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Inferring cells differentiation processes from single-cell Multiome ATACseq+RNAseq data.

研究課題

研究課題/領域番号 22K21301
研究種目

研究活動スタート支援

配分区分基金
審査区分 1002:人間情報学、応用情報学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

Loza Lopez.Martin.de.Jesus  東京大学, 医科学研究所, 助教 (30963194)

研究期間 (年度) 2022-08-31 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
2023年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2022年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードRNA modeling / Cells reprogramming / Simulation / Macrophages / Immunology / multiomics / Expression estimation / ATAC-seq / RNA-seq / Macrophages polarization / Bioinformatics / Cells-reprogramming / Multiomics / RNA-velocity / Single-cell / Cell-fate
研究開始時の研究の概要

By using computational techniques and genomics information, I aim to develop a computational method to analyze the differentiation processes of cells. The resulting computational methodology could be used for exploratory analysis of cell states, a key feature to improve gene therapy.

研究成果の概要

私たちは、マクロファージと呼ばれる免疫細胞の遺伝子挙動を理解するためのモデルを開発しました。変化の履歴を保持する遺伝子(ヒステリシス遺伝子)に焦点を当てることで、細胞の再プログラミング中にこれらの遺伝子がどのように振る舞うかを予測する方法を作成しました。私たちのモデルは遺伝子活動を正確にシミュレートし、免疫細胞がどのように適応するかを探るのに役立ちます。この研究は、マクロファージに関連する免疫応答の理解を深め、より良いがん治療法の開発につながる可能性があります。

研究成果の学術的意義や社会的意義

Our research helps us understand how immune cells called macrophages change and adapt. This knowledge can lead to better cancer treatments by improving how we predict and influence immune responses. Ultimately, it can enhance our ability to fight diseases and improve public health.

報告書

(3件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2023 2022 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 3件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 5件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Epigenetic characterization of housekeeping core promoters and their importance in tumor suppression2023

    • 著者名/発表者名
      Loza Martin、Vandenbon Alexis、Nakai Kenta
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 52 号: 3 ページ: 1107-1119

    • DOI

      10.1093/nar/gkad1164

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Intercellular crosstalk in adult dental pulp is mediated by heparin-binding growth factors Pleiotrophin and Midkine2023

    • 著者名/発表者名
      Jiravejchakul Natnicha、Abe Gabriela L.、Loza Martin、Park Soyoung、Matangkasombut Ponpan、Sasaki Jun-Ichi、Imazato Satoshi、Diez Diego、Standley Daron M.
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 24 号: 1 ページ: 184-184

    • DOI

      10.1186/s12864-023-09265-w

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書 2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 19n01, a broadly neutralizing antibody against omicron BA.1, BA.2, BA.4/5, and other SARS-CoV-2 variants of concern2023

    • 著者名/発表者名
      Garcia M.、Melgoza E. A.、Hernandez S.、Hinojosa D.、Resendiz M.、Llamas M. A.、Loza M.、Valenzuela O.、Soto A.、Hernandez M. A.、Mata V.、Cassaniti I.、Sammartino J. C.、Ferrari A.、Simonelli L.、Pedotti M.、Sun R.、Zuo F.、Baldanti F.、Varani L.、Marcotte H.、Pan-Hammarstrom Q.、Hernandez J.
    • 雑誌名

      iScience

      巻: 26 号: 4 ページ: 106562-106562

    • DOI

      10.1016/j.isci.2023.106562

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Unveiling the existence of human housekeeping cis-regulatory elements: epigenetic characterization and implications in cancer development2023

    • 著者名/発表者名
      MARTIN LOZA, ALEXIS VANDENBON, and KENTA NAKAI
    • 学会等名
      INCOB 2023
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Accurate integration of single cell transcriptome replicates2022

    • 著者名/発表者名
      Loza Martin
    • 学会等名
      2022 HCA Latin America Symposium
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Housekeeping enhancers in the human genome2022

    • 著者名/発表者名
      Loza Martin
    • 学会等名
      The International Conference on Bioinformatics (InCoB)
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unbiased integration of single cell transcriptome replicates2022

    • 著者名/発表者名
      Loza Martin
    • 学会等名
      Simposio de Estudiantes Hispanoablantes de bioinformatica y Biologia Computacional (SEHbioinfo))
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of housekeeping enhancers and their targets in the human genome2022

    • 著者名/発表者名
      Loza Martin
    • 学会等名
      NGS EXPO IFReC
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Unbiased integration of single cell transcriptome replicates2022

    • 著者名/発表者名
      Loza Martin
    • 学会等名
      IIBMP
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] Github repository

    • URL

      https://github.com/MartinLoza/Cells_reprogramming

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2022-09-01   更新日: 2025-01-30  

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