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Radio-Genomics解析による頭頸部癌の免疫応答を評価するimaging biomarkerの開発

研究課題

研究課題/領域番号 22K20814
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 0901:腫瘍学およびその関連分野
研究機関筑波大学

研究代表者

顧 文超  筑波大学, 医学医療系, 研究員 (10967318)

研究期間 (年度) 2022-08-31 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2023年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードラジオミクス / ゲノミクス / シングルセル / がんの微小環境 / 放射線医学 / シングルセル解析
研究開始時の研究の概要

これまでの頭頸部癌の画像診断では、局所の深部組織への進展や壊死などの腫瘍の存在範囲や病変の悪性度を評価してきた。しかし、近年ではゲノム医療に基づいた分子標的薬や免疫チェックポイント阻害剤など、がん免疫サイクルを考慮した新たな治療が導入されている。その適応には、がん遺伝子パネル検査が保険収載され、治療開始前のコンパニオン診断が重要となっている。本研究では、腫瘍の不均一性やがんの微小環境形成をRadio-Genomics 解析を使ってがんの微小環境を含めた「がん免疫応答」の評価を行う画像診断の開発を目指す。

研究実績の概要

がん診療における治療方針の決定における術前の画像検査は、原発巣の周囲組織への浸潤や所属リンパ節転移、遠隔転移評価を目的として撮像される。本研究は、頭頚部扁平上皮癌(HNSC)における疾患ゲノム情報データベースに基づき、腫瘍微小環境内のシグナル因子とイメージング表現型の関連性を明らかにすると同時に、がん免疫療法をはじめとした腫瘍免疫応答を考慮した集学的治療の層別化の構築について調査する。頭頚部扁平上皮癌患者の免疫チェックポイント阻害剤(ICI)による治療の効果を画像診断とゲノム情報から予測するためのRadiogenomicsモデルを構築する。頭頚部扁平上皮癌患者の造影CT画像とRNA-seqデータを用いて、バイオインフォマティクス解析を行う。造影CT画像から手動で病変関連領域を設定し、Pyradiomicsを用いて病変の画像的特徴量を取得する。ICI療法の効果の有無による画像特徴量の差を統計学的手法を用いて評価する。RNA-seqデータからも統計的手法を用いて遺伝子候補を選択する。さらに、腫瘍微小環境内のシグナル因子を探索し、医用画像表現型との関連性を調査し、明らかにする。頭頚部癌に特徴的な医用画像表現型評価における新たな課題に対して、腫瘍微小環境シグナル因子との関連性を明らかにすることで課題解決を目指し、がん免疫療法を含めた集学的治療を基盤とした治療効果の向上や治療抵抗性頭頚部癌への腫瘍免疫応答に対応した治療レジメン選択基準の構築を目的とする。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

GSEA解析により、ICI療法に応答する患者ではCYTOSOLIC_DNA_SENSING_PATHWAYが活性化していることが示された(p<0.05)。また、モデルは有効な患者群を区別し、その中には顕著な免疫細胞の浸潤およびImmuneScoreが見られることが認められた(p<0.05)。
一方、無効群では高いStromaScoreと少量の免疫細胞の浸潤が見られた。さらに、NMFクラスタリングを通じて、モデルが免疫サブグループを優れた区別能力を持っていることが判明した。本研究で構築したRadiogenomicsモデルは、免疫療法応答を予測する非常に優れた能力を示した。

今後の研究の推進方策

免疫療法を受けた患者のCT画像を用いてモデルの予測能力を検証する準備を進める。また、FFPEサンプルを用いたNGSシーケンシングも実施する。結果が以前の研究での発見と一致するかどうかを探り、さらに画像特徴とmRNAとの生物学的関係を明らかにすることを目指す。さらに、公共のシングルセルデータを用いて、免疫療法を受けた患者間での免疫細胞サブグループに違いがあるかどうかを評価する予定だ。

