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環境DNAとメタ群集モデルを用いた海産魚類の共存機構の解明と生態系評価

研究課題

研究課題/領域番号 22K20672
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0703:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人水産研究・教育機構

研究代表者

西嶋 翔太  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (50805116)

研究期間 (年度) 2022-08-31 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワード環境DNA / 多種共存 / メタ群集 / 占有モデル / 生物多様性 / 生態系評価 / トレードオフ / 海産魚類
研究開始時の研究の概要

海では、多くの種類の魚が生息しているが、様々な特徴をもつ魚種が共存している理由は明らかにされていない。エサや住み場所の争いが弱い種は、別の場所へ移動し定着することで、共存できることが理論的に示唆されている一方で、競争能力と定着能力の関係については十分に検証されていない。本課題では、少量の水を採取することで生息している魚種を網羅的に検出可能な環境DNAを使用し、海産魚類における競争能力と定着能力の関係の検出と多種共存機構の解明に取り組む。多種の時空間分布を同時に推定できる新たな数理統計モデルを開発することで、この課題に取り組み、最終的には海産魚類の生物多様性の健全性を評価することを目指す。

研究実績の概要

これほど多くの生物種がどのように共存しているのか?これは生態学における古くからの問いであると同時に、生物多様性からの恵みを持続的に享受するために取り組むべき重要課題の一つである。多種共存を促進する要因として、競争能力と定着能力のトレードオフがある。そこで本研究では、環境DNAと多種の競争能力と定着能力を推定可能なメタ群集モデルを開発して、海産魚類群集を対象に競争と定着のトレードオフの検出することを目的とした。さらに、メタ群集モデルを用いることで、環境DNAを用いた多種一括型の生態系評価の実施を目指している。
前年度(1年目)までに、リッジ回帰を組み込んだメタ群集占有モデルを開発し、東京湾でサンプリングと分析を行ったMiFishで取得された環境DNAデータに適用した。その結果、リッジ回帰を組み込まない場合に比べて、現実的なパラメータが推定され、予測精度も高くなることを明らかにした。この推定結果を用いて、各種の局所絶滅率と定着率を定量化したところ、両者の能力に明瞭な相関関係が見られ、トレードオフが海産魚類全般にわたって生じているという結果が得られていた。当該年度(2年目)では、FishBaseから各魚種の形質データを取得し、トレードオフに影響する要因を調べた。その結果、適性水温や栄養段階、体サイズといった要因がトレードオフの形に影響していることが示唆された。さらに、メタ群集モデルから求められる各種の占有率の平衡状態を基準とした生態系の健全性評価の手法について検討した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

当該年度は局所絶滅率と定着率のトレードオフの形が種の形質によって左右されることを明らかにしたほか、環境DNAを用いた生態系評価手法の開発に着手した。これらの成果の一部について第71回日本生態学会大会においてポスター発表を行った。一定の進捗があった一方で、メタ群集占有モデルの推定精度の検証のためのシミュレーションについてはあまり進めることができなかった。そのため、当初は当該年度までの課題であったが、期間を延長しており、進捗状況としては「やや遅れている」と判断した。

今後の研究の推進方策

メタ群集占有モデルに、環境DNAのリード数などの情報を共変量として使用し、モデルの改良を試みる。次に、開発したメタ群集占有モデルの推定精度の検証のためのシミュレーションテストを行う。これらのプロセスを経て改良したモデルを使用し、局所絶滅率と定着率の間のトレードオフの再解析を行う。さらに、トレードオフの形が生物多様性の維持に果たす役割について解析する。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (9件)

すべて 2024 2023 2022 その他

すべて 学会発表 (6件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件) 備考 (1件) 学会・シンポジウム開催 (2件)

  • [学会発表] 環境DNAを用いた海産魚類のメタ群集動態の推定2024

    • 著者名/発表者名
      西嶋 翔太,本郷 悠貴,岡村 寛
    • 学会等名
      第71回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] Overlooked individual-level density dependence in fisheries management: incorporating somatic growth dynamics in a state-space model2023

    • 著者名/発表者名
      西嶋 翔太
    • 学会等名
      国際シンポジウム"Quantitative Ecological Modeling for Biodiversity, Conservation, and Management"
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会発表] 隠れマルコフモデルによる水産資源における生産性のレジームシフトの検出2023

    • 著者名/発表者名
      西嶋 翔太, Xiaozhuo TANG, Fan ZHANG, Nan ZHENG, 船本 鉄一郎, 古市 生, 上村 泰洋, 黒田 啓行, 境 麿, 米崎 史郎, 由上龍嗣
    • 学会等名
      第70回日本生態学会大会ポスター発表
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] How likely do fish exhibit recruitment regime shifts? ―Application of a hidden Markov stock-recruitment model to Japanese commercial fishes―2023

    • 著者名/発表者名
      西嶋 翔太, Xiaozhuo TANG, Fan ZHANG, Nan ZHENG, 船本 鉄一郎, 古市 生, 上村 泰洋, 黒田 啓行, 境 麿, 米崎 史郎, 由上龍嗣
    • 学会等名
      ASLO Aquatic Sciences Meetings 2023 (oral presentation)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Influence of ocean current on the distribution of demersal commercial fish species in the Northeast Pacific region of Japan2023

    • 著者名/発表者名
      松葉史紗子, 西嶋翔太
    • 学会等名
      ASLO Aquatic Sciences Meetings 2023 (poster presentation)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 水産資源のレジームシフトとレジームシフトを予測・管理するための群集アプローチ2022

    • 著者名/発表者名
      西嶋 翔太
    • 学会等名
      水産海洋学会地域研究集会「第5回海と漁業の生態系に関する地域研究集会:海洋生態系の中で漁業を科学する」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 国際シンポジウムのホームページ

    • URL

      https://sites.google.com/view/ecomodel2023/home

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会・シンポジウム開催] 国際シンポジウム"Quantitative Ecological Modeling for Biodiversity, Conservation, and Management"2024

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
  • [学会・シンポジウム開催] glmmTMB workshop2024

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2022-09-01   更新日: 2024-12-25  

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