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遊走性単細胞生物の化学モデルの創成

研究課題

研究課題/領域番号 22K18685
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分13:物性物理学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

豊田 太郎  東京大学, 大学院総合文化研究科, 准教授 (80422377)

研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2024年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2023年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
2022年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
キーワードジャイアントベシクル / マイクロ流体デバイス / 機械学習 / 実験室進化 / 界面活性剤
研究開始時の研究の概要

化学反応する両親媒性分子による分子集合体を用いるボトムアップアプローチと濃度勾配
のかかるマイクロ流体デバイスを用いるトップダウンアプローチとを組み合わせ、駆動し
ながら増殖する細胞のソフトマター化学モデルを創成する。本研究成果は、人工物の自律
的進化を提案し、生命起源モデルとして人工物と細胞の架け橋となる、まったく新奇のソ
フトマターを探求するものであり、挑戦的研究として大きな意義がある。

研究実績の概要

本研究課題は、走化性をもつ遊走性単細胞生物の化学モデル(ここでは人工バクテリアと呼ぶ)を創出することを目的とする。原始細胞が進化の過程でどのように駆動力を得て、走化性という高次機能を獲得してきたかという未解明の謎に対し応募者は、細胞生物学的手法とは相補的に、構成的アプローチとして、素性のわかった有機分子の水中での構造形成と反応の時間発展に立脚した人工バクテリアをつくり、これが実験室進化によって走化性を獲得する時空間発展を計測技術と分析技術を駆使して明らかにすることを着想した。二年目は、人工バクテリアをその場観察するための進化リアクターでの人工バクテリアの変形誘導および画像解析法の開発に従事した。人工バクテリアは進化リアクター内部で動き回る際にチューブ状に変形できることが判明した。これは,外部からの添加剤によって膜張力が減少したためと考えられる。人工バクテリアが球形から異方的な形状へ変形することから,位置づれを補正しつつデコンボリューションできる3次元イメージ構築プログラムの改良を行った。また、異方的な形状のジャイアントベシクルを長時間観察できる進化リアクターの開発を進めた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本研究は、人工バクテリアを創出することを目的として、ジャイアントベシクルが走化性を獲得する時空間発展を計測技術と分析技術を駆使して明らかにすることを目指している。このとき、ジャイアントベシクルの動きを精確に顕微鏡像から抽出する必要があり、応募者がこれまで取り組んだことのない画像解析法としての機械学習と転移学習の方法論を導入することとした。二年目で、ジャイアントベシクルの異方的な形状への変化を誘導できたことから,添加剤の分子設計の目途がたった点で、順調に進展している。

今後の研究の推進方策

最終年度は、ジャイアントベシクルの構成分子ならびに添加剤の有機合成を進めつつ、進化リアクターとなるマイクロ流体デバイスの開発に注力し、人工バクテリアの運動を継続して観測できる双方向観察実験プラットフォームを実現する。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (2件)

すべて 2023 2022

すべて 学会発表 (2件)

  • [学会発表] Deep Learning-Based Deconvolution of Confocal Laser-scanning Fluorescence Microscopy Images for Enhanced Visualization of Giant Vesicles2023

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Hiroi, Taro Toyota, Akihiko Konagaya
    • 学会等名
      CBI学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Deep Learning Detection of Giant Vesicles Using a Synthetic Data Set of Confocal Fluorescence Microscopy Images2022

    • 著者名/発表者名
      Soichiro Hiroi, Taro Toyota, Yuhui Zhang, Akihiko Konagaya
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-07-05   更新日: 2024-12-25  

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