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Measurement of the mycorrhizal hyphal turnover through soil imaging: Resolving the image analysis bottleneck with AI

研究課題

研究課題/領域番号 22K20595
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0603:森林圏科学、水圏応用科学およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人森林研究・整備機構

研究代表者

SCHAEFER Holger・Christian  国立研究開発法人森林研究・整備機構, 森林総合研究所, 研究員 (80897231)

研究期間 (年度) 2022-08-31 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
2023年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード森林炭素循環 / 土壌微生物 / 菌根菌 / 菌糸 / 土壌断面撮影 / 画像分析 / 人工知能 / 森林物質循環 / 土壌炭素 / 菌糸生産・分解 / mycorrhizal fungi / hyphae / soil imaging / image analysis / artificial intelligence
研究開始時の研究の概要

In forests, mycorrhizal fungi (菌根菌) receive up to 20% of the carbon assimilated by plants. Measuring how fast the hyphae (菌糸) of mycorrhizal fungi grow and decompose in the soil is, hence, important for understanding the forest carbon cycle. A promising method for measuring the amount of hyphae in soil is image analysis. However, manual soil image analysis is time-intensive and prone to human error. In the proposed research, automated soil image analysis using artificial intelligence is developed, to help advance our understanding of how mycorrhizal fungi affect the forest carbon cycle.

研究成果の概要

本研究では、人工知能(AI)を活用して土壌断面画像上の菌糸量を自動的に測定する手法を開発した。まず、自作の撮影装置を用いて土壌断面の高解像画像を撮り、画像の一部において菌糸を手動でマークした。マークした画像を用いて、AIが菌糸と土壌背景のピクセルを識別できるように学習を行った。学習させたAIの活用により、土壌断面画像の分析時間を数日間(手動分析)から数分(AIによる自動分析)に減らせることができた。また、AIによる自動画像分析の正確度は高かった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

殆どの樹木は菌根菌と共生し、炭素を糖類として菌根菌に供給するため、森林土壌における菌糸バイオマスの変動を明らかにすることが、森林炭素循環の動態の理解・予測に向けて重要である。本研究では、人工知能を活用して土壌断面画像における菌糸量変動を手動分析より十分に速く、正確に自動測定できる手法を開発した。開発した手法は森林土壌における炭素循環を定量化する今後の研究に役立つと考えられる。

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (5件)

すべて 2024 2023 2022

すべて 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 1件)

  • [学会発表] 森林土壌中の菌糸ターンオーバー:土壌断面撮影とAI画像分析で追いつけるか2024

    • 著者名/発表者名
      SCHAEFER Holger
    • 学会等名
      第135回日本森林学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Development of a low-cost high-resolution imaging device for the observation of hyphae in field soils2023

    • 著者名/発表者名
      SCHAEFER Holger
    • 学会等名
      British Ecological Society Annual Meeting 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] コンピュータ制御の顕微鏡を活用した土壌内菌糸の高解像度撮影の実現2023

    • 著者名/発表者名
      SCHAEFER Holger
    • 学会等名
      日本生態学会第70回全国大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 菌根菌タイプが異なる林分における菌根菌糸の生産動態2023

    • 著者名/発表者名
      SCHAEFER Holger
    • 学会等名
      日本生態学会第70回全国大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Production and decomposition of mycorrhizal hyphae in Japanese cypress plantations2022

    • 著者名/発表者名
      SCHAEFER Holger
    • 学会等名
      The 2nd International Conference On Agricultural Science & Research, Chungnam National University
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演

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公開日: 2022-09-01   更新日: 2025-01-30  

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