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tRNAアミノアシル化率評価を起点とした老化現象と疾患病態の解明

研究課題

研究課題/領域番号 22K19414
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分48:生体の構造と機能およびその関連分野
研究機関大阪大学 (2023)
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 (2022)

研究代表者

木村 友則  大阪大学, 大学院医学系研究科, 招へい准教授 (00631300)

研究分担者 塚本 悠介  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 難治性疾患研究開発・支援センター, 特任研究員 (60838944)
研究期間 (年度) 2022-06-30 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2024年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2023年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2022年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
キーワードtRNA / アミノ酸 / キラリティ / 代謝 / トランスファーRNA / チャージ / タンパク質 / 老化 / 疾患 / 加齢 / アミノアシル化
研究開始時の研究の概要

tRNAは細胞内タンパク質翻訳の際にアミノ酸を供給する分子であるが、tRNAにアミノ酸がついているかどうか(アミノアシル化状態)を評価するのが困難であり研究開発が進んでいなかった。本研究開発において、我々はtRNAのチャージ率(アミノアシル化率)を網羅的に評価する手法を開発し、この技術を基に、tRNAチャージ率の老化や難病における意義について検討する。

研究実績の概要

生命現象は、ゲノムDNA情報から産生される多種多様なタンパク質の働きによって維持されている。タンパク質は、ゲノム情報のコピーであるメッセンジャーRNA(mRNA)を鋳型として、トランスファーRNA(転移RNA、tRNA)により運搬されたアミノ酸により、産生(翻訳)される。tRNAはアミノアシル化という反応によりアミノ酸が付加(チャージ)される。アミノ酸には光学異性体が存在するが、最近、ごく少量のD-アミノ酸が生体に存在することが分かってきた。
翻訳因子として重要なtRNAは、安定した翻訳環境を維持するために、チャージを一定レベルで維持していると考えられてきた。しかし近年、栄養ストレスや成長条件により、tRNAのチャージが様々な動態を示し、翻訳を始めとした生命現象に影響を与えるダイナミックな分子であることが明らかとなってきた。tRNAのチャージ率は生物学的に重要なパラメーターである。アミノ酸などの栄養不足の状態に対する適応力が低下した老化現象や、tRNAの様々な異常が報告されている難病等、様々な疾患とも深い関連がある。また、アミノ酸のキラリティがどのようにtRNAを始め細胞内のシグナルにも影響すると考えられてきたが、研究は進んでいなかった。
本研究開発において、我々はtRNAのチャージ率(アミノアシル化率)を網羅的に評価する手法や、ある特定のtRNAのチャージ率を簡便に測定する手法を開発する。そしてこれらの手法を活用し、tRNAチャージ率が老化や難病においてどのように変動し病態に関連するか生物学的意義について検討している。さらに、光学異性体のD-アミノ酸が細胞に及ぼす生理機能がtRNAにどのように影響を与えるかも検討する。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

初年度に開発したtRNAのチャージ率を簡便に測定する方法(Tsukamoto Y, Kimura T. i-tRAP (individual tRNA acylation PCR): A convenient method for selective quantification of tRNA charging. RNA 2022)を利用することで、tRNA(Gln)のチャージ率が細胞内のグルタミン濃度を反映すること、そして、tRNA(Gln)のチャージ率低下を視点としてGCN2キナーゼの活性化、UBCの発現上昇を介して、tRNA(Gln)のチャージ率を維持する機構があることを解明した (Tsukamoto Y, Kimura T: GCN2 kinase-mediated upregulation of ubiquitin C maintains intracellular glutamine level and tRNAGln(CUG) charging under amino acid starvation. FEBS Lett, 2023 10.1002/1873-3468.14628.) tRNAのチャージ率は細胞内の栄養状態を反映し、老化に関連する細胞内シグナルの重要な開始拠点であることが判明した。
また、老化との重要性が判明してきた細胞内代謝リズムをD-アミノ酸の視点から追加検討多。これにより新たに、概日リズムを整えて体調を良くするD-アミノ酸の発見した。生活習慣病治療への期待が持たれる。

今後の研究の推進方策

開発した手法を活用し、疾患モデルにおけるtRNAチャージ率の変化について評価する。また、tRNAの研究を通じて判明して老化との関連が示された細胞内の代謝制御について、光学異性体のD-アミノ酸が及ぼす影響を評価し、その機序を追加検討する。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 4件、 査読あり 11件、 オープンアクセス 11件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 2件) 備考 (1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Development of a three-dimensional HPLC system for the determination of serine, threonine and allo-threonine enantiomers in the plasma of patients with chronic kidney disease2024

    • 著者名/発表者名
      Oyaide Mai、Ishii Chiharu、Akita Takeyuki、Kimura Tomonori、Sakai Shinsuke、Mizui Masayuki、Mita Masashi、Ide Tomomi、Isaka Yoshitaka、Hamase Kenji
    • 雑誌名

      Journal of Chromatography A

      巻: 1719 ページ: 464739-464739

    • DOI

      10.1016/j.chroma.2024.464739

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Evaluation of Individual Variation of d-Amino Acids in Human Plasma by a Two-Dimensional LC-MS/MS System and Application to the Early Diagnosis of Chronic Kidney Disease2024

    • 著者名/発表者名
      Ishii Chiharu、Akita Takeyuki、Kimura Tomonori、Sakai Shinsuke、Mita Masashi、Ide Tomomi、Isaka Yoshitaka、Hamase Kenji
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 96 号: 12 ページ: 4876-4883

