| 研究課題/領域番号 |
22K20751
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| 研究種目 |
研究活動スタート支援
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
0802:生体の構造と機能およびその関連分野
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
水野 翔太 国立研究開発法人理化学研究所, 脳神経科学研究センター, 特別研究員 (80962969)
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| 研究期間 (年度) |
2022-08-31 – 2024-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2023年度)
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| 配分額 *注記 |
2,730千円 (直接経費: 2,100千円、間接経費: 630千円)
2023年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | 父年齢効果 / デノボ変異 / GWAS / ゲノム / 遺伝学 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
子のゲノムのみで検出される新規の遺伝子変異であるDe novo変異（DNM）は、集団における選択圧に影響されないことから、多様なヒト疾患で大きなリスクとなる。DNMは主に両親の生殖細胞での突然変異に由来するが、この約8割は父親の精子由来であり、父親の年齢依存的なDNM数の増加が知られている（父年齢効果；PAE）。このPAEによるDNM数増加には家系間での大きな差異が報告されているが、その要因は明らかとされていない。本研究では、約5000家系の大規模ゲノムデータベースを活用したPAEの大規模ゲノムワイド関連解析研究を実施する事で、PAEの大小に関与する新規関連遺伝子座の同定を目指す。
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| 研究実績の概要 |
子のゲノムのみで検出される新規の遺伝子変異であるDe novo変異（DNM）は、集団における選択圧の影響を受けていない（受ける前の状態である）ことから、多様なヒト疾患で大きなリスクとなる。DNMは主に両親の生殖細胞での突然変異に由来するが、この約8割は父親の精子由来であり、父親の年齢依存的なDNM数の増加が知られている（父年齢効果；PAE）。このPAEによるDNM数増加には家系間での大きな差異が報告されているが、その要因は明らかとされていない。本研究では、ASD大規模ゲノムデータベースSPARKを活用し、家系WGSデータによるDNM解析と父親におけるPAEの推定およびPAEのゲノムワイド関連解析（GWAS）を実施した。2023年度は昨年度に得られたDNMデータセット解析により、SPARKのEUR家系の兄弟比較によるPAE推定を実施した。PAEは全体として1年あたり1.53個であり、SPARKコホートについてもこれまでのPAE研究の値と比較し同等の範疇にあることが示された。データQC後の家系の父親について、8,025,794ヶ所のSNP情報を使ったPAEのGWASを実施し、弱い関連性（P=1E-5）を満たすマーカーSNP95ヶ所を同定したが、ゲノムワイド有意水準（P=5E-8）を満たすマーカーSNPは得られなかった。また、SSCとSPARKにおけるGWAS結果について逆分散メタ分析を実施したが、この結果でもゲノムワイド有意水準を満たすマーカーSNPは得られなかった。今回同定されたDNMを用いた関連研究として、自閉スペクトラム症とプロモーター領域DNMの関連性を明らかとし、論文を投稿した。今後、追加データセットについてもDNMコールを実施し、解析対象数を増加させることで、PAEと関連性のある有力な遺伝子座が明らかとなる事が期待される。
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