| 研究課題/領域番号 |
22K18351
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| 研究種目 |
挑戦的研究(開拓)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分40:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
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| 研究機関 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構 |
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研究代表者 |
外丸 裕司 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産技術研究所(廿日市), 主任研究員 (10416042)
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| 研究分担者 |
本郷 悠貴 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (20737316)
山田 和正 福井県立大学, 海洋生物資源学部, 助教 (20778401)
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| 研究期間 (年度) |
2022-06-30 – 2026-03-31
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| 研究課題ステータス |
交付 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
26,000千円 (直接経費: 20,000千円、間接経費: 6,000千円)
2025年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2024年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2022年度: 6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
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| キーワード | 珪藻 / ウイルス化石 / ゲノム |
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| 研究開始時の研究の概要 |
申請者らは一連の珪藻・ウイルス研究から，仮説「珪藻ゲノム内のウイルス化石は珪藻-ウイルスの共存に貢献している」を構築した。本研究ではその仮説を検証すべく，珪藻ゲノムに刻まれた「ウイルス化石」の発現パターンとウイルス感受性との関係を整理する。また“珪藻ウイルス化石”の種横断的調査をすることで当該配列の包括的情報整理を行い，その歴史的・生態学的意義を探る。
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| 研究実績の概要 |
セルソーターによって1細胞がwellに分取されるが、生存している細胞の存在を確認するため、ハウスキーピング遺伝子の発現を検出できるRT-qPCR用のプライマーとプローブの設計と評価を実施した。また、ウイルス感染を1細胞で評価できるよう、ウイルス遺伝子（複製関連酵素遺伝子）についてもプライマーとプローブの設計を実施した。ハウスキーピング遺伝子の候補として、Fructose-1、6-bisphosphatase (FB)、 Heat shock protein 90 (HSP)、 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)、 Phosphoglycerate kinase (PG)、 Phosphofructokinase (PF)を選定しプライマーを設計した。1細胞当たりのTotal RNAはヒト細胞の場合、12.5 pg以下の量を含むため、C. tenuissimus NIES-3715のTotal RNAを100－0.8 pgまで2倍に希釈した系列を作製し、SYBR Greenの検出系でone step RT-qPCRを実施した。結果、希釈系列でバラツキがなくプライマーダイマーがないものはGAPDHのみとなり、GAPDHのプライマーセットを生存確認用のプライマーとして利用することにした。
珪藻ゲノム内のウイルス化石を探索するための基盤作りのため、キートセロス属を中心とした珪藻複数種についてゲノムシークエンス解析ならびにアッセンブル作業を進めた。NIES-3715株についてはロングリードシークエンスを行い、これまでに取得しているゲノムのアッセンブル高度化を目指した。また、併行してゲノム内ウイルス化石の探索を継続的に行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
珪藻のウイルス化石探索のための基盤作りや、ウイルス化石の探索は順調に進んでいる。また、シングルセル解析についても検出系の高度化が順調に進んでいる。以上の事から、本課題は概ね順調に進んでいるものと判断した。
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| 今後の研究の推進方策 |
引き続き珪藻の中でもキートセロス属の近縁種を中心としてゲノム解析ならびにウイルス化石の探索を行う。また、シングルセル解析の高度化を進めていく。
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