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血清オミックス解析による脳梗塞部位同定技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 22K19280
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

清水 義宏  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (90401231)

研究分担者 砂川 玄志郎  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (70710250)
研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワード脳梗塞 / プロテオミクス解析 / 質量分析 / オミクス解析 / プロテオーム / 無細胞タンパク質合成システム
研究開始時の研究の概要

脳卒中は介護を必要とする原因疾患の中で最も頻度が高く、脳卒中全体の4分の3は脳梗塞が原因である。脳梗塞は部位により予後が大きく変わる。急性期に梗塞部位を高精度に診断できることは治療方針の決定に重要である。そこで、急性期虚血性脳疾患の部位を患者の血液検査から簡便かつ安価に判定するために、本プロジェクトでは血清オミックス解析による脳梗塞部位同定技術の開発を行う。

研究実績の概要

脳卒中は、介護が必要とされる疾患の中で最も高頻度に観察され、また、脳卒中の直接の病因は脳梗塞である場合がほとんどである。梗塞部位を迅速に同定し、治療方針の決定に役立てることが患者の予後を向上させるために必須であるが、現在はリソースや安定性に制限のある画像診断技術に依存しているという問題が存在する。本研究では、これを解決し、迅速に血液検査のみで梗塞部位の診断につなげる手法を開発しようとするものである。これまでマウス血清のプロテオミクス解析を行い、血清の前処理方法の検討を行っている。しかしながら、前年度の測定結果において、血清アルブミンや免疫グロブリンが幅広い分画に高い検出感度で存在していることが明らかになっており、アルブミン除去カラムやグロブリン除去カラムの検討などを行う必要があった。本年度は、この検討を進め、より同定数の高い手法の構築を進めている。上記したように、アルブミンやグロブリンを除去可能なカラム使用の検討などを行い、同定数が向上可能な手法を構築している。また、実際にマウスから梗塞部位を同定を可能とするサンプルの取得を進めており、構築した手法を応用することによってプロテオミクス解析を進めている。本研究開発は、目的をより精緻に達成するための研究の実施を目指し、補助事業機関延長の承認を受けており、次年度も引き続き解析を行い、脳梗塞部位を高い精度で判別できるペプチドマーカーセットを同定したいと考えている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

血清プロテオミクスを行うためのサンプル調製方法の検討をさらに行うことにより、測定可能分子種を向上させることに成功し、本課題を遂行可能とする技術基盤を構築できた。構築した技術基盤を元に、サンプル取得と解析を進めているところである。

今後の研究の推進方策

手法は概ね確立できたので、サンプルの取得と解析を行い、マーカーペプチド/タンパク質情報の取得を目指したい。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 2件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件)

  • [国際共同研究] Leiden University(オランダ)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Development of PCR primers enabling the design of flexible sticky ends for efficient concatenation of long DNA fragments2024

    • 著者名/発表者名
      Nomura Kohei、Onda Kaoru、Murase Hirotaka、Hashiya Fumitaka、Ono Yukiteru、Terai Goro、Oka Natsuhisa、Asai Kiyoshi、Suzuki Daisuke、Takahashi Naho、Hiraoka Haruka、Inagaki Masahito、Kimura Yasuaki、Shimizu Yoshihiro、Abe Naoko、Abe Hiroshi
    • 雑誌名

      RSC Chemical Biology

      巻: 5 号: 4 ページ: 360-371

    • DOI

      10.1039/d3cb00212h

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Ebola virus-like particles reprogram cellular metabolism2023

    • 著者名/発表者名
      Tang Huaqi、Abouleila Yasmine、Saris Anno、Shimizu Yoshihiro、Ottenhoff Tom H. M.、Mashaghi Alireza
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Medicine

      巻: 101 号: 5 ページ: 557-568

    • DOI

      10.1007/s00109-023-02309-4

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A large‐scale targeted proteomics of plasma extracellular vesicles shows utility for prognosis prediction subtyping in colorectal cancer2022

    • 著者名/発表者名
      Kasahara Keiko、Narumi Ryohei、Nagayama Satoshi、Masuda Keiko、Esaki Tsuyoshi、Obama Kazutaka、Tomonaga Takeshi、Sakai Yoshiharu、Shimizu Yoshihiro、Adachi Jun
    • 雑誌名

      Cancer Medicine

      巻: 12 号: 6 ページ: 7616-7626

    • DOI

      10.1002/cam4.5442

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] PURE-ly synthetic ribosome biogenesis in DNA compartments on a chip2023

    • 著者名/発表者名
      清水義宏
    • 学会等名
      BioJapan2023セミナー「HFSP-成果発表会-」
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Social implementation of a cell-free protein synthesis system2023

    • 著者名/発表者名
      清水義宏
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] An attempt to reconstitute a translation system from genetic information alone2023

    • 著者名/発表者名
      Yoshihiro Shimizu
    • 学会等名
      2nd Cell Free Systems Conference at Austin, USA
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-07-05   更新日: 2024-12-25  

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