transcriptomic remodeling during in vitro Trypanosoma cruzi infection using laboratory strains provides implications on pathogenic host responses (2023)
  • 著者名/発表者名: Candray-Medina KS, Nakagama Y, Ito M, Nakagama S, Tshibangu-Kabamba E, Takeda N, Sugiura Y, Nitahara Y, Michimuko-Nagahara Y, Kaku N, Onizuka Y, Arias CE, Mejia M, Alas K, Pena S, Maejima Y, Komuro I, Nakajima-Shimada J, Kido Y.
  • 雑誌名: Tropical Medicine and Health 巻: 51 号: 1 ページ: 86-86
  • DOI: 10.1186/s41182-023-00552-6
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Age-adjusted impact of prior COVID-19 on SARS-CoV-2 mRNA vaccine response (2023)
  • 著者名/発表者名: Nakagama Sachie、Nakagama Yu、Komase Yuko、Kudo Masaharu、Imai Takumi、Tshibangu-Kabamba Evariste、Nitahara Yuko、Kaku Natsuko、Kido Yasutoshi
  • 雑誌名: Frontiers in Immunology 巻: 14 ページ: 1-7
  • DOI: 10.3389/fimmu.2023.1087473
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Antibody Avidity Maturation Following Recovery From Infection or the Booster Vaccination Grants Breadth of SARS-CoV-2 Neutralizing Capacity (2022)
  • 著者名/発表者名: Nakagama Y、Candray K、Kaku N、Komase Y、Rodriguez-Funes M-V、Dominguez R、Tsuchida T、Kunishima H、Nagai E、Adachi E、Mumba N D 、Yamasue M、Komiya K、Hiramatsu K、Uemura N、Sugiura Y、Yasugi M、Yamagishi Y、Mikamo H、Shiraishi S、Izumo T、Nakagama S、Watanabe C、Nitahara Y、Tshibangu-Kabamba E、Kakeya H、Kido Y
  • 雑誌名: The Journal of Infectious Diseases 巻: 227 号: 6 ページ: 780-787
  • DOI: 10.1093/infdis/jiac492
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A Dual-Antigen SARS-CoV-2 Serological Assay Reflects Antibody Avidity (2022)
  • 著者名/発表者名: Nakagama Yu、Nitahara Yuko、Kaku Natsuko、Tshibangu-Kabamba Evariste、Kido Yasutoshi
  • 雑誌名: Journal of Clinical Microbiology 巻: 60 号: 2
  • DOI: 10.1128/jcm.02262-21
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Cumulative seroprevalence among healthcare workers after the first wave of the COVID-19 pandemic in El Salvador, Central America (2022)
  • 著者名/発表者名: Nakagama Yu、Rodriguez-Funes Maria-Virginia、Dominguez Rhina、Candray-Medina Katherine-Sofia、Uemura Naoto、Tshibangu-Kabamba Evariste、Nitahara Yuko、Kaku Natsuko、Kaneko Akira、Kido Yasutoshi
  • 雑誌名: Clinical Microbiology and Infection 巻: 28 号: 11 ページ: 1508-1510
  • DOI: 10.1016/j.cmi.2022.06.020
• [雑誌論文] Detecting Waning Serological Response with Commercial Immunoassays: 18-Month Longitudinal Follow-up of Anti-SARS-CoV-2 Nucleocapsid Antibodies (2022)
  • 著者名/発表者名: Nakagama Yu、Komase Yuko、Kaku Natsuko、Nitahara Yuko、Tshibangu-Kabamba Evariste、Tominaga Tomoyo、Tanaka Hiroko、Yokoya Tomoaki、Hosokawa Minako、Kido Yasutoshi
  • 雑誌名: Microbiology Spectrum 巻: 10 号: 4
  • DOI: 10.1128/spectrum.00986-22
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Antibiotic stewardship in African Helicobacter pylori infections (2023)
  • 著者名/発表者名: Evariste Tshibangu-Kabamba
  • 学会等名: Congolese Observatory of H. pylori and gastric cancer
  • 招待講演
• [学会発表] Helicobacter pylori in Africa: Is it time for precision medicine? (2023)
  • 著者名/発表者名: Evariste Tshibangu-Kabamba
  • 学会等名: The African Helicobcater and Microbiota Study Group
  • 招待講演
• [学会発表] Tungiasis in rural communities from the Democratic Republic of Congo: Burden, clinical impact and local disease's determinants (2022)
  • 著者名/発表者名: Evariste Tshibangu-Kabmba
  • 学会等名: 第92回日本寄生虫学会大会