• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

太古の地球における酸素の起源

研究課題

研究課題/領域番号 22K19270
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関名古屋大学

研究代表者

野口 巧  名古屋大学, 理学研究科, 教授 (60241246)

研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2024年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2023年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
2022年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード光合成 / 光化学系Ⅱ / 酸素発生 / 水分解 / アミノ酸変換 / 進化 / マンガンクラスター
研究開始時の研究の概要

約24億年前のシアノバクテリアにおける酸素発生型光合成による酸素放出(大酸化イベント)は、地球大気を酸化型大気に変え、その後の酸素呼吸生命の進化を促した。一方、「大酸化イベント」の数億年前から酸素が存在していた痕跡が報告されており、光合成酸素発生の起源は謎として残されている。本研究では、シアノバクテリアへの変異導入によって、酸素発生の触媒部位であるMnクラスターの配位子系が未完成の祖先型光化学系Ⅱを再現し、光合成酸素発生の起源と進化過程を明らかにする。

研究実績の概要

これまでの研究において、光化学系Ⅱの光合成酸素発生系において、Mn4CaO5クラスターのカルボキシレート配位子を他のアミノ酸に改変すると、タンパク質レベルでアミノ酸変換を起こし、本来のアスパラギン酸/グルタミン酸に戻るという、翻訳後アミノ酸変換現象を見出していた。しかし、これまでの実験では、変換を起こすアミノ酸は、ヒスチジンやアスパラギン、グルタミンなどの活性置換基を持つアミノ酸に限られていた。そこで、この光合成酸素発生系における翻訳後アミノ酸変換現象の一般性を調べるため、MnとCaを架橋するアスパラギン酸配位子(D1-D170)を、炭化水素鎖で構成され、活性置換基をもたない脂肪族アミノ酸(アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン)に変換した変異体(D1-D170A, D1-D170V, D1-D170L, D1-D170I)を作成し、これらのアミノ酸が翻訳後アミノ酸変換を起こすか否かを調べた。その結果、D1-D170A変異体では酸素発生は見られなかったが、D1-D170V, D1-D170L, D1-D170I変異体では10-40%程の酸素発生活性が確認できた。また、液体クロマトグラフィー質量分析(LC-MS)解析により、アラニンでは変換が起こらず、バリン、ロイシン、イソロイシンではアスパラギン酸または、アスパラギン酸/グルタミン酸誘導体への変換が認められた。これらのアミノ酸は、Mn4CaO5クラスター構築過程で生成する活性酸素によって酸化され、カルボキシレート配位子が形成されると予想された(アラニンは炭素数が足らずに変換ができない)。これらの結果から、光合成酸素発生系における翻訳後アミノ酸変換は一般的な現象であることが示された。本研究の結果は、この翻訳後アミノ酸変換現象が、光合成酸素発生の起源と進化に関与したという我々の仮説を支持するものである。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

光化学系Ⅱの酸素発生系におけるアミノ酸変換によるMn4CaO5クラスターのカルボキシラート配位子形成が、DNAレベルではなく、タンパク質レベルで翻訳後に起こる現象であることを、同位体置換アミノ酸とLC-MSおよびFTIR解析を用いて確実に証明した。また、イミダゾールやアミド基などの活性置換基を持つアミノ酸(His, Asn, Gln)だけではなく、炭化水素鎖のみで側鎖が構成される脂肪族アミノ酸(Val, Leu, Ile)に改変した変異体についても、翻訳後アミノ酸変換によるカルボキシラート配位子形成と酸素発生活性の回復を観測することができた。これらの結果から、光合成酸素発生系における翻訳後アミノ酸変換現象がMn4CaO5クラスターのカルボキシラート配位子を形成する一般的な現象であることを示すことができた。このように、祖先型光化学系Ⅱにおける翻訳後アミノ酸変換が、24億年前の大酸化イベント以前の太古の地球における酸素発生の起源である、という我々の仮説を支持する結果が順調に得られてきている。

今後の研究の推進方策

これまでに、光化学系Ⅱの光合成酸素発生系の配位子位置における、イミダゾール基を持つヒスチジン、アミド基をもつアスパラギンおよびグルタミン、炭化水素鎖から成る脂肪族アミノ酸(バリン、ロイシン、イソロイシン)のアスパラギン酸/グルタミン酸、あるいはその誘導体への変換と酸素発生活性回復が確かめられた。そこで、芳香族アミノ酸や含硫黄アミノ酸など、他のアミノ酸に改変した変異体を作製し、その翻訳後アミノ酸変換の可能性をさらに追求する。また、アミノ酸の位置依存性(どの配位子位置でも変換可能か、あるいは配位子位置以外のアミノ酸残基でも変換可能か)を調べる。さらに、アミノ酸変換の中間体をLC-MSを用いて検出する、遊離アミノ酸と活性酸素の反応による生成物を調べるなどして、翻訳後アミノ酸変換の化学機構を調べ、本アミノ酸変換現象の全貌を明らかにする。そして、翻訳後アミノ酸変換の酸素発生系の起源と進化における役割についての洞察を得る。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 3件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Overall reaction mechanism of photocatalytic CO2 reduction on a Re(I)-complex catalyst unit of a Ru(II)-Re(I) supramolecular photocatalyst2024

