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ノンコーディングからコーディングRNAへの機能転換機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K19293
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関大阪大学

研究代表者

廣瀬 哲郎  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 教授 (30273220)

研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2023年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2022年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードlong noncoding RNA / mRNA / 核外輸送 / サテライトDNA / 相分離 / noncoding RNA / nuclear export / satellite DNA / bimolecular condensate / ノンコーディングRNA / RNA顆粒 / 翻訳 / リピート配列
研究開始時の研究の概要

細胞核内での確固とした機能を果たしているlncRNAが、温度変化の時系列に沿って細胞質に局在変化し、それに伴ってmRNAに機能転換して翻訳されるようになる新たな現象を見出した。本研究では、このlncRNAからmRNAへの機能転換機構を理解するために、その要となるlncRNAの核から細胞質への局在変化の分子機構を解明し、それが温度変化の時系列に沿ってどのように制御されているかを明らかにする。

研究成果の概要

細胞核内で確固としたlncRNA機能を持つHSATIII RNAが、温度変化の時系列に沿って細胞質に局在変化し、mRNAに機能転換する過程を解析した。RNA核外輸送については、時間経過に伴ってHSATIII RNA結合タンパク質が再構築され、核外輸送因子ALY/REFが結合することを見出した。この再構築はHSATIIIの「るつぼ」や「スポンジ」機能によって促進されることが示唆された。次に、翻訳産物のHSATIIIポリペプチドの相互作用因子としてストレス顆粒因子やシャペロンを検出した。さらに翻訳産物がこれらの相互作用因子と共に細胞先端部分のアクチン重合部位に共局在することを確認した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究によって、核から細胞質へのRNAの局在変化機構について、相分離構造体でのRNA機能が結合因子の再構築を促し、結果的に核外輸送因子を呼び込んでRNAを細胞質に輸送させるという流れが明らかになった。一方で、細胞質での翻訳産物の相互作用因子と細胞内局在が明らかになったことによって、機能転換したmRNAが機能的なポリペプチドを産生していることが示唆された。これによって、lncRNAからmRNAへの機能変換の全体像を把握し、前例のないRNAの複雑な一生を明らかにする道筋を整備できた。今後、このポリペプチド機能の解明によって、ストレス応答や関係する疾患の新たな機構解明につながる可能性が期待できる。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (35件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 2件、 招待講演 11件) 図書 (4件)

  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Univ. Western Australia(オーストラリア)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [国際共同研究] CNRS(フランス)

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Functional domains of nuclear long noncoding RNAs: Insights into gene regulation and intracellular architecture2023

    • 著者名/発表者名
      Obuse Chikashi、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Current Opinion in Cell Biology

      巻: 85 ページ: 102250-102250

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2023.102250

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Satellite RNAs: emerging players in subnuclear architecture and gene regulation2023

    • 著者名/発表者名
      Ninomiya Kensuke、Yamazaki Tomohiro、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      The EMBO Journal

      巻: 42 号: 18

    • DOI

      10.15252/embj.2023114331

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Shell protein composition specified by the lncRNA NEAT1 domains dictates the formation of paraspeckles as distinct membraneless organelles2023

    • 著者名/発表者名
      Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Souquere Sylvie、Adachi Shungo、Yoshino Hyura、Fujiwara Naoko、Yamamoto Tetsuya、Natsume Tohru、Nakagawa Shinichi、Pierron Gerard、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      Nature Cell Biology

      巻: 25 号: 11 ページ: 1664-1675

    • DOI

      10.1038/s41556-023-01254-1

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations2023

    • 著者名/発表者名
      Mattick John S.、Amaral Paulo P.、Carninci Piero、et al.
    • 雑誌名

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      巻: - 号: 6 ページ: 430-447

    • DOI

      10.1038/s41580-022-00566-8

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A guide to membraneless organelles and their various roles in gene regulation2022

    • 著者名/発表者名
      Hirose Tetsuro、Ninomiya Kensuke、Nakagawa Shinichi、Yamazaki Tomohiro
    • 雑誌名

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      巻: 24 号: 4 ページ: 288-304

    • DOI

      10.1038/s41580-022-00558-8

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing2022

    • 著者名/発表者名
      Iwakiri Junichi、Tanaka Kumiko、Chujo Takeshi、Takakuwa Hiro、Yamazaki Tomohiro、Terai Goro、Asai Kiyoshi、Hirose Tetsuro
    • 雑誌名

      RNA

      巻: 29 号: 2 ページ: 170-177

    • DOI

      10.1261/rna.079469.122

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 非コードRNAによる相分離構造体の構築と機能制御2024

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      The 3rd Kansai RNA Club
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非コードRNAによる総分離構造体の構築と機能制御2024