報告書

(2件)
  • 2023 実施状況報告書
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2023

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 4件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Histone lysine methyltransferase SMYD3 promotes oral squamous cell carcinoma tumorigenesis via H3K4me3-mediated HMGA2 transcription2023

    • 著者名/発表者名
      Yang Zongcheng、Liu Fen、Li Zongkai、Liu Nianping、Yao Xinfeng、Zhou Yu、Zhang Liyu、Jiang Pan、Liu Honghong、Kong Lingming、Lang Chuandong、Xu Xin、Jia Jihui、Nakajima Takahito、Gu Wenchao、Zheng Lixin、Zhang Zhihong
    • 雑誌名

      Clinical Epigenetics

      巻: 15 号: 1 ページ: 92-92

    • DOI

      10.1186/s13148-023-01506-9

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of antigen-presentation related B cells as a key player in Crohn’s disease using single-cell dissecting, hdWGCNA, and deep learning2023

    • 著者名/発表者名
      Shen Xin、Mo Shaocong、Zeng Xinlei、Wang Yulin、Lin Lingxi、Weng Meilin、Sugasawa Takehito、Wang Lei、Gu Wenchao、Nakajima Takahito
    • 雑誌名

      Clinical and Experimental Medicine

      巻: 23 号: 8 ページ: 5255-5267

    • DOI

      10.1007/s10238-023-01145-7

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Single-cell dissection, hdWGCNA and deep learning reveal the role of oxidatively stressed plasma cells in ulcerative colitis2023

    • 著者名/発表者名
      Mo Shaocong、Shen Xin、Huang Baoxiang、Wang Yulin、Lin Lingxi、Chen Qiuming、Weng Meilin、Sugasawa Takehito、Gu Wenchao、Tsushima Yoshito、Nakajima Takahito
    • 雑誌名

      Acta Biochimica et Biophysica Sinica

      巻: 55 号: 11 ページ: 1730-1739

    • DOI

      10.3724/abbs.2023237

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Development and validation of CT-based radiomics deep learning signatures to predict lymph node metastasis in non-functional pancreatic neuroendocrine tumors: a multicohort study2023

    • 著者名/発表者名
      Gu Wenchao、Chen Yingli、Zhu Haibin、Chen Haidi、Yang Zongcheng、Mo Shaocong、Zhao Hongyue、Chen Lei、Nakajima Takahito、Yu XianJun、Ji Shunrong、Gu YaJia、Chen Jie、Tang Wei
    • 雑誌名

      eClinicalMedicine

      巻: 65 ページ: 102269-102269

    • DOI

      10.1016/j.eclinm.2023.102269

    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Correction to: Systematic single-cell dissecting reveals heterogeneous oncofetal reprogramming in the tumor microenvironment of gastric cancer2023

    • 著者名/発表者名
      Mo Shaocong、Shen Xin、Wang Yulin、Liu YunPeng、Sugasawa Takehito、Yang ZongCheng、Gu Wenchao、Nakajima Takahito
    • 雑誌名

      Human Cell

      巻: 36 号: 2 ページ: 702-702

    • DOI

      10.1007/s13577-023-00879-6

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Single‐cell dissection reveals the role of DNA damage response patterns in tumor microenvironment components contributing to colorectal cancer progression and immunotherapy2023

    • 著者名/発表者名
      Shen Xin、Mo Shaocong、Wang Yulin、Lin Lingxi、Liu YunPeng、Weng Meilin、Gu Wenchao、Nakajima Takahito
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 28 号: 5 ページ: 348-363

    • DOI

      10.1111/gtc.13017

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] ヒストンリシンメチルトランスフェラーゼSMYD3は、H3K4me3を介してHMGA2の転写を 促進し、口腔扁平上皮癌の腫瘍形成を促進する2023

    • 著者名/発表者名
      GUWENCHAO
    • 学会等名
      第82回日本癌学会学術総会
    • 関連する報告書
      2023 実施状況報告書

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公開日: 2022-09-01   更新日: 2024-12-25  

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