    • 著者名/発表者名
      Kamogawa Kei、Kato Yuki、Tamaki Yusuke、Noguchi Takumi、Nozaki Koichi、Nakagawa Tatsuo、Ishitani Osamu
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 15 号: 6 ページ: 2074-2088

    • DOI

      10.1039/d3sc06059d

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Mechanism of Proton Transfer through the D1-E65/D2-E312 Gate during Photosynthetic Water Oxidation2024

    • 著者名/発表者名
      Noguchi Takumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 128 号: 8 ページ: 1866-1875

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c07787

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Access to the Antenna System of Photosystem I via Single-Molecule Excitation-Emission Spectroscopy2024

    • 著者名/発表者名
      Zhang Xianjun、Taniguchi Rin、Nagao Ryo、Tomo Tatsuya、Noguchi Takumi、Ye Shen、Shibata Yutaka
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 128 号: 11 ページ: 2664-2674

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c07789

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Contributions of PD1 and PD2 to the [PD1PD2]+-minus-[PD1PD2] difference spectrum in the Soret region in Photosystem II2024

    • 著者名/発表者名
      Boussac Alain、Sugiura Miwa、Nagao Ryo、Noguchi Takumi、Rutherford A. William、Selles Julien
    • 雑誌名

      bioRxiv

      巻: -

    • DOI

      10.1101/2024.02.15.580457

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 太古の地球における酸素の起源2023

    • 著者名/発表者名
      野口 巧
    • 雑誌名

      生化学

      巻: 95 号: 3 ページ: 341-345

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2023.950341

    • ISSN
      0037-1017
    • 年月日
      2023-06-25
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Rapid-Scan Fourier Transform Infrared Monitoring of the Photoactivation Process in Cyanobacterial Photosystem II2023

    • 著者名/発表者名
      Matsubara Takumi、Shimada Yuichiro、Kitajima-Ihara Tomomi、Nagao Ryo、Noguchi Takumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 38 ページ: 8150-8161

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c04325

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Absorption changes in Photosystem II in the Soret band region upon the formation of the chlorophyll cation radical [PD1PD2]+2023

    • 著者名/発表者名
      Boussac Alain、Sugiura Miwa、Nakamura Makoto、Nagao Ryo、Noguchi Takumi、Viola Stefania、Rutherford A. William、Selles Julien
    • 雑誌名

      Photosynthesis Research

      巻: - 号: 2-3 ページ: 211-223

    • DOI

      10.1007/s11120-023-01049-3

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Triplet Delocalization over the Reaction Center Chlorophylls in Photosystem II2023

    • 著者名/発表者名
      Hayase Taichi、Shimada Yuichiro、Mitomi Tatsuya、Nagao Ryo、Noguchi Takumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 127 号: 8 ページ: 1758-1770

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c00139

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Post-translational amino acid conversion in photosystem II as a possible origin of photosynthetic oxygen evolution2022

    • 著者名/発表者名
      Shimada Yuichiro、Suzuki Takehiro、Matsubara Takumi、Kitajima-Ihara Tomomi、Nagao Ryo、Dohmae Naoshi、Noguchi Takumi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 13 号: 1 ページ: 4211-4211

    • DOI

      10.1038/s41467-022-31931-y

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] D139N mutation of PsbP enhances the oxygen-evolving activity of photosystem II through stabilized binding of a chloride ion2022

    • 著者名/発表者名
      Imaizumi Ko、Nishimura Taishi、Nagao Ryo、Saito Keisuke、Nakano Takeshi、Ishikita Hiroshi、Noguchi Takumi、Ifuku Kentaro
    • 雑誌名

      PNAS Nexus

      巻: 1 号: 3

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac136

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Role of D1-Glu65 in Proton Transfer during Photosynthetic Water Oxidation in Photosystem II2022

    • 著者名/発表者名
      Shimada Yuichiro、Sugiyama Ayane、Nagao Ryo、Noguchi Takumi
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 126 号: 41 ページ: 8202-8213

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c05869

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 光化学系Ⅱにおける翻訳後アミノ酸変換と光合成酸素発生の起源2022

    • 著者名/発表者名
      野口 巧
    • 雑誌名

      光合成研究

      巻: 32 ページ: 151-161

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 光化学系IIにおける第二キノン電子受容体QBの電子・プロトン移動反応の時間分解赤外分光検出2024

    • 著者名/発表者名
      加藤祐樹、伊藤帆奈美、野口巧
    • 学会等名
      日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光合成酸素発生系における脂肪族アミノ酸の翻訳後変換によるカルボキシラート配位子形成2024