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.3c05309

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] GCN2-kinase‐mediated upregulation of ubiquitin C maintains intracellular glutamine level and tRNA Gln(CUG) charging under amino acid starvation2023

    • 著者名/発表者名
      Tsukamoto Yusuke、Nakamura Yumi、Hirata Makoto、Okuzaki Daisuke、Sakate Ryuichi、Kimura Tomonori
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 597 号: 12 ページ: 1638-1650

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14628

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] d-Alanine Affects the Circadian Clock to Regulate Glucose Metabolism in the Kidney2023

    • 著者名/発表者名
      Sakai Shinsuke、Tanaka Youichi、Tsukamoto Yusuke、Kimura-Ohba Shihoko、Hesaka Atsushi、Hamase Kenji、Hsieh Chin-Ling、Kawakami Eiryo、Ono Hiraku、Yokote Kotaro、Yoshino Mitsuaki、Okuzaki Daisuke、Matsumura Hiroyo、Fukushima Atsuko、Mita Masashi、Nakane Maiko、Doi Masao、Isaka Yoshitaka、Kimura Tomonori
    • 雑誌名

      Kidney360

      巻: 5 号: 2 ページ: 237-251

    • DOI

      10.34067/kid.0000000000000345

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] D-Asparagine is an Ideal Endogenous Molecule for Measuring the Glomerular Filtration Rate2023

    • 著者名/発表者名
      Taniguchi Ayumu、Kawamura Masataka、Sakai Shinsuke、Kimura-Ohba Shihoko、Tanaka Yoko、Fukae Shota、Tanaka Ryo、Nakazawa Shigeaki、Yamanaka Kazuaki、Horio Masaru、Takahara Shiro、Nonomura Norio、Isaka Yoshitaka、Imamura Ryoichi、Kimura Tomonori
    • 雑誌名

      Kidney International Reports

      巻: 8 号: 6 ページ: 1192-1200

    • DOI

      10.1016/j.ekir.2023.03.009

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A novel in silico scaffold-hopping method for drug repositioning in rare and intractable diseases2023

    • 著者名/発表者名
      Tanabe Mao、Sakate Ryuichi、Nakabayashi Jun、Tsumura Kyosuke、Ohira Shino、Iwato Kaoru、Kimura Tomonori
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 13 号: 1

    • DOI

      10.1038/s41598-023-46648-1

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] d-Serine as a sensor and effector of the kidney2023

    • 著者名/発表者名
      Kimura Tomonori、Sakai Shinsuke、Isaka Yoshitaka
    • 雑誌名

      Clinical and Experimental Nephrology

      巻: 27 号: 11 ページ: 891-900

    • DOI

      10.1007/s10157-023-02384-4

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] d-Alanine as a biomarker and a therapeutic option for severe influenza virus infection and COVID-192023

    • 著者名/発表者名
      Kimura-Ohba Shihoko、Asaka Masamitsu N.、Utsumi Daichi、Takabatake Yoshitsugu、Takahashi Atsushi、Yasutomi Yasuhiro、Isaka Yoshitaka、Kimura Tomonori
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease

      巻: 1869 号: 1 ページ: 166584-166584

    • DOI

      10.1016/j.bbadis.2022.166584

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Blood levels of d-amino acids reflect the clinical course of COVID-192023

    • 著者名/発表者名
      Kimura-Ohba Shihoko、Takabatake Yoshitsugu、Takahashi Atsushi、Tanaka Yoko、Sakai Shinsuke、Isaka Yoshitaka、Kimura Tomonori
    • 雑誌名

      Biochemistry and Biophysics Reports

      巻: 34 ページ: 101452-101452

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2023.101452

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Profiling of kidney involvement in systemic lupus erythematosus by deep learning using the National Database of Designated Incurable Diseases of Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Kimura Tomonori、Ikeuchi Hidekazu、Yoshino Mitsuaki、Sakate Ryuichi、Maruyama Shoichi、Narita Ichiei、Hiromura Keiju
    • 雑誌名

      Clinical and Experimental Nephrology

      巻: 27 号: 6 ページ: 519-527

    • DOI

      10.1007/s10157-023-02337-x

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] i-tRAP (individual tRNA acylation PCR): a convenient method for selective quantification of tRNA charging2022

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Tsukamoto, Yumi Nakamura, Makoto Hirata, Ryuichi Sakate, Tomonori Kimura
    • 雑誌名

      RNA

      巻: - 号: 1 ページ: 111-122

    • DOI

      10.1261/rna.079323.122

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 難治性腎疾患におけるリバーストランスレーショナル研究のupdateと今後の展望について2023

    • 著者名/発表者名
      木村友則
    • 学会等名
      第46回 IgA腎症研究会学術集会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 難治性腎疾患に対する今後の展開について2023

    • 著者名/発表者名
      木村友則
    • 学会等名
      第66回 日本腎臓学会学術総会 イブニングセミナー1
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] トランスファーRNAの新たな評価方法の開発。難病や老化の病態解明研究での活用に期待。

    • URL

      https://www.nibiohn.go.jp/KAGAMI/news/2022/rnarnatrna.html

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [産業財産権] 生物学的および生理学的プロセスを感知するRNAの測定方法2022

    • 発明者名
      木村友則、塚本悠介
    • 権利者名
      木村友則、塚本悠介
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2022
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2022-07-05   更新日: 2024-12-25  

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