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第2回タンパク質シンポジウム
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Short-tandem repeat型RNAであるHSATIIIの多彩な分子機能2023

    • 著者名/発表者名
      二宮賢介, 足達俊吾, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Characterization and functional analysis of HSATIII-derived repetitive proteins2023

    • 著者名/発表者名
      Kensuke Ninomiya, Shungo Adachi, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第24回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Exploring the Role of Architectural Long Noncoding RNAs in Shaping and Regulating Phase-Separated Cellular bodies2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro HIROSE
    • 学会等名
      50 Years Shine-Dalgarno Symposium
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Microphase Separation and Paraspeckles2023

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      Keystone Symposia
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Construction mechanism of nuclear paraspeckle as an isolated RNP micell2022

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      EMBO | EMBL Symposia: Cellular Mechanisms Driven by Liquid Phase Separation
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Regulatory Mechanisms of Intracellular Organization and Gene Expression by Noncoding RNAs2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      千里ライフサイエンス振興財団セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] The dynamics and functions of cytoplasmic HSATIII lncRNAs2022

    • 著者名/発表者名
      Kensuke Ninomiya, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Searching for regulatory proteins for temperature-dependent recruitment of CLK1 to nuclear stress bodies2022

    • 著者名/発表者名
      Tsuyoshi Ueno, Shungo Adachi, Kensuke Ninomiya, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Combinations of repeat sequences in HSATIII lncRNAs dictate nSB subclasses2022

    • 著者名/発表者名
      Manami Kakuno, Kensuke Ninomiya, Junichi Iwakiri, Kiyoshi Asai, Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      第23回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Regulatory Mechanisms of Intracellular Organization by Noncoding RNAs2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      RNAインフォマティクス道場
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Regulatory mechanisms of intracellular organization and gene expression by noncoding RNAs2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 学会等名
      立命館大国際稀少疾患シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction mechanism of nuclear paraspeckle as an isolated RNP micell2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬 哲郎, 高桑 央, 山本 哲也, 山崎 智弘
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] CLK1の温度依存的な核内ストレス体への リクルートを担う制御タンパク質の同定2022

    • 著者名/発表者名
      上野 剛志, 足達 俊吾, 二宮 賢介, 廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] HSATIII lncRNAのリピート配列パターン抽出による 核内ストレス体の再構成の試み2022

    • 著者名/発表者名
      角野 愛美, 二宮 賢介, 岩切 淳一, 松田優一, 浅井 潔, 廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      RNAフロンティアミーティング2022
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Intracellular Architecture by Noncoding RNAs2022

    • 著者名/発表者名
      Tetsuro Hirose
    • 学会等名
      Academia Sinica IBMS seminar
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 非コードRNAを足場に形成される核内相分離構造体におけるRNA結合タンパク質の役割2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎, 山崎智弘, 二宮賢介
    • 学会等名
      第95回日本生化学会大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 構成的手法を用いた核内ストレス体の形成機構の解析2022

    • 著者名/発表者名
      岩田瑞季, 山崎智弘, 上野 剛志, 二宮賢介,廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] The multifunctionality of HSATIII lncRNAs and its control mechanisms2022

    • 著者名/発表者名
      二宮賢介, 足達俊吾, 廣瀬哲郎
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] CLK1の温度依存的な核内ストレス体へのリクルートを担う 制御タンパク質の同定と解析2022

    • 著者名/発表者名
      上野 剛志, 足達 俊吾, 二宮 賢介, 廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒトゲノム完全配列から読み解くHSATIII lncRNAの配列パターン抽出とその人工化による核内ストレス体再構成の試み2022

    • 著者名/発表者名
      角野 愛美, 二宮 賢介, 岩切 淳一, 浅井 潔, 廣瀬 哲郎
    • 学会等名
      第45回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [図書] Phase separation in living cells : benefits and risks2023

    • 著者名/発表者名
      Hiro Takakuwa, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose
    • 総ページ数
      318
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] 細胞 2022年7月号 Architectural RNAと液-液相分離(ArcRNAとストレス応答)2022

    • 著者名/発表者名
      二宮賢介, 廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      62
    • 出版者
      ニューサイエンス社
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [図書] 細胞 2022年7月号 Architectural RNAと液-液相分離(総論 細胞内構造の足場としてのRNAの役割)2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎
    • 総ページ数
      62
    • 出版者
      ニューサイエンス社
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [図書] セントラルドグマの新常識(第3章 RNAの新常識 6.細胞内構造体の骨格として働くRNA)2022

    • 著者名/発表者名
      廣瀬哲郎, 山崎智弘, 山本哲也
    • 総ページ数
      264
    • 出版者
      羊土社
    • ISBN
      9784758104043
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書

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公開日: 2022-07-05   更新日: 2025-01-30  

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