    • 著者名/発表者名
      水江初音、 鈴木健裕、松原巧、北島(井原)智美、平野美奈子、嶋田友一郎、加藤祐樹、堂前直、野口巧
    • 学会等名
      日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系Ⅱにおけるクロロフィル励起三重項状態の消光による光保護機構2023

    • 著者名/発表者名
      横川瑞生、加藤祐樹、野口巧
    • 学会等名
      日本光合成学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系IIチロシンDの酸化還元電位を分光電気化学測定で評価する2023

    • 著者名/発表者名
      加藤祐樹、岩銅壮平、政本彩帆、三野広幸、野口巧
    • 学会等名
      第30回光合成セミナー
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Mechanistic investigation of CO2 reduction using a Ru(II)-Re(I) supramolecular photocatalyst2023

    • 著者名/発表者名
      Kei Kamogawa, Yuki Kato, Yuushi Shimoda, Kiyoshi Miyata, Ken Onda, Takumi Noguchi, Yusuke Tamaki, Osamu Ishitani
    • 学会等名
      20th International Conference on Carbon Dioxide Utilization
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Photocatalytic CO2 reduction mechanism by a Re(I) catalyst after photoinduced one-electron reduction2023

    • 著者名/発表者名
      Kei Kamogawa, Yuki Kato, Yuushi Shimoda, Kiyoshi Miyata, Ken Onda, Takumi Noguchi, Yusuke Tamaki, Osamu Ishitani
    • 学会等名
      光化学討論会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] The D139N mutation of PsbP enhancing the oxygen-evolving activity of photosystem II and its introduction into Arabidopsis thaliana2023

    • 著者名/発表者名
      Ko Imaizumi, Shin-ichi Arimura, Taishi Nishimura, Ryo Nagao, Keisuke Saito, Takeshi Nakano, Hiroshi Ishikita, Takumi Noguchi, Kentaro Ifuku
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Plant Biology 2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 光合成水分解系の起源、形成、分子機構2023

    • 著者名/発表者名
      野口巧
    • 学会等名
      第13回CSJ化学フェスタ2023
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 光化学系Ⅱにおけるクロロフィル励起三重項状態の消光機構2023

    • 著者名/発表者名
      横川瑞生、加藤祐樹、野口巧
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系IIの酸素発生系における翻訳後アミノ酸変換:脂肪族アミノ酸の変換2023

    • 著者名/発表者名
      水江初音, 鈴木健裕, 松原巧, 北島(井原)智美, 平野美奈子, 嶋田友一郎, 加藤祐樹, 堂前直, 野口巧
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 1分子励起-蛍光スペクトル分光法による光化学系Iのアンテナ分子への観察2023

    • 著者名/発表者名
      XianJun Zhang, Joachim Martin Seibt, Rin Taniguchi, Ryo Nagao, Tatsuya Tomo, Takumi Noguchi, Shen Ye, Thomas Renger, Yutaka Shibata
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系IIにおけるチロシンDの酸化還元電位の評価2023

    • 著者名/発表者名
      加藤祐樹、岩銅壮平、政本彩帆、三野広幸、野口巧
    • 学会等名
      日本植物生理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 分光電気化学法による光化学系IIチロシンDの酸化還元電位の評価2023

    • 著者名/発表者名
      加藤祐樹、岩銅壮平、政本彩帆、三野広幸、野口巧
    • 学会等名
      生物物理中部支部講演会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Post-translational amino acid conversion in the oxygen-evolving complex and its implication2022

    • 著者名/発表者名
      Takumi Noguchi, Yuichiro Shimada, Takehiro Suzuki, Takumi Matsubara, Tomomi Kitajima-Ihara, Ryo Nagao, and Naoshi Dohmae
    • 学会等名
      Mechanisms of Water Oxidation, Satellite Meeting to 18th International Congress on Photosynthesis Research
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 光化学系IIにおける構造的摂動が第一キノン電子受容体QAの酸化還元電位に及ぼす影響:FTIR分光電気化学法による解析2022

    • 著者名/発表者名
      加藤祐樹、野口巧
    • 学会等名
      電気化学秋季大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系Ⅱにおける水分解マンガンクラスターの光構築機構の時間分解赤外分光解析2022

    • 著者名/発表者名
      渡邉隼弥、嶋田友一郎、野口巧
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 光化学系IIにおけるストロマおよびルーメン側における摂動が第一キノン電子受容体QAの酸化還元電位に及ぼす影響2022

    • 著者名/発表者名
      加藤祐樹、野口巧
    • 学会等名
      日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] 光生体エネルギー研究室

    • URL

      https://www.bio.phys.nagoya-u.ac.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [備考] Nagoya phys G-lab

    • URL

      https://www.bio.phys.nagoya-u.ac.jp/index.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-07-05   更新日: 2024-12-25  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi