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条件付きIEDDA反応を用いた細胞機能解析技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22K19096
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分37:生体分子化学およびその関連分野
研究機関東北大学

研究代表者

水上 進  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30420433)

研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードIEDDA反応 / テトラジン / 大環状構造 / 刺激応答性 / クリックケミストリー / 逆電子需要型Diels-Alder反応 / 蛋白質濃度制御 / PROTAC / 細胞解析
研究開始時の研究の概要

大環状化テトラジンの環開裂によるIEDDA反応制御機構を光開裂反応と組みわせることで、本課題ではこの知見をもとに、(i) 光応答性高速クリック反応の開発、およびこの反応を蛋白質分解を誘導するPROTACシステムに導入することで、 (ii)光による細胞内蛋白質濃度の制御技術の開発を行う。

研究実績の概要

逆電子需要型Diels-Alder(IEDDA)反応は、無触媒かつ圧倒的な速さで進行することから、様々な分野での応用が期待されているクリック反応の一つである。我々はこれまでに、大環状構造を持つtetrazineを外部刺激で開環させることでIEDDA反応の進行を制御するシステムを開発している。このシステムを応用して、細胞内蛋白質濃度の光制御を行うことを目的として、光応答性IEDDA反応の開発および細胞内蛋白質濃度の光制御技術開発を目指している。令和5年度は、以下の(i)および(ii)の研究を行った。
(i) 光応答性IEDDA反応の開発:光応答性保護基o-nitrobenzyl基をリンカー中に組み込んだ3種類の化合物PTz1、PTz2、PTz3を開発した。ニトロベンジル基が大環状構造に含まれるPTz1はその剛直な構造のためか光切断は起こらなかったが、大環状構造の隣接部位にニトロベンジル基を有するPTz2,PTz3においては、光照射により速やかに開環し、trans-シクロオクテン(TCO)存在下でIEDDA反応が速やかに進行した。
(ii) 細胞内蛋白質濃度の光制御技術の開発:前年度までに開発したPROTAC化合物中のジヒドロ葉酸還元酵素(eDHFR)リガンドを光応答性リガンドへと置き換えた化合物(photoPROTAC)を新たに合成した。合成したphotoPROTACは、365 nm光照射におけるZ体比率が78%、560 nm光照射によるE体比率が98%であった。eDHFR-EGFPを安定発現するHEK293細胞に終濃度1μMのphotoPROTACを添加した後、紫色光を照射したところ、緑色光照射時は暗所下と同様に標的蛋白質の分解はほとんど進行しなかったが、eDHFR-EGFP量が53%まで減少することがウェスタンブロットから示された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

光応答性の大環状テトラジン開発については、難航していた化合物の合成が進行し、着実に当初の目標に近づいている。またフォトクロミックリガンドを応用したphotoPROTACシステムを用いた細胞内蛋白質分解については、完全な分解は達成できてはいないものの、約50%の分解を達成しており、本年度中には大きな進捗が見られたと言える。

今後の研究の推進方策

開発した光応答性の大環状テトラジンユニットをベースとした光応答性PROTACシステムを完成させることで、細胞内蛋白質濃度の光による精密制御を目指す。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Long-term imaging of intranuclear Mg<sup>2+</sup> dynamics during mitosis using a localized fluorescent probe2023

    • 著者名/発表者名
      Matsui Yusuke、Kowada Toshiyuki、Ding Yi、Sahoo Priya Ranjan、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 59 号: 46 ページ: 7048-7051

    • DOI

      10.1039/d2cc05930d

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cellsketch: Simplified Cell Representation for Label-free Cell and Nuclei Segmentation2023

    • 著者名/発表者名
      Novianti Ira、Mizukami Shin
    • 雑誌名

      Annu Int Conf IEEE Eng Med Biol Soc 2023

      巻: - ページ: 1-4

    • DOI

      10.1109/embc40787.2023.10340497

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Arylazopyrazole-Based Photoswitchable Inhibitors Selective for Escherichia coli Dihydrofolate Reductase2023

    • 著者名/発表者名
      Himadri S. Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Satoshi Hamaguchi, Toshizo Sato, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi, Toshitaka Matsui, and Shin Mizukami*
    • 雑誌名

      ACS Chem. Biol.

      巻: 18 号: 2 ページ: 340-346

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00749

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Clip to Click: Controlling Inverse Electron-Demand Diels窶鄭lder Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • 著者名/発表者名
      Ira Novianti, Toshiyuki Kowada, and Shin Mizukami*
    • 雑誌名

      Org. Lett.

      巻: 24 号: 17 ページ: 3223-3226

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c01010

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative and Repetitive Control of Subcellular Protein窶撤rotein Interaction Using a Photochromic Dimerizer2022

    • 著者名/発表者名
      Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Hayashi Yamamoto, Satoshi Hamaguchi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • 雑誌名

      ChemRxiv

      巻: 巻号無し

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-7vq8s-v2

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] Cellsketch: Simplified Cell Representation for Label-free Cell and Nuclei Segmentation2023

    • 著者名/発表者名
      Ira Novianti, 水上 進
    • 学会等名
      第 45 回 IEEE, EMBS 国際年次大会 (EMBC 2023)
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 逆電子要請型 Diels&#8211;Alder 反応の反応制御を 指向した大環状テトラジンの構造最適化2023

    • 著者名/発表者名
      牧亮太, 高嶋一平, Ira Novianti, 水上進
    • 学会等名
      Tohoku University 2023 Chemistry Summer School
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] タグ融合タンパク質の光応答性分解剤の開発2023

    • 著者名/発表者名
      松尾章弘, 小和田俊行, Himadri S. Sarkar, 松井敏高, 水上進
    • 学会等名
      Tohoku University 2023 Chemistry Summer School
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] フォトクロミック蛋白質二量化剤を用いた細胞内蛋白質局在の光制御法の開発2023

    • 著者名/発表者名
      松尾章弘, 小和田俊行, 水上進
    • 学会等名
      日本化学会秋季事業 第13回 CSJ化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 逆電子要請型 Diels-Alder 反応の反応制御を 指向した大環状テトラジンの構造最適化2023

    • 著者名/発表者名
      牧亮太, 高嶋一平, Ira Novianti, 水上進
    • 学会等名
      日本化学会秋季事業 第13回 CSJ化学フェスタ
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] タグ融合蛋白質の細胞内分解を光制御する機能性化合物の開発2023

    • 著者名/発表者名
      松尾 章弘,小和田 俊行,Himadri Sarkar,松井 敏高,水上 進
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Activatable Click Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • 著者名/発表者名
      Ira Novianti,Toshiyuki Kowada,Shin Mizukami
    • 学会等名
      第22回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Visualization and control of live cell functions by integrating organic chemistry and light2022

    • 著者名/発表者名
      Shin Mizukami
    • 学会等名
      東京大学理学系研究科化学専攻雑誌会セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光可逆的蛋白質ラベル化システムによる 細胞内蛋白質動態と細胞機能の光制御2022

    • 著者名/発表者名
      水上進
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会 シンポジウム「細胞内メゾ複雑体の構造と機能」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 水上研究室 | 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      https://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [備考] 水上研究室 | 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-07-05   更新日: 2024-12-25